Abstract This study dissected the complexity of the immune architecture of acute myeloid leukemia (AML) at high resolution and assessed its influence on therapeutic response. Using 387 primary bone marrow samples from three discovery cohorts of children and adults with AML, we defined immune-infiltrated and immune-depleted disease subtypes and unraveled critical differences in immune gene expression across age groups and disease stages. Importantly, interferon (IFN)-γ-related mRNA profiles were predictive for both chemotherapy resistance and response of primary refractory/relapsed AML to flotetuzumab immunotherapy. Our compendium of microenvironmental gene and protein profiles sheds novel insights into the immuno-biology of AML and will inform the delivery of personalized immunotherapies to IFN-γ-dominant AML subtypes.

3102 Background: KB-0742 is a potent, and selective, oral inhibitor of CDK9 being evaluated in a phase I/II study in patients with transcriptionally addicted advanced solid tumors (NCT04718675). Interim data from the first 4 dose levels were presented previously noting manageable safety (MTD not reached), a 24-hour plasma half-life, linear PK, CDK9 target engagement in peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), and anti-tumor activity in patients with transcription factor fusion (TFF) driven sarcomas. Here we present updated KB-0742 safety, pharmacokinetics (PK), pharmacodynamic data (PD) and anti-tumor activity for patients from the ongoing dose escalation through 5 dose levels and 60 mg expansion. Methods: Study objectives include evaluation of safety, tolerability, PK, PD, and identification of KB-0742 MTD and RP2D. KB-0742 is administered orally once daily for 3 consecutive days followed by 4 days off, weekly in 28-day cycles, until unacceptable toxicity or disease progression. Eligible patients were enrolled in 5 escalation cohorts (10, 20, 40, 60 and 80 mg) or 60 mg dose expansion. Eligibility criteria include age >18 years, relapsed or refractory solid tumors, and ECOG PS < 2. PD is assessed in (PBMCs) and tumor tissue from pre- and on-treatment biopsy samples. Results: As of January 4, 2024, 112 patients were enrolled, 42 in dose escalation and 70 in expansion. Patients received a median of 3 lines of prior therapy. The most common tumor types enrolled were soft tissue sarcoma (STS) (n=36; 18 TFF positive) and adenoid cystic carcinoma (ACC) (n=18). Treatment-emergent adverse events occurring in >15% of patients include nausea, vomiting, anemia, fatigue, diarrhea, and constipation; none assessed as grade 4 or 5. The most common reason for treatment discontinuation was disease progression (54.5%). Across 5 dose levels, PK remains linear with a terminal half-life of 24 hours. At 60 mg, evidence of target engagement was observed in post-treatment paired tumor tissue biopsies. Within STS, TFF positive patients displayed a trend towards improved outcomes vs. those without a TFF with a disease control rate (DCR) of 42.8% vs. 29.4%, and one partial response was observed in a patient with TFF positive myxoid liposarcoma at 60mg. The best observed response was durable stable disease (SD) yielding a DCR of 53.8% in ACC (n=18), and 83% in NSCLC (n=6). Two patients (MYCL1+ ovarian, NSCLC) with prolonged SD (>140 days) continue treatment on 60mg. Conclusions: KB-0742 treatment at 60 and 80 mg was well tolerated, with manageable toxicity. Achievement of long-term SD and some preliminary anti-tumor efficacy in highly pretreated patients motivates continued enrollment of patients with transcriptionally addicted tumors. Dose escalation and expansion in transcriptionally addicted ( MYC amplification/overexpression) or TFF driven tumors continues. Clinical trial information: NCT04718675 .

Purpose: Somatic TP53 (p53) mutations and 17p deletions with genomic loss of p53 occur in 37-46% of acute myeloid leukemia (AML) cases with adverse risk cytogenetics and are associated with primary induction failure (PIF), high risk of relapse and dismal prognosis. Herein, we aimed to characterize the immune landscape of p53 mutated AML and to determine whether p53 abnormalities identify a patient subgroup that may benefit from T-cell targeting immunotherapy approaches. Experimental Design: The NanoString Pan-Cancer IO 360 assay was used for the immune transcriptomic analysis of 64 diagnostic bone marrow (BM) samples from adults with p53 mutated AML (n=42) or p53 wild type AML (n=22), and 35 BM samples from heavily pretreated patients with relapsed/refractory (R/R) AML (10 cases with p53 mutations and/or 17p deletion with genomic loss of p53) who received immunotherapy with flotetuzumab, an investigational CD123xCD3 bispecific DART molecule ([NCT02152956][1]). In silico data series included The Cancer Genome Atlas (TCGA) cohort (147 adults with non-promyelocytic AML; 13 with p53 mutations) and the HOVON cohort (618 adults with non-promyelocytic AML; 14 with p53 mutations). Results: All TCGA cases with p53 mutations showed high levels of immune infiltration, negative immune checkpoints, inflammatory chemokines, interferon (IFN)-γ-inducible molecules and a higher tumor inflammation signature (TIS) score relative to TCGA cases with other risk-defining molecular lesions. The comparison between p53 mutated and p53 wild type primary BM samples showed higher expression of IFN-γ, FoxP3, negative immune checkpoints and molecules associated with features of exhaustion and senescence in the former cohort and allowed the computation of a 34-gene immune classifier prognostic for overall survival. In vitro modeling experiments with AML cell lines showed an increased expression of IFN-γ and inflammation pathway genes in KG-1 cells with a loss-of-function mutation of p53 compared with Kasumi-1 cells with a gain-of-function mutation of p53. Finally, 5 out of 10 (50%) patients with R/R AML and p53 mutations and/or 17p deletion with genomic loss of p53 showed evidence of anti-leukemic activity of flotetuzumab immunotherapy and had higher TIS, Treg, CD8, inflammatory chemokine and PD1 scores at baseline compared with non-responders. Conclusions: This study provides evidence for a correlation between IFN-γ-dominant immune subtypes and p53 abnormalities. The favorable overall response rate to flotetuzumab encourages the implementation of this immunotherapeutic approach in this patient subgroup. [1]: /lookup/external-ref?link_type=CLINTRIALGOV&access_num=NCT02152956&atom=%2Fbiorxiv%2Fearly%2F2020%2F02%2F28%2F2020.02.28.961391.atom