Transcriptional profiling of hematopoietic cell subpopulations has helped characterize the developmental stages of the hematopoietic system and the molecular basis of malignant and non-malignant blood diseases for the past three decades. The introduction of high-throughput RNA sequencing has increased knowledge of the full repertoire of RNA molecules in hematopoietic cells of different types, without relying on prior gene annotation. Here, we introduce the analysis of the BLUEPRINT consortium gene expression data for mature hematopoietic cells, comprising 90 total RNA and 32 small RNA sequencing experiments, from 27 different cell types. We used these data to describe the transcriptional profile of each cell type at the gene and isoform level using existing gene annotations. Moreover, we used guided transcriptome assembly to extend the annotation of the transcribed genome, which led to the identification of hundreds of novel non-coding RNA genes, which display a high degree of cell type specificity. We also characterized the expression of circular RNAs and found that these are also highly cell type specific. This resource refines the active transcriptional landscape of mature hematopoietic cells, highlights abundant genes and transcriptional isoforms for each cell type, and provides valuable data and visualisation tools for the scientific community working on hematological development and diseases.

Abstract Many publicly available databases provide disease related data, that makes it possible to link genomic data to medical and meta-data. The cancer genome atlas (TCGA), for example, compiles tens of thousand of datasets covering a wide array of cancer types. Here we introduce an interactive and highly automatized TCGA-based workflow that links and analyses epigenomic and transcriptomic data with treatment and survival data in order to identify possible biomarkers that indicate treatment success. TREMSUCS-TCGA is flexible with respect to type of cancer and treatment and provides standard methods for differential expression analysis or DMR detection. Furthermore, it makes it possible to examine several cancer types together in a pan-cancer type approach. Parallelisation and reproducibility of all steps is ensured with the workflowmanagement system Snakemake. TREMSUCS-TCGA produces a comprehensive single report file which holds all relevant results in descriptive and tabular form that can be explored in an interactive manner. As a showcase application we describe a comprehensive analysis of the available data for the combination of patients with squamous cell carcinomas of head and neck, cervix and lung treated with cisplatin, carboplatin and the combination of carboplatin and paclitaxel. The best ranked biomarker candidates are discussed in the light of the existing literature, indicating plausible causal relationships to the relevant cancer entities.