Abstract Single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) measures gene expression in individual nuclei instead of cells, allowing for unbiased cell type characterization in solid tissues. Contrary to single-cell RNA seq (scRNA-seq), we observe that snRNA-seq is commonly subject to contamination by high amounts of extranuclear background RNA, which can lead to identification of spurious cell types in downstream clustering analyses if overlooked. We present a novel approach to remove debris-contaminated droplets in snRNA-seq experiments, called Debris Identification using Expectation Maximization (DIEM). Our likelihood-based approach models the gene expression distribution of debris and cell types, which are estimated using EM. We evaluated DIEM using three snRNA-seq data sets: 1) human differentiating preadipocytes in vitro , 2) fresh mouse brain tissue, and 3) human frozen adipose tissue (AT) from six individuals. All three data sets showed various degrees of extranuclear RNA contamination. We observed that existing methods fail to account for contaminated droplets and led to spurious cell types. When compared to filtering using these state of the art methods, DIEM better removed droplets containing high levels of extranuclear RNA and led to higher quality clusters. Although DIEM was designed for snRNA-seq data, we also successfully applied DIEM to single-cell data. To conclude, our novel method DIEM removes debris-contaminated droplets from single-cell-based data fast and effectively, leading to cleaner downstream analysis. Our code is freely available for use at https://github.com/marcalva/diem .

Abdominal obesity increases the risk for non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD), now known as metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease (MASLD).

Treatment with atezolizumab and bevacizumab has become standard of care for advanced unresectable hepatocellular carcinoma (HCC) but carries an increased gastrointestinal bleeding risk. Therefore, patients are often required to undergo esophagogastroduodenoscopy (EGD) to rule out esophageal varices (EV) prior to initiating therapy, which can delay care and lead to unnecessary procedural risks and health care costs. In 2019, the EVendo score was created and validated as a noninvasive tool to accurately screen out patients who were at low risk for having EV that required treatment. We sought to validate whether the EVendo score could be used to accurately predict the presence of EV and varices needing treatment (VNT) in patients with HCC.

L'otéopoécilie est une ostéopathie condensante bénigne et rare, son association à des signes extra-osseux rend le diagnostic un peu difficile nécessitant l'aide d'un radiologue expérimenté. Nous rapportons un cas d'association d'ostéopoécilie et d'adénopathies avec un syndrome inflammatoire révélant une sarcoïdose. Patiente âgée de 66 ans, connue diabétique type 2 sous antidiabétiques oraux, a consulté pour des douleurs osseuses diffuses évoluant depuis 2 ans sans autres signes associés. L'examen clinique a objectivé une douleur exquise à la palpation des cotes avec présence d'adénopathies superficielles inguinales bilatérales mobiles par rapport aux deux plans indolores sans signes inflammatoires en regard. La biologie a montré un syndrome inflammatoire avec une CRP à 25 mg/L une VS à 65 mm à la première heure avec une gammapathie polyclonale à l'électrophorèse des protéines, une calcémie et une fonction rénale qui sont revenues normales. La radiographie standard des os longs et du grill costal a objectivé des lésions osseuses mixtes diffuses avec une prédominance des lésions ostéocondensantes. La TDM thoraco-abdominopelvienne n'a pas objectivé de lésions évolutives en dehors des adénopathies médiastinales et inguinales et les lésions osseuses dont l'aspect radiologique est fortement évocateur d'une ostéopoecilie. Devant l'âge de la patiente ainsi que le tableau clinique associé au syndrome inflammatoire, un TEP-scan au FDG a été réalisé montrant un hypermétabolisme ganglionnaire inguinal (SUVmax = 12) sans hyperfixation pathologique du squelette osseux, d'où la réalisation d'une biopsie exérèse de l'adénopathie inguinale, l'étude histologique a montré un granulome sans nécrose caséeuse ni signes de malignité et la biopsie osseuse est revenue normale. Le diagnostic d'une sarcoïdose ganglionnaire associée à une oséteopoecilie a été retenu et la patiente a été mise sous corticothérapie (0,3 mg/kg/j) avec une régression des douleurs osseuses et du syndrome inflammatoire biologique. L'ostéopoécilie ou l'ostéosclérose familiale disséminée est une ostéopathie condensante bénigne et rare, généralement transmise selon un mode autosomique dominant à expressivité variable. Sa pathogénie est mal élucidée. Généralement les patients atteints sont asymptomatiques, et la révélation est fortuite sur un bilan radiologique de routine avec des lésions arrondies ou ovoïdes, multiples, bien limitées, homogènes, extrêmement denses, situées dans les régions osseuses périarticulaires. Mais 20 % à 30 % présentent des arthralgies d'allure inflammatoire. L'aspect radiographique, associé à un examen clinique normal, permet de poser le diagnostic. Le diagnostic différentiel radiologique comprend surtout l'ostéopathie striée, la mélorhéostose, la sclérose tubéreuse, les métastases osseuses condensantes et l'ostéome. Elle peut être associée à d'autres anomalies comme des anomalies squelettiques, des malformations (coarctation aortique, double uretère), des dysfonctionnements endocriniens, des anomalies dentaires, faciales et à la dacryocystite. Concernant son association avec la sarcoïdose aucun cas n'a été décrit dans la littérature, pour notre cas la découverte semble fortuite. L'ostéopoécilie est une affection bénigne, souvent de découverte fortuite, dont le diagnostic radiologique est impératif afin d'éviter des explorations et des traitements inutiles, sauf dans le cas où elle est associée à une symptomatologie extra-osseuse.

Abstract Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD), recently renamed metabolic-associated fatty liver disease (MAFLD), is the most common liver disease worldwide. The progression to fibrosis, occurring against a backdrop of hepatic steatosis and inflammation, critically determines liver-related morbidity and mortality. Inflammatory processes contribute to various stages of MAFLD and thought to instigate hepatic fibrosis. For this reason, targeting inflammation has been heavily nominated as a strategy to mitigate liver fibrosis. Lipopolysaccharide binding protein (LBP) is a secreted protein that plays an established role in innate immune responses. Here, using adoptive transfer studies and tissue-specific deletion models we show that hepatocytes are the dominant contributors to circulating LBP. In a murine model of MAFLD, hepatocyte-specific deletion of LBP restrained hepatic inflammation and improved liver function abnormalities, but not measures of fibrosis. Human studies, including genetic evidence, corroborate an important role for LBP in hepatic inflammation with minimal impact on fibrosis. Collectively, our data argues against the idea that targeting hepatic inflammation is a viable approach to reducing fibrosis.