Tsetse flies are the sole vectors of human African trypanosomiasis throughout sub-Saharan Africa. Both sexes of adult tsetse feed exclusively on blood and contribute to disease transmission. Notable differences between tsetse and other disease vectors include obligate microbial symbioses, viviparous reproduction, and lactation. Here, we describe the sequence and annotation of the 366-megabase Glossina morsitans morsitans genome. Analysis of the genome and the 12,308 predicted protein-encoding genes led to multiple discoveries, including chromosomal integrations of bacterial (Wolbachia) genome sequences, a family of lactation-specific proteins, reduced complement of host pathogen recognition proteins, and reduced olfaction/chemosensory associated genes. These genome data provide a foundation for research into trypanosomiasis prevention and yield important insights with broad implications for multiple aspects of tsetse biology.

Abstract Genomic sequencing is essential to track the evolution and spread of SARS-CoV-2, optimize molecular tests, treatments, vaccines, and guide public health responses. To investigate the global SARS-CoV-2 genomic surveillance, we used sequences shared via GISAID to estimate the impact of sequencing intensity and turnaround times on variant detection in 189 countries. In the first two years of the pandemic, 78% of high-income countries sequenced >0.5% of their COVID-19 cases, while 42% of low- and middle-income countries reached that mark. Around 25% of the genomes from high income countries were submitted within 21 days, a pattern observed in 5% of the genomes from low- and middle-income countries. We found that sequencing around 0.5% of the cases, with a turnaround time <21 days, could provide a benchmark for SARS-CoV-2 genomic surveillance. Socioeconomic inequalities undermine the global pandemic preparedness, and efforts must be made to support low- and middle-income countries improve their local sequencing capacity.

Reconstructing transmission pathways and defining the underlying determinants of virus diversity is critical for developing effective control measures. Whole genome consensus sequences represent the dominant virus subtype which does not provide sufficient information to resolve transmission events for rapidly spreading viruses with overlapping generations. We explored whether the within-host diversity of respiratory syncytial virus quantified from deep sequence data provides additional resolution to inform on who acquires infection from whom based on shared minor variants in samples that comprised epidemiological clusters and that shared similar genetic background. We report that RSV-A infections are characterized by low frequency diversity that occurs across the genome. Shared minor variant patterns alone, were insufficient to elucidate transmission chains within household members. However, they provided inference on potential transmission links where phylogenetic methods were uninformative of transmission when consensus sequences were identical. Interpretation of minor variant patterns was tractable only for small household outbreaks.

Ruminant livestock like cattle, sheep, goat, and camel, have a unique digestive system with complex microbiota communities that facilitate feed conversion and production of various secondary metabolites including greenhouse gases, which are significant in livestock-vector and livestock environment interactions. However, there is limited understanding of the diversity of rumen microbes and secondary metabolites that have advantageous traits to livestock physiology, productivity, climate, and defense across different ruminant species. In this study using metagenomics and metabolomics data from four evolutionary distinct livestock species, we show that there are signature microbes and secondary metabolites for each species. For instance, camels host a unique anaerobic fungus(F) called Oontomyces, cattle harbor more unique microbes like Psychrobacter (F) and three unique bacteria genera Anaeromyces, Cyllamyces, and Orpinomyces. Goats have Cleistothelebolus (F), while sheep host Liebetanzomyces (F). This phenomenon may indicate that there are species-specific microbes that requires host rumen-microbes’ environment balance. Additionally, there are conserved core bacterial microbes present and in equal abundance regardless of the host genetics, indicating their essential role in maintaining crucial functions. The studied livestock fed on diverse plant materials, including grass, shrubs to acacia trees. Regarding secondary metabolites camel rumen is rich in organic acids, goat with alcohols, and hydrocarbons, sheep with indoles and cattle with sesquiterpenes. These results have implications for manipulating the rumen environment to target specific microbes and secondary metabolite networks, thereby enhancing livestock productivity, resilience, reducing susceptibility to vectors, and environmentally preferred livestock husbandry.

Objectives Chronic hepatitis B infection affects 65 million people in the WHO African Region, but only 4.2% of these are diagnosed and 0.2% on treatment. Here, we present a short report describing establishment of a hepatitis B virus (HBV) programme in Kenya. We share experiences, successes and challenges to support development of future programmes. Methods From March 2023, we began the ‘STRIKE-HBV’ Study to identify people living with HBV (PLWHB) in Kilifi, Kenya. We employed local staff and provided education and training. Individuals were identified through three routes: (1) we offered free-of-charge HBV testing for all non-pregnant adults attending Kilifi Country Hospital (KCH) outpatient department; (2) we invited PLWHB to reattend for review; and (3) we invited close contacts of PLWHB for screening and vaccination if HBV was negative. All those seropositive for HBV were offered a comprehensive liver health assessment. Results We have established a framework for HBV screening, assessment and linkage to care in Kilifi. Between March 2023 and March 2024, we collected data for 80 PLWHB, comprising (1) screening of 1862 people of whom 30 were seropositive, (2) enrolment of 38 people known to be living with HBV and (3) testing of 97 close contacts of PLWHB, of whom 12 were positive. Among a limited subset with elastography data, we identified 9 of 59 as having significant fibrosis, and a further 6 people had laboratory aspartate transaminase (AST) to platelet ratio index (APRI) scores in keeping with fibrosis. We encountered challenges including procurement delays for hepatitis B surface antigen testing kits and HBV vaccinations, and issues accessing liver elastography. Conclusions HBV screening was well received by the Kilifi population, has identified people at risk of liver disease progression and is improving linkage to care and vaccination at KCH. Future HBV programmes in WHO Africa can build on this experience as we work to develop accessible, affordable and acceptable care pathways.