YZ
Ye Zhu
Author with expertise in Epidemiology and Impact of Traumatic Brain Injury
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(60% Open Access)
Cited by:
4
h-index:
10
/
i10-index:
11
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
23

A Comparison of Methods to Harmonize Cortical Thickness Measurements Across Scanners and Sites

Delin Sun et al.Sep 24, 2021
+98
H
T
D
Abstract Results of neuroimaging datasets aggregated from multiple sites may be biased by site- specific profiles in participants’ demographic and clinical characteristics, as well as MRI acquisition protocols and scanning platforms. We compared the impact of four different harmonization methods on results obtained from analyses of cortical thickness data: (1) linear mixed-effects model (LME) that models site-specific random intercepts (LME INT ), (2) LME that models both site-specific random intercepts and age-related random slopes (LME INT+SLP ), (3) ComBat, and (4) ComBat with a generalized additive model (ComBat-GAM). Our test case for comparing harmonization methods was cortical thickness data aggregated from 29 sites, which included 1,343 cases with posttraumatic stress disorder (PTSD) (6.2-81.8 years old) and 2,067 trauma-exposed controls without PTSD (6.3-85.2 years old). We found that, compared to the other data harmonization methods, data processed with ComBat-GAM were more sensitive to the detection of significant case-control differences in regional cortical thickness ( X 2 (3) = 34.339, p < 0.001), and case-control differences in age-related cortical thinning ( X 2 (3) = 15.128, p = 0.002). Specifically, ComBat-GAM led to larger effect size estimates of cortical thickness reductions (corrected p-values < 0.001 ), smaller age-appropriate declines (corrected p-values < 0.001 ), and lower female to male contrast (corrected p-values < 0.001 ) in cases compared to controls relative to other harmonization methods. Harmonization with ComBat-GAM also led to greater estimates of age-related declines in cortical thickness (corrected p-values < 0.001 ) in both cases and controls compared to other harmonization methods. Our results support the use of ComBat-GAM for harmonizing cortical thickness data aggregated from multiple sites and scanners to minimize confounds and increase statistical power.
1

Structural Covariance Networks in Post-Traumatic Stress Disorder: A Multisite ENIGMA-PGC Study

Gopalkumar Rakesh et al.Mar 16, 2021
+116
E
M
G
Abstract Introduction Cortical thickness (CT) and surface area (SA) are established biomarkers of brain pathology in posttraumatic stress disorder (PTSD). Structural covariance networks (SCN) constructed from CT and SA may represent developmental associations, or unique interactions between brain regions, possibly influenced by a common causal antecedent. The ENIGMA-PGC PTSD Working Group aggregated PTSD and control subjects’ data from 29 cohorts in five countries (n=3439). Methods Using Destrieux Atlas, we built SCNs and compared centrality measures between PTSD subjects and controls. Centrality is a graph theory measure derived using SCN. Results Notable nodes with higher CT-based centrality in PTSD compared to controls were left fusiform gyrus, left superior temporal gyrus, and right inferior temporal gyrus. We found sex-based centrality differences in bilateral frontal lobe regions, left anterior cingulate, left superior occipital cortex and right ventromedial prefrontal cortex (vmPFC). Comorbid PTSD and MDD showed higher CT-based centrality in the right anterior cingulate gyrus, right parahippocampal gyrus and lower SA-based centrality in left insular gyrus. Conclusion Unlike previous studies with smaller sample sizes (≤318), our study found differences in centrality measures using a sample size of 3439 subjects. This is the first cross-sectional study to examine SCN interactions with age, sex, and comorbid MDD. Although limited to group level inferences, centrality measures offer insights into a node’s relationship to the entire functional connectome unlike approaches like seed-based connectivity or independent component analysis. Nodes having higher centrality have greater structural or functional connections, lending them invaluable for translational treatments like neuromodulation.
1
Citation1
0
Save
4

Multimodal Imaging-Based Classification of PTSD Using Data-Driven Computational Approaches: A Multisite Big Data Study from the ENIGMA-PGC PTSD Consortium

Alan Simmons et al.Dec 13, 2022
+130
X
O
A
Abstract Background Current clinical assessments of Posttraumatic stress disorder (PTSD) rely solely on subjective symptoms and experiences reported by the patient, rather than objective biomarkers of the illness. Recent advances in data-driven computational approaches have been helpful in devising tools to objectively diagnose psychiatric disorders. Here we aimed to classify individuals with PTSD versus controls using heterogeneous brain datasets from the ENIGMA-PGC PTSD Working group. Methods We analyzed brain MRI data from 3,527 structural-MRI; 2,502 resting state-fMRI; and 1,953 diffusion-MRI. First, we identified the brain features that best distinguish individuals with PTSD from controls (TEHC and HC) using traditional machine learning methods. Second, we assessed the utility of the denoising variational autoencoder (DVAE) and evaluated its classification performance. Third, we assessed the generalizability and reproducibility of both models using leave-one-site-out cross-validation procedure for each modality. Results We found lower performance in classifying PTSD vs. controls with data from over 20 sites (60% test AUC for s-MRI, 59% for rs-fMRI and 56% for d-MRI), as compared to other studies run on single-site data. The performance increased when classifying PTSD from HC without trauma history across all three modalities (75% AUC). The classification performance remained intact when applying the DVAE framework, which reduced the number of features. Finally, we found that the DVAE framework achieved better generalization to unseen datasets compared with the traditional machine learning frameworks, albeit performance was slightly above chance. Conclusion Our findings highlight the promise offered by machine learning methods for the diagnosis of patients with PTSD. The utility of brain biomarkers across three MRI modalities and the contribution of DVAE models for improving generalizability offers new insights into neural mechanisms involved in PTSD. Significance ⍰ Classifying PTSD from trauma-unexposed healthy controls (HC) using three imaging modalities performed well (∼75% AUC), but performance suffered markedly when classifying PTSD from trauma-exposed healthy controls (TEHC) using three imaging modalities (∼60% AUC). ⍰ Using deep learning for feature reduction (denoising variational auto-encoder; DVAE) dramatically reduced the number of features with no concomitant performance degradation. ⍰ Utilizing denoising variational autoencoder (DVAE) models improves generalizability across heterogeneous multi-site data compared with the traditional machine learning frameworks
0

Strong controlling effect of stress evolution on the 2022 Ms5.0 Honghe earthquake sequence

Ye Zhu et al.Jun 1, 2024
+3
Y
W
Y
Understanding stress evolution patterns as a response to earthquake ruptures at geologically complex tectonic faults is vital because of the role of fault geometry as a source for the stress evolutionary constraints. Here, we analyze the 2022 Ms5.0 Honghe earthquake sequence and calculate the tectonic stress distribution of the two Ms. ≥ 3.5 earthquakes in this sequence. Results indicate that the focal mechanism type of the sequence obtained corresponds to strike-slip motion with an ESE-oriented strike and a steeply dipping NE-oriented nodal plane. The focal region is subjected to NNW-oriented horizontal compression and ENE-oriented horizontal tension. We find that the adjacent Ailaoshan fault constituted the major seismogenic fault of the mainshock and the regional stress field exerted a strong controlling effect on the associated postseismic events. Our results suggest that the stabilization of tectonic faults may help to enhance the effects of stress accumulation on the occurrence of medium-to-strong earthquakes.
0

Altered White Matter Microstructural Organization in Post-Traumatic Stress Disorder across 3,049 Adults: Results from the PGC-ENIGMA PTSD Consortium

Emily Dennis et al.Jun 20, 2019
+108
S
S
E
A growing number of studies have examined alterations in white matter organization in people with posttraumatic stress disorder (PTSD) using diffusion MRI (dMRI), but the results have been mixed, which may be partially due to relatively small sample sizes among studies. Altered structural connectivity may be both a neurobiological vulnerability for, and a result of, PTSD. In an effort to find reliable effects, we present a multi-cohort analysis of dMRI metrics across 3,049 individuals from 28 cohorts currently participating in the PGC-ENIGMA PTSD working group (a joint partnership between the Psychiatric Genomics Consortium and the Enhancing NeuroImaging Genetics through Meta-Analysis consortium). Comparing regional white matter metrics across the full brain in 1,446 individuals with PTSD and 1,603 controls (2152 males/897 females) between ages 18-83, 92% of whom were trauma-exposed, we report associations between PTSD and disrupted white matter organization measured by lower fractional anisotropy (FA) in the tapetum region of the corpus callosum (Cohens d=-0.12, p=0.0021). The tapetum connects the left and right hippocampus, structures for which structure and function have been consistently implicated in PTSD. Results remained significant/similar after accounting for the effects of multiple potentially confounding variables: childhood trauma exposure, comorbid depression, history of traumatic brain injury, current alcohol abuse or dependence, and current use of psychotropic medications. Our results show that PTSD may be associated with alterations in the broader hippocampal network.