Abstract Insect silk is an incredibly versatile biomaterial. Lepidoptera and their sister lineage, Trichoptera, display some of the most diverse uses of silk with varying strength, adhesive qualities and elastic properties. It is well known that silk fibroin genes are long (> 20 kb) and have many repetitive motifs. These features make these genes challenging to sequence. Most research thus far has focused on conserved N- and C-terminal regions of fibroin genes because a full comparison of repetitive regions across taxa has not been possible. Using the PacBio Sequel II system and SMRT sequencing, we generated high fidelity (HiFi) long-read genomic and transcriptomic sequences for the Indianmeal moth ( Plodia interpunctella ) and genomic sequences for the caddisfly, Eubasilissa regina . Both genomes were highly contiguous (N50 = 9.7 Mbp/32.4 Mbp, L50 = 13/11) and complete (BUSCO Complete = 99.3%/95.2%), with complete and contiguous recovery of silk heavy fibroin gene sequences. This study demonstrates that HiFi long-read sequencing can significantly help our understanding of genes with highly contiguous, repetitive regions.

Accurate estimation of biological sex in archaeological human remains is critical when considering demographic, resource partitioning, and various sex-based cultural issues in historic societies. Recent developments in paleoproteomics of enamel have allowed for the estimation of biological sex through sex chromosome-linked amelogenins. This method is highly advantageous when traditional osteological sex estimation is precluded by incompleteness, poor preservation, or juvenile age. Here, we have developed Sample Preparation by Easy Extraction and Digestion-free for Enamel (SPEED-E), building on the Sample Preparation by Easy Extraction and Digestion (SPEED) method and direct stage tip clean-up used in paleoproteomic studies. The SPEED-E protocol is similar in extraction time to acid etching protocols, is overall much shorter than digestion-based protocols, and uses relatively less sample. This new method facilitates a rapid analysis of large sample batches where sample value is high and sample material is very limited. Using SPEED-E, we were able to estimate the sex of 85 of 89 deciduous and permanent teeth from the assemblage of archaeological human skeletal remains from the historic First Baptist Church of Philadelphia, Pennsylvania, USA. The indeterminate teeth had limited or no detected amelogenins because of overprinting larger proteins, likely from sampled dentin.