The regulatory loop between long noncoding RNAs (lncRNAs) and microRNAs has a dynamic role in transcriptional and translational regulation, and is involved in cancer. However, the regulatory circuitry between lncRNAs and microRNAs in tumorigenesis remains elusive. Here we demonstrate that a nuclear lncRNA LINC00336 is upregulated in lung cancer and functions as an oncogene by acting as a competing endogenous RNA (ceRNAs). LINC00336 bound RNA-binding protein ELAVL1 (ELAV-like RNA-binding protein 1) using nucleotides 1901–2107 of LINC00336 and the RRM interaction domain and key amino acids (aa) of ELAVL1 (aa 101–213), inhibiting ferroptosis. Moreover, ELAVL1 increased LINC00336 expression by stabilizing its posttranscriptional level, whereas LSH (lymphoid-specific helicase) increased ELAVL1 expression through the p53 signaling pathway, further supporting the hypothesis that LSH promotes LINC00336 expression. Interestingly, LINC00336 served as an endogenous sponge of microRNA 6852 (MIR6852) to regulate the expression of cystathionine-β-synthase (CBS), a surrogate marker of ferroptosis. Finally, we found that MIR6852 inhibited cell growth by promoting ferroptosis. These data show that the network of lncRNA and ceRNA has an important role in tumorigenesis and ferroptosis.

Ferroptosis is primarily caused by intracellular iron catalytic activity and lipid peroxidation. The potential interplay between ferroptosis and apoptosis remains poorly understood. Here, we show that the expression of a nuclear long non-coding RNA (lncRNA), LINC00618, is reduced in human leukemia and strongly increased by vincristine (VCR) treatment. Furthermore, LINC00618 promotes apoptosis by increasing the levels of BCL2-Associated X (BAX) and cleavage of caspase-3. LINC00618 also accelerates ferroptosis by increasing the levels of lipid reactive oxygen species (ROS) and iron, two surrogate markers of ferroptosis, and decreasing the expression of solute carrier family 7 member 11 (SLC7A11). Interestingly, VCR-induced ferroptosis and apoptosis are promoted by LINC00618, and LINC00618 accelerates ferroptosis in a manner dependent upon apoptosis. LINC00618 attenuates the expression of lymphoid-specific helicase (LSH), and LSH enhances the transcription of SLC7A11 after the recruitment to the promoter regions of SLC7A11, further inhibiting ferroptosis. Knowledge of these mechanisms demonstrates that lncRNAs related to ferroptosis and apoptosis are critical to leukemogenesis and chemotherapy. Ferroptosis is primarily caused by intracellular iron catalytic activity and lipid peroxidation. The potential interplay between ferroptosis and apoptosis remains poorly understood. Here, we show that the expression of a nuclear long non-coding RNA (lncRNA), LINC00618, is reduced in human leukemia and strongly increased by vincristine (VCR) treatment. Furthermore, LINC00618 promotes apoptosis by increasing the levels of BCL2-Associated X (BAX) and cleavage of caspase-3. LINC00618 also accelerates ferroptosis by increasing the levels of lipid reactive oxygen species (ROS) and iron, two surrogate markers of ferroptosis, and decreasing the expression of solute carrier family 7 member 11 (SLC7A11). Interestingly, VCR-induced ferroptosis and apoptosis are promoted by LINC00618, and LINC00618 accelerates ferroptosis in a manner dependent upon apoptosis. LINC00618 attenuates the expression of lymphoid-specific helicase (LSH), and LSH enhances the transcription of SLC7A11 after the recruitment to the promoter regions of SLC7A11, further inhibiting ferroptosis. Knowledge of these mechanisms demonstrates that lncRNAs related to ferroptosis and apoptosis are critical to leukemogenesis and chemotherapy.

Abstract The identification of reliable tumor prognostic markers can help clinicians and researchers predict tumor development and patient survival outcomes more accurately, which plays a vital role in clinical diagnosis, treatment effectiveness assessment, and prognostic evaluation. Existing web tools supporting online survival analysis are gradually failing to meet the increasing demands of researchers in terms of the dataset size, richness of survival analysis methods, and diversity of customization features. Therefore, there is an urgent need for a large-scale, one-stop pan-cancer survival analysis web server. We developed PanCanSurvPlot ( https://smuonco.shinyapps.io/PanCanSurvPlot/ ), a Shiny web tool that has incorporated a total of 215 cancer-related datasets from the GEO and TCGA databases, covering nearly 100,000 genes (mRNAs, miRNAs, and lncRNAs), approximately 45,000 samples, 51 different cancer types, and 13 different survival outcomes. The website also provides two cutoff methods based on median and optimal cutpoints. All survival analysis results from the log-rank test and univariate Cox regression are presented in a clear and straightforward summary table. Finally, users can customize color schemes and cutpoint levels to quickly obtain high-quality Kaplan-Meier survival plots that meet publication requirements.

To investigate T lymphocyte, neutrophil/lymphocyte ratio (NLR) and their impact on patients with radiation-induced oral mucositis (RIOM) after intensity-modulated radiotherapy for head and neck cancer. The clinical data of 148 patients diagnosed with head and neck cancer from January 2016 to January 2019 were retrospectively analyzed. Patients were divided into RIOM group (n = 42 cases) and non-RIOM group (n = 106 cases), based on whether they developed RIOM after intensity-modulated radiation therapy. The T lymphocyte and NLR of the 2 groups were analyzed before and after treatment; The correlation between T lymphocyte and NLR in RIOM group was analyzed. We used RTOG grading system to evaluate and scale the RIOM. The relationship between the grade of RIOM, T lymphocyte and NLR in RIOM group was analyzed. After treatment, the proportion of CD3 +, CD4 +, and CD8 + T lymphocytes in the 2 groups after treatment were decreased, and the RIOM group was significantly lower than non-RIOM group, P < .05. NLR in RIOM group was significantly higher than that in non-RIOM group, P < .05. The data of overall survival showed no significant differences between 2 groups (HR = 0.82, 95% CI: 0.43–1.59). Compared with RIOM group, patients in non-RIOM group showed a longer progress-free survival (HR = 0.57, 95% CI: 0.33–0.99). In RIOM group, NLR was negatively correlated with CD3 + (r = −0.433, P = .004), CD4 + (r = −0.644, P < .001) and CD8 + T cells (r = −0.665, P < .001). RIOM was positively correlated with NLR ( R = 0.621, P < .001), negatively correlated with CD4 + T cell ratio (r = −0.449, P = .003) and CD8 + T cell ratio (r = −0.307, P = .048), but RIOM did not correlate with CD3 + T cell ratio (r = −0.225, P = .152). For patients with RIOM after intensity-modulated radiotherapy for head and neck cancer, T lymphocyte showed a downward trend, and NLR showed an upward trend. In addition, T lymphocyte and NLR are closely related to the RIOM, indicating that clinicians should be aware of the importance of T lymphocyte and NLR on patients received radiotherapy.

Metabolic dysfunction-associated fatty liver disease (MAFLD), formerly known as nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD), is becoming the most common chronic liver disease. The gut microbiome is regarded to play a crucial role in MAFLD, but the specific changes of gut microbiome, especially fungi, in different stages of MAFLD are not well understood. This study aimed to observe the longitudinal changes of colon bacteria and fungi of mice at different feeding duration of a high-fat and high-fructose diet (HFHFD), and explore the association between the changes and the progression of MAFLD. Twenty-eight male C57BL6J mice were randomly assigned to the normal diet (ND) group and HFHFD group. At the 8th and 16th weeks, mice were sacrificed to compare the diversity, composition, and co-abundance network of bacteria and fungi in colon contents among groups. HFHFD-8W mice exhibited increases in Candida and Dorea, and decreases in Oscillospira and Prevotella in comparison to ND-8W mice, HFHFD-16W mice had increases in Bacteroides, Candida, Desulfovibrio, Dorea, Lactobacillus, and Rhodotorula, and decreases in Akkermansia, Aspergillus, Sterigmatomyces, and Vishniacozyma in comparison to ND-16W mice. And compared to HFHFD-8W mice, HFHFD-16W mice had increases in Desulfovibrio, Lactobacillus, Penicillium, and Rhodotorula, and decreases in Talaromyces and Wallemia. Spearman and GEE correlation analysis revealed that Bacteroides, Candida, Desulfovibrio, and Lactobacillus positively correlated with NAFLD activity score (NAS). Gut microbiota and mycobiota undergo diverse changes at different stages of MAFLD. Not applicable.