ABSTRACT A significant portion of oil from the recent Deepwater Horizon (DH) oil spill in the Gulf of Mexico was transported to the shoreline, where it may have severe ecological and economic consequences. The objectives of this study were (i) to identify and characterize predominant oil-degrading taxa that may be used as model hydrocarbon degraders or as microbial indicators of contamination and (ii) to characterize the in situ response of indigenous bacterial communities to oil contamination in beach ecosystems. This study was conducted at municipal Pensacola Beach, FL, where chemical analysis revealed weathered oil petroleum hydrocarbon (C 8 to C 40 ) concentrations ranging from 3.1 to 4,500 mg kg −1 in beach sands. A total of 24 bacterial strains from 14 genera were isolated from oiled beach sands and confirmed as oil-degrading microorganisms. Isolated bacterial strains were primarily Gammaproteobacteria , including representatives of genera with known oil degraders ( Alcanivora x, Marinobacter , Pseudomonas , and Acinetobacter ). Sequence libraries generated from oiled sands revealed phylotypes that showed high sequence identity (up to 99%) to rRNA gene sequences from the oil-degrading bacterial isolates. The abundance of bacterial SSU rRNA gene sequences was ∼10-fold higher in oiled (0.44 × 10 7 to 10.2 × 10 7 copies g −1 ) versus clean (0.024 × 10 7 to 1.4 × 10 7 copies g −1 ) sand. Community analysis revealed a distinct response to oil contamination, and SSU rRNA gene abundance derived from the genus Alcanivorax showed the largest increase in relative abundance in contaminated samples. We conclude that oil contamination from the DH spill had a profound impact on the abundance and community composition of indigenous bacteria in Gulf beach sands, and our evidence points to members of the Gammaproteobacteria ( Alcanivorax , Marinobacter ) and Alphaproteobacteria ( Rhodobacteraceae ) as key players in oil degradation there.

Abstract COVID-19 is a global pandemic causing more than 8 million deaths till mid-August, 2020. In India, more than 3 million confirmed cases have been reported although with relatively low death rate of 1.8%. In this study, we sequenced 47 genomes of SARS-CoV-2 from the patients of 13 districts of Uttar Pradesh (UP), the largest state of India using third-generation sequencing technique. The phylogenetic clustering revealed that no UP sample was aligned with the previously defined USA clade, where the mortality was high. We identified 56 distinct SNP variations in the genomes of UP resulting in a unique mutation rate of 1.19% per sequence, which is greater than the value 0.88% obtained for the rest of India. The relatively less death rate in UP indicates that the mutation in the virus is deleterious. Further investigation is required with larger sample size to determine the degree of virulence vis-a-vis SNP variation.

Incidences of infection and occurrence of Kocuria rhizophila in human gut are prominent but certainly no reports on the species ability to withstand human gastrointestinal dynamics. Kocuria rhizophila strain D2 isolated from healthy human gut was comprehensively characterized. The functional analysis revealed the ability to produce various gastric enzymes and sensitive to major clinical antibiotics. It also exhibited tolerance to acidic pH and bile salts. Strain D2 displayed bile-salt hydrolytic (BSH) activity, strong cell surface traits such as hydrophobicity, auto-aggregation capacity and adherence to human HT-29 cell line. Prominently, it showed no hemolytic activity and was susceptible to the human serum. Exploration of the genome led to the discovery of the genes for the above said properties and has ability to produce various essential amino acids and vitamins. Further, utilize gluten as a sole source of nitrogen. Comparative genomics have identified core, accessory and unique genetic features. The core genome has given insights into the phylogeny while the accessory and unique genes has led to the identification of niche specific genes. Bacteriophage, virulence factors and biofilm formation genes were absent with this species. Housing CRISPR and antibiotic resistance gene was strain specific. The integrated approach of functional, genomic and comparative analysis denotes the niche specific adaption to gut dynamics of strain D2. Moreover the study has comprehensively characterized genome sequence of each strain to know the genetic difference and intern recognize the effects of on phenotype and functionality complexity. The evolutionary relationship among strains along and adaptation strategies has been included in this study.

ABSTRACT Enterococcus faecium though commensals in human gut, few strains provide beneficial effect to humans as probiotics, few are responsible for nosocomial infection and few as non-pathogens. Comparative genomics of E. faecium will help to reveal the genomic differences responsible for the said properties. In this study, we compared E. faecium strain 17OM39 with a marketed probiotic, non-pathogenic non-probiotic (NPNP) and pathogenic strains. The core genome analysis revealed, 17OM39 was closely related with marketed probiotic strain T110. Strain 17OM39 was found to be devoid of known vancomycin, tetracycline resistance genes and functional virulence genes. Moreover, 17OM39 is „less open‟ due to absence of frequently found transposable elements. Genes imparting beneficial functional properties were observed to be present in marketed probiotic T110 and 17OM39 strains. Additional, genes associated with colonization within gastrointestinal tract were detected across all the strains. Beyond shared genetic features; this study particularly identified genes that are responsible to impart probiotic, non-pathogenic and pathogenic features to the strains of E. faecium. The study also provides insights into the acquired and intrinsic drug resistance genes, which will be helpful for better understanding of the physiology of antibiotic resistance in E. faecium strains. In addition, we could identify genes contributing to the intrinsic ability of 17OM39 E. faecium isolate to be a potential probiotic. The study has comprehensively characterized genome sequence of each strain to find the genetic variation and understand effects of these on functionality, phenotypic complexity. Further the evolutionary relationship of species along with adaptation strategies have been including in this study.

ABSTRACT Concerning the biological interactions within the gut microbiome, the specialized small molecules encoded by commensal microbes mediate distinct functional aspects. However, the landscape of antagonistic interactions mediated by specialized strains and their small molecules broadly remains. Here, we sought to evaluate antimicrobial interactions as a defensive contributor to gain new insights into structure-related functions or to bring the therapeutic potential of derived molecules. We elucidated the antagonistic landscape within a collection of 330 human-gut-derived commensal microbial strains cultivated from healthy human subjects. We characterized potential antagonistic strains and found a strain-specific selective inhibition contrary to common antimicrobial drugs that wipe out a broad range of species usually found in environmental microbes. Using functional and genomic approaches for accessing biologically active natural product molecules, we identified significant biosynthetic gene clusters (BGCs) encoding the important compound families in representative gut strains which contribute to antagonistic activities and are important in host defense or maintaining homeostasis in the gut. The subsets of the BGCs were represented in metagenomics sequencing data from healthy individuals. The cell culture secretome of strains revealed potential biomarkers linked to hallmark pathways. Together, these microorganisms encode biosynthetic novelty and represent a source of biologically significant natural products important in developing new treatments for infectious diseases to cut the usage of broad-spectrum antibiotics and represent a way to combat antimicrobial resistance. Consortia of such strains can be utilized as an option for precise editing of the microbiomes or fine-tuning the microbiota-modulating therapies.

India is second in the world after China in production fruits around the world and these crops play one important role in human diet because they provide Vitamins, minerals, diet fiber and phytochemicals. Flower cultivation in India is considered one of the products for which the demand is constantly increasing, and the export potential of these crops is very high in the global market, but there are problems in the gardening process due to pathogens, pests and weeds, and it requires a large amount of plant protection products per hectare. Genetically modified/GM), Crops enable breeders to bring favorable genes, often already inaccessible, already in elite farming, improving their value significantly and providing unique opportunities to control insects and other pathogens. This novel "molecular farming" provides a very large Possibility, but stringent rules will be required and Control mechanisms to avoid new, potentially serious risks to human health, although possible contamination of food supply. The seed-ambed technology has the potential to reduce pesticide use by increasing plants' resistance to insects. Food security improves by reducing pesticides remain. In addition, Herbicide-Toller Transgenic Crop can help reduce the plow in the fields, so that Save fuel trust for the use of less tractor, whatever it is It reduces the soil structure by reducing its Eater. Transgenic horticulture crops could make important contributions to sustainable horticulture production.