Both targeted decolonization and universal decolonization of patients in intensive care units (ICUs) are candidate strategies to prevent health care–associated infections, particularly those caused by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA).

Background

 Environmental contamination with methicillin-resistantStaphylococcus aureus(MRSA) and vancomycin-resistant enterococci (VRE) occurs during the care of patients harboring these organisms and may increase the risk of transmission to subsequent room occupants. 

Methods

 Twenty-month retrospective cohort study of patients admitted to 8 intensive care units performing routine admission and weekly screening for MRSA and VRE. We assessed the relative odds of acquisition among patients admitted to rooms in which the most recent occupants were MRSA positive or VRE positive, compared with patients admitted to other rooms. 

Results

 Of 11 528 intensive care unit room stays, 10 151 occupants were eligible to acquire MRSA, and 10 349 were eligible to acquire VRE. Among patients whose prior room occupant was MRSA positive, 3.9% acquired MRSA, compared with 2.9% of patients whose prior room occupant was MRSA negative (adjusted odds ratio, 1.4;P = .04). VRE, Among patients whose prior room occupant was VRE positive, these values were 4.5% and 2.8% respectively (adjusted odds ratio, 1.4;P = .02). These excess risks accounted for 5.1% of all incident MRSA cases and 6.8% of all incident VRE cases, with a population attributable risk among exposed patients of less than 2% for either organism. Acquisition was significantly associated with longer post–intensive care unit length of stay. 

Conclusions

 Admission to a room previously occupied by an MRSA-positive patient or a VRE-positive patient significantly increased the odds of acquisition for MRSA and VRE. However, this route of transmission was a minor contributor to overall transmission. The effect of current cleaning practices in reducing the risk to the observed levels and the potential for further reduction are unknown.

Studies evaluating the risk of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA)–associated sequelae in colonized or infected inpatients have not extended follow-up into the period after discharge from the hospital. We determined the 18-month risk of MRSA infection among 209 adult patients newly identified as harboring MRSA. Twenty-nine percent of patients (60 patients) developed subsequent MRSA infections (90 infections). These infections were often severe. Twenty-eight percent of infections (25 of 90) involved bacteremia, and 56% (50 of 90) involved pneumonia, soft tissue infection, osteomyelitis, or septic arthritis. Eighty percent of patients (48 of 60) with subsequent MRSA infection developed the infection at a new site, and 49% of new MRSA infections (44 of 90) first became manifest after discharge from the hospital. Accurate assessment of the risk of MRSA-associated sequelae requires prolonged follow-up after discharge.

Objective. The introduction of heptavalent conjugate pneumococcal vaccine (PCV7) has raised concerns for replacement with nonvaccine serotypes in both invasive disease and asymptomatic carriage. Analysis of colonizing serotypes among healthy children in the community provides critical data on such changes. Methods. Nasopharyngeal specimens were obtained from children who were younger than 7 years during well-child or sick visits in primary care practices in 16 Massachusetts communities during 2001 and 2004. Susceptibility testing and serotyping were performed on isolated Streptococcus pneumoniae strains. Vaccination history with PCV7 was abstracted from the medical record. Results. Among colonizing pneumococcal isolates, PCV7 serotypes decreased from 36% to 14%, and non-PCV7 serotypes increased from 34% to 55%. Overall carriage did not change (26% to 23%); neither did carriage of potentially cross-reactive serotypes (30% to 31%). The most common non-PCV7 serotypes were serotypes 11, 15, and 29. There was a substantial increase in penicillin nonsusceptibility from 8% to 25% in non-PCV7 serotypes; 35% were highly resistant to penicillin. Penicillin nonsusceptibility increased from 45% to 56% among PCV7 serotypes while remaining stable among PCV7 potentially cross-reactive strains (51% vs 54%). Conclusions. Pneumococcal colonization has changed after the introduction of PCV7, both in serotype distribution and in patterns of antibiotic resistance. The frequency of nonvaccine strains has increased, and the proportion of nonvaccine isolates that are not susceptible to penicillin has tripled. This shift toward increased carriage of nonvaccine serotypes warrants vigilance for changes in the epidemiology of invasive pneumococcal disease.

Background: The long-term effects of selective pressure from conjugate pneumococcal vaccine on the serotype distribution and antimicrobial resistance of carriage and invasive isolates of Streptococcus pneumoniae are unknown. Early changes demonstrate a reduction in vaccine serotypes and an increase in nonvaccine serotypes (NVT) among both carriage and invasive isolates. Ongoing surveillance is necessary to identify emerging invasive serotypes and antimicrobial susceptibilities. Methods: Enhanced surveillance of invasive pneumococcal disease in Massachusetts began in October 2001 and remains ongoing. Isolates from children less than 5 are sent to the Massachusetts Department of Public Health and subsequently to the Maxwell Finland laboratory for serotyping and determination of antimicrobial susceptibility. Annual incidence rates for vaccine serotype and NVT disease are calculated using 2000 census data. Results: NVT caused 72%–91% of invasive pneumococcal disease annually in children less than 5 years of age between 2002 and 2005. Serotype 19A has emerged as the most frequent cause of IPD in Massachusetts. A multidrug-resistant clone (ceftriaxone, amoxicillin, azithromycin and trimethoprim-sulfamethoxazole) (MLST 320) was first identified in Massachusetts in 2005. Conclusions: Three years after the introduction of pneumococcal conjugate vaccine for universal administration to children less than 2 in Massachusetts, a significant increase in invasive disease due to serotype 19A was observed. Although MLST 199 remains the most frequent sequence type among invasive isolates (of 19A), a multidrug-resistant sequence type, not previously identified in Massachusetts, has become an important cause of invasive disease. Further surveillance of the changing ecology of S. pneumoniae is necessary as a 4-year time period is not sufficient to fully evaluate the impact of PCV of pneumococcal infections.

This study aimed to evaluate the efficacy and safety of total glucosides of paeony (TGP) in patients with primary Sjögren's syndrome (pSS).

Abstract Background Carbapenem-resistant Enterobacterales (CRE) are an urgent global health threat. Inferring the dynamics of local CRE dissemination is currently limited by our inability to confidently trace the spread of resistance determinants to unrelated bacterial hosts. Whole genome sequence comparison is useful for identifying CRE clonal transmission and outbreaks, but high-frequency horizontal gene transfer (HGT) of carbapenem resistance genes and subsequent genome rearrangement complicate tracing the local persistence and mobilization of these genes across organisms. Methods To overcome this limitation, we developed a new approach to identify recent HGT of large, near-identical plasmid segments across species boundaries, which also allowed us to overcome technical challenges with genome assembly. We applied this to complete and near-complete genome assemblies to examine the local spread of CRE in a systematic, prospective collection of all CRE, as well as time- and species-matched carbapenem susceptible Enterobacterales , isolated from patients from four U.S. hospitals over nearly five years. Results Our CRE collection comprised a diverse range of species, lineages and carbapenem resistance mechanisms, many of which were encoded on a variety of promiscuous plasmid types. We found and quantified rearrangement, persistence, and repeated transfer of plasmid segments, including those harboring carbapenemases, between organisms over multiple years. Some plasmid segments were found to be strongly associated with specific locales, thus representing geographic signatures that make it possible to trace recent and localized HGT events. Functional analysis of these signatures revealed genes commonly found in plasmids of nosocomial pathogens, such as functions required for plasmid retention and spread, as well survival against a variety of antibiotic and antiseptics common to the hospital environment. Conclusions Collectively, the framework we developed provides a clearer, high resolution picture of the epidemiology of antibiotic resistance importation, spread, and persistence in patients and healthcare networks.

Abstract Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is a major cause of morbidity and mortality and one of the most serious infectious disease threats. Colonization by MRSA increases the risk of infection and transmission, underscoring the importance of decolonization efforts. However, success of these decolonization protocols varies, raising the possibility that some MRSA strains may be more persistent than others. Here, we studied how the persistence of MRSA colonization correlates with genomic presence of antibiotic resistance genes. Our analysis using a Bayesian mixed effects survival model found that high-level resistance to mupirocin was strongly associated with failure of the decolonization protocol. However, we did not see a similar effect with resistance to chlorhexidine or other antibiotics. Including strain-specific random effects improved the predictive performance, indicating that some strain characteristics other than resistance also contributed to persistence. Study subject-specific random effects did not improve the model. Our results highlight the need to consider the properties of the colonizing MRSA strain when deciding which treatments to include in the decolonization protocol. Author summary Methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) is responsible for a high burden of morbidity and mortality. MRSA colonization incurs risk of MRSA infection and transmission, highlighting the need for highly effective decolonization protocols. However, decolonization protocols have had mixed success. The extent to which this mixed success is attributable to MRSA strain variations and their resistance to antibiotics, including those like mupirocin that are commonly used for decolonization, versus study subject factors, has been unclear. Here, we characterized the effect of antibiotic resistance genes on the efficiency of an MRSA decolonization protocol. We found that mupirocin resistance and strain-specific effects were associated with reduced effectiveness of an MRSA decolonization protocol, but that resistance to other antibiotics, including purported chlorhexidine resistance genes, and subject-specific effects had no discernible impact on protocol success. Our results highlight the need to consider the properties of the colonizing MRSA strain when deciding which treatments to include in the decolonization protocol.

Current guidance to furlough health care staff with mild COVID-19 illness may prevent the spread of COVID-19 but may worsen nursing home staffing shortages as well as health outcomes that are unrelated to COVID-19.

Bacterial populations that colonize a host can play important roles in host health, including serving as a reservoir that transmits to other hosts and from which invasive strains emerge, thus emphasizing the importance of understanding rates of acquisition and clearance of colonizing populations. Studies of colonization dynamics have been based on assessment of whether serial samples represent a single population or distinct colonization events. With the use of whole genome sequencing to determine genetic distance between isolates, a common solution to estimate acquisition and clearance rates has been to assume a fixed genetic distance threshold below which isolates are considered to represent the same strain. However, this approach is often inadequate to account for the diversity of the underlying within-host evolving population, the time intervals between consecutive measurements, and the uncertainty in the estimated acquisition and clearance rates. Here, we present a fully Bayesian model that provides probabilities of whether two strains should be considered the same, allowing us to determine bacterial clearance and acquisition from genomes sampled over time. Our method explicitly models the within-host variation using population genetic simulation, and the inference is done using a combination of Approximate Bayesian Computation (ABC) and Markov Chain Monte Carlo (MCMC). We validate the method with multiple carefully conducted simulations and demonstrate its use in practice by analyzing a collection of methicillin resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates from a large recently completed longitudinal clinical study. An R-code implementation of the method is freely available at: https://github.com/mjarvenpaa/bacterial-colonization-model.git.