The European Society for Clinical Microbiology and Infectious Diseases, the European Confederation of Medical Mycology and the European Respiratory Society Joint Clinical Guidelines focus on diagnosis and management of aspergillosis. Of the numerous recommendations, a few are summarized here. Chest computed tomography as well as bronchoscopy with bronchoalveolar lavage (BAL) in patients with suspicion of pulmonary invasive aspergillosis (IA) are strongly recommended. For diagnosis, direct microscopy, preferably using optical brighteners, histopathology and culture are strongly recommended. Serum and BAL galactomannan measures are recommended as markers for the diagnosis of IA. PCR should be considered in conjunction with other diagnostic tests. Pathogen identification to species complex level is strongly recommended for all clinically relevant Aspergillus isolates; antifungal susceptibility testing should be performed in patients with invasive disease in regions with resistance found in contemporary surveillance programmes. Isavuconazole and voriconazole are the preferred agents for first-line treatment of pulmonary IA, whereas liposomal amphotericin B is moderately supported. Combinations of antifungals as primary treatment options are not recommended. Therapeutic drug monitoring is strongly recommended for patients receiving posaconazole suspension or any form of voriconazole for IA treatment, and in refractory disease, where a personalized approach considering reversal of predisposing factors, switching drug class and surgical intervention is also strongly recommended. Primary prophylaxis with posaconazole is strongly recommended in patients with acute myelogenous leukaemia or myelodysplastic syndrome receiving induction chemotherapy. Secondary prophylaxis is strongly recommended in high-risk patients. We strongly recommend treatment duration based on clinical improvement, degree of immunosuppression and response on imaging.

Chronic pulmonary aspergillosis (CPA) is an uncommon and problematic pulmonary disease, complicating many other respiratory disorders, thought to affect ~240 000 people in Europe. The most common form of CPA is chronic cavitary pulmonary aspergillosis (CCPA), which untreated may progress to chronic fibrosing pulmonary aspergillosis. Less common manifestations include: Aspergillus nodule and single aspergilloma. All these entities are found in non-immunocompromised patients with prior or current lung disease. Subacute invasive pulmonary aspergillosis (formerly called chronic necrotising pulmonary aspergillosis) is a more rapidly progressive infection (<3 months) usually found in moderately immunocompromised patients, which should be managed as invasive aspergillosis. Few clinical guidelines have been previously proposed for either diagnosis or management of CPA. A group of experts convened to develop clinical, radiological and microbiological guidelines. The diagnosis of CPA requires a combination of characteristics: one or more cavities with or without a fungal ball present or nodules on thoracic imaging, direct evidence of Aspergillus infection (microscopy or culture from biopsy) or an immunological response to Aspergillus spp. and exclusion of alternative diagnoses, all present for at least 3 months. Aspergillus antibody (precipitins) is elevated in over 90% of patients. Surgical excision of simple aspergilloma is recommended, if technically possible, and preferably via video-assisted thoracic surgery technique. Long-term oral antifungal therapy is recommended for CCPA to improve overall health status and respiratory symptoms, arrest haemoptysis and prevent progression. Careful monitoring of azole serum concentrations, drug interactions and possible toxicities is recommended. Haemoptysis may be controlled with tranexamic acid and bronchial artery embolisation, rarely surgical resection, and may be a sign of therapeutic failure and/or antifungal resistance. Patients with single Aspergillus nodules only need antifungal therapy if not fully resected, but if multiple they may benefit from antifungal treatment, and require careful follow-up.

Nontuberculous mycobacteria (NTM) represent over 190 species and subspecies, some of which can produce disease in humans of all ages and can affect both pulmonary and extrapulmonary sites. This guideline focuses on pulmonary disease in adults (without cystic fibrosis or human immunodeficiency virus infection) caused by the most common NTM pathogens such as Mycobacterium avium complex, Mycobacterium kansasii, and Mycobacterium xenopi among the slowly growing NTM and Mycobacterium abscessus among the rapidly growing NTM. A panel of experts was carefully selected by leading international respiratory medicine and infectious diseases societies (ATS, ERS, ESCMID, IDSA) and included specialists in pulmonary medicine, infectious diseases and clinical microbiology, laboratory medicine, and patient advocacy. Systematic reviews were conducted around each of 22 PICO (Population, Intervention, Comparator, Outcome) questions and the recommendations were formulated, written, and graded using the GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development, and Evaluation) approach. Thirty-one evidence-based recommendations about treatment of NTM pulmonary disease are provided. This guideline is intended for use by healthcare professionals who care for patients with NTM pulmonary disease, including specialists in infectious diseases and pulmonary diseases.

Anti-tumour necrosis factor (TNF) monoclonal antibodies or soluble TNF receptors have become an invaluable treatment against chronic inflammatory diseases, such as rheumatoid arthritis, inflammatory bowel disease and psoriasis. Individuals who are treated with TNF antagonists are at an increased risk of reactivating latent infections, especially tuberculosis (TB). Following TNF antagonist therapy, the relative risk for TB is increased up to 25 times, depending on the clinical setting and the TNF antagonist used. Interferon-γ release assays or, as an alternative in individuals without a history of bacille Calmette–Guérin vaccination, tuberculin skin testing is recommended to screen all adult candidates for TNF antagonist treatment for the presence of latent infection with Mycobacterium tuberculosis. Moreover, paediatric practice suggests concomitant use of both the tuberculin skin test and an interferon-γ release assay, as there are insufficient data in children to recommend one test over the other. Consequently, targeted preventive chemotherapy is highly recommended for all individuals with persistent M. tuberculosis-specific immune responses undergoing TNF antagonist therapy as it significantly reduces the risk of progression to TB. This TBNET consensus statement summarises current knowledge and expert opinions and provides evidence-based recommendations to reduce the TB risk among candidates for TNF antagonist therapy.

Abstract Nontuberculous mycobacteria (NTM) represent over 190 species and subspecies, some of which can produce disease in humans of all ages and can affect both pulmonary and extrapulmonary sites. This guideline focuses on pulmonary disease in adults (without cystic fibrosis or human immunodeficiency virus infection) caused by the most common NTM pathogens such as Mycobacterium avium complex, Mycobacterium kansasii, and Mycobacterium xenopi among the slowly growing NTM and Mycobacterium abscessus among the rapidly growing NTM. A panel of experts was carefully selected by leading international respiratory medicine and infectious diseases societies (ATS, ERS, ESCMID, IDSA) and included specialists in pulmonary medicine, infectious diseases and clinical microbiology, laboratory medicine, and patient advocacy. Systematic reviews were conducted around each of 22 PICO (Population, Intervention, Comparator, Outcome) questions and the recommendations were formulated, written, and graded using the GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development, and Evaluation) approach. Thirty-one evidence-based recommendations about treatment of NTM pulmonary disease are provided. This guideline is intended for use by healthcare professionals who care for patients with NTM pulmonary disease, including specialists in infectious diseases and pulmonary diseases.

Nontuberculous mycobacteria (NTM) represent over 190 species and subspecies, some of which can produce disease in humans of all ages and can affect both pulmonary and extrapulmonary sites. This guideline focuses on pulmonary disease in adults (without cystic fibrosis or human immunodeficiency virus infection) caused by the most common NTM pathogens such as Mycobacterium avium complex, Mycobacterium kansasii , and Mycobacterium xenopi among the slowly growing NTM and Mycobacterium abscessus among the rapidly growing NTM. A panel of experts was carefully selected by leading international respiratory medicine and infectious diseases societies (ATS, ERS, ESCMID, IDSA) and included specialists in pulmonary medicine, infectious diseases and clinical microbiology, laboratory medicine, and patient advocacy. Systematic reviews were conducted around each of 22 PICO (Population, Intervention, Comparator, Outcome) questions and the recommendations were formulated, written, and graded using the GRADE (Grading of Recommendations Assessment, Development, and Evaluation) approach. Thirty-one evidence-based recommendations about treatment of NTM pulmonary disease are provided. This guideline is intended for use by healthcare professionals who care for patients with NTM pulmonary disease, including specialists in infectious diseases and pulmonary diseases.

Microarray--assisted gene--expression screens of human macrophages revealed WNT5A, a homolog of Wingless, a key regulator of Drosophila melanogaster embryonic segmentation and patterning, to be consistently up-regulated following stimulation with different mycobacterial species and conserved bacterial structures. The expression of WNT5A required Toll-like receptor signaling and NF-kappaB activation, which identifies a novel induction pathway for a Wingless homolog. We show that human peripheral-blood mononuclear cells express the WNT5A receptor Frizzled-5 (FZD5). Both WNT5A and FZD5 also were detected in granulomatous lesions in the lungs of Mycobacterium tuberculosis-infected patients. Functional studies showed that WNT5A and FZD5 regulate the microbially induced interleukin-12 response of antigen-presenting cells and interferon-gamma production by mycobacterial antigen-stimulated T cells. Our findings implicate the evolutionarily conserved WNT/Frizzled signaling system in bridging innate and adaptive immunity to infections.

Temporal resolution of cellular features associated with a severe COVID-19 disease trajectory is needed for understanding skewed immune responses and defining predictors of outcome. Here, we performed a longitudinal multi-omics study using a two-center cohort of 14 patients. We analyzed the bulk transcriptome, bulk DNA methylome, and single-cell transcriptome (>358,000 cells, including BCR profiles) of peripheral blood samples harvested from up to 5 time points. Validation was performed in two independent cohorts of COVID-19 patients. Severe COVID-19 was characterized by an increase of proliferating, metabolically hyperactive plasmablasts. Coinciding with critical illness, we also identified an expansion of interferon-activated circulating megakaryocytes and increased erythropoiesis with features of hypoxic signaling. Megakaryocyte- and erythroid-cell-derived co-expression modules were predictive of fatal disease outcome. The study demonstrates broad cellular effects of SARS-CoV-2 infection beyond adaptive immune cells and provides an entry point toward developing biomarkers and targeted treatments of patients with COVID-19.

In light of the marked global health impact of tuberculosis (TB), strong focus has been on identifying biosignatures. Gene expression profiles in blood cells identified so far are indicative of a persistent activation of the immune system and chronic inflammatory pathology in active TB. Definition of a biosignature with unique specificity for TB demands that identified profiles can differentiate diseases with similar pathology, like sarcoidosis (SARC). Here, we present a detailed comparison between pulmonary TB and SARC, including whole-blood gene expression profiling, microRNA expression, and multiplex serum analytes. Our analysis reveals that previously disclosed gene expression signatures in TB show highly similar patterns in SARC, with a common up-regulation of proinflammatory pathways and IFN signaling and close similarity to TB-related signatures. microRNA expression also presented a highly similar pattern in both diseases, whereas cytokines in the serum of TB patients revealed a slightly elevated proinflammatory pattern compared with SARC and controls. Our results indicate several differences in expression between the two diseases, with increased metabolic activity and significantly higher antimicrobial defense responses in TB. However, matrix metallopeptidase 14 was identified as the most distinctive marker of SARC. Described communalities as well as unique signatures in blood profiles of two distinct inflammatory pulmonary diseases not only have considerable implications for the design of TB biosignatures and future diagnosis, but they also provide insights into biological processes underlying chronic inflammatory disease entities of different etiology.

A clear understanding of the genetic basis of antibiotic resistance in Mycobacterium tuberculosis is required to accelerate the development of rapid drug susceptibility testing methods based on genetic sequence. Raw genotype–phenotype correlation data were extracted as part of a comprehensive systematic review to develop a standardised analytical approach for interpreting resistance associated mutations for rifampicin, isoniazid, ofloxacin/levofloxacin, moxifloxacin, amikacin, kanamycin, capreomycin, streptomycin, ethionamide/prothionamide and pyrazinamide. Mutation frequencies in resistant and susceptible isolates were calculated, together with novel statistical measures to classify mutations as high, moderate, minimal or indeterminate confidence for predicting resistance. We identified 286 confidence-graded mutations associated with resistance. Compared to phenotypic methods, sensitivity (95% CI) for rifampicin was 90.3% (89.6–90.9%), while for isoniazid it was 78.2% (77.4–79.0%) and their specificities were 96.3% (95.7–96.8%) and 94.4% (93.1–95.5%), respectively. For second-line drugs, sensitivity varied from 67.4% (64.1–70.6%) for capreomycin to 88.2% (85.1–90.9%) for moxifloxacin, with specificity ranging from 90.0% (87.1–92.5%) for moxifloxacin to 99.5% (99.0–99.8%) for amikacin. This study provides a standardised and comprehensive approach for the interpretation of mutations as predictors of M. tuberculosis drug-resistant phenotypes. These data have implications for the clinical interpretation of molecular diagnostics and next-generation sequencing as well as efficient individualised therapy for patients with drug-resistant tuberculosis.