As passive control techniques, both inerter device (ID) and negative stiffness device (NSD) produce forces that have a phase delay of π from common springs, i.e., negative stiffness behavior, when subjected to harmonic excitations. Thus, these two are both able to assist the motion of viscous damper in typical tuned inerter-based or negative stiffness-based absorbers, like tuned viscous mass damper (TVMD) or negative stiffness amplifying damper (NSAD), leading to a damping magnification effect. However, the negative stiffness value of NSD is frequency-independent; while that value of ID is frequency-dependent. In this regard, ID and NSD will perform differently due to structural frequency variation caused by soil-structure-interaction (SSI), which in turn further affects the energy dissipation capabilities and the seismic performance of TVMD and NSAD. Based on these effects, this paper systematically compares and discusses the optimal design and seismic performance of TVMD and NSAD from the point of SSI.

Summary Recent characterizations of pioneer transcription factors have led to new insights into their structures and patterns of chromatin recognition that are instructive for understanding their role in cell fate commitment and transformation. Intersecting with these basic science concepts, the identification of pioneer factors (PFs) fused together as driver translocations in childhood cancers raises questions of whether these fusions retain the fundamental ability to invade repressed chromatin, consistent with their monomeric PF constituents. In this study, we define the cellular and chromatin localization of the translocation, PAX3-FOXO1, an oncogenic driver of childhood rhabdomyosarcoma (RMS), derived from a genetic fusion of PFs. To quantitatively define its chromatin-targeting functions and capacity to drive epigenetic reprogramming, we developed a new method for ChIP-seq with per-cell normalization (pc-ChIP-seq). Our quantitative localization studies address structural variation in RMS genomes and reveal novel insights into heterochromatin localization of PAX3-FOXO1. From these studies, we report novel pioneer function for the major driver oncogene in RMS, with repressed chromatin binding and nucleosome-motif targeting in human cells.

Abstract The single Nrf1 gene has capability to be differentially transcripted alongside with alternative mRNA-splicing and subsequent translation through different initiation signals so as to yield distinct lengths of polypeptide isoforms. Amongst them, three of the most representatives are Nrf1α, Nrf1β and Nrf1γ, but the putative specific contribution of each isoform to regulating ARE-driven target genes remains unknown. To address this, we have here established three cell lines on the base of the Flp-In ™ T-REx ™ system, which are allowed for tetracycline-inducibly stable expression of Nrf1α, Nrf1β and Nrf1γ. The RNA-Sequencing results have demonstrated that a vast majority of differentially expressed genes (i.e. >90% DEGs detected) were dominantly up-regulated by Nrf1α and/or Nrf1β following induction by tetracycline. By contrast, other DEGs regulated by Nrf1γ were far less than those regulated by Nrf1α/β (i.e. ~11% of Nrf1α and 7% of Nrf1β). Further transcriptomic analysis revealed that tetracycline-induced expression of Nrf1γ significantly increased the percentage of down-regulated genes in total DEGs. These statistical data were further validated by quantitative real-time PCR. The experimental results indicate that distinct Nrf1 isoforms make diverse and even opposing contributions to regulating different subsets of target genes, such as those encoding 26S proteasomal subunits and others involved in various biological processes and functions. Collectively, Nrf1γ acts as a major dominant-negative competitor against Nrf1α/β activity, such that a number of DEGs regulated by Nrf1α/β are counteracted by Nrf1γ.

Due to its simple and beautiful architectural appearance, the stress‐ribbon bridge (SRB) has been gradually built around the world as a pedestrian or traffic bridge. However, as characterized by low bending stiffness and low damping ratio features, SRB is prone to the dynamic effects of external excitations, such as pedestrians, vehicles, and/or winds. To control the vertical vibration of the SRB, a rail‐damper system is proposed in this study. In the proposed scheme, the rotation of the handrails triggered by the flexural deformation of the SRB is utilized to drive the viscous dampers installed between the adjacent handrails. The governing equations of the proposed control system are established. The key design parameters and their influences on the dynamic properties of the control system are systematically investigated. The control performances of the proposed rail‐damper system are further investigated through an SRB numerical model subjected to pedestrian excitations. It is discovered that the rail‐damper system can offer considerable supplemental damping to the structural modes through reasonable design, achieving satisfactory control performances. To gain the excellent effect of the proposed rail‐damper system in real applications, a nondimensional rail stiffness of no less than 1000 is recommended, and the stiffness of the damper should be controlled as small as possible.

Abstract It is questionable why no further experimental evidence confirming those findings, since being reported by Manning’s group in 2014’s Nature (doi: 10.1038/nature13492), has been provided in the hitherto known literature. They found that ‘Growth factors stimulate an increase in Nrf1 through mTORC1, which induces NRF1 transcription in an SREBP1-dependent manner’ and asserted that Nrf1 is directly regulated by SREBP1. Thereby, a key issue arising from their work is of particular concern about whether the mTORC1 signaling to upregulation of Nrf1-targeted proteasomal expression profiles occurs directly by SREBP1. In this study, our experiment evidence revealed that Nrf1 is not a direct target of SREBP1, although both are involved in the rapamycin-responsive regulatory networks. Closely scrutinizing two distinct transcriptomic datasets unraveled no significant changes in transcriptional expression of Nrf1 and almost all proteasomal subunits in either siSREBP2- silencing cells or SREBP1 –/– MEFs, when compared to equivalent controls. However, distinct upstream signaling to Nrf1 dislocation by p97 and its processing by DDI1/2, along with downstream proteasomal expression, may be monitored by mTOR signaling, to various certain extents, depending on distinct experimental settings in different types of cells. Our further evidence has been obtained from DDI1 –/– ( DDI2 insC ) cells, demonstrating that putative effects of mTOR on the rapamycin-responsive signaling to Nrf1 and proteasomes may also be executed partially through a DDI1/2-independent mechanism, albeit the detailed regulatory events remain to be determined.

All living organisms have undergone the evolutionary selection under the changing natural environments to survive as diverse life forms. All life processes including normal homeostatic development and growth into organismic bodies with distinct cellular identifications, as well as their adaptive responses to various intracellular and environmental stresses, are tightly controlled by signaling of transcriptional networks towards regulation of cognate genes by many different transcription factors. Amongst them, one of the most conserved is the basic-region leucine zipper (bZIP) family. They play vital roles essential for cell proliferation, differentiation and maintenance in complex multicellular organisms. Notably, an unresolved divergence on the evolution of bZIP proteins is addressed here. By a combination of bioinformatics with genomics and molecular biology, we have demonstrated that two of the most ancestral family members classified into BATF and Jun subgroups are originated from viruses, albeit expansion and diversification of the bZIP superfamily occur in different vertebrates. Interestingly, a specific ancestral subfamily of bZIP proteins is identified and also designated Nach (Nrf and CNC homology) on account of their highly conservativity with NF-E2 p45 subunit-related factors Nrf1/2. Further experimental evidence reveals that Nach1/2 from the marine bacteria exerts distinctive functions from Nrf1/2 in the transcriptional ability to regulate antioxidant response element (ARE)-driven cytoprotective genes. Collectively, an insight into Nach/CNC-bZIP proteins provides a better understanding of distinct biological functions between these factors selected during evolution from the marine bacteria to human.