To construct an East Asia mitochondrial DNA (mtDNA) phylogeny, we sequenced the complete mitochondrial genomes of 672 Japanese individuals ( http://www.giib.or.jp/mtsnp/index_e.html ). This allowed us to perform a phylogenetic analysis with a pool of 942 Asiatic sequences. New clades and subclades emerged from the Japanese data. On the basis of this unequivocal phylogeny, we classified 4713 Asian partial mitochondrial sequences, with <10% ambiguity. Applying population and phylogeographic methods, we used these sequences to shed light on the controversial issue of the peopling of Japan. Population-based comparisons confirmed that present-day Japanese have their closest genetic affinity to northern Asian populations, especially to Koreans, which finding is congruent with the proposed Continental gene flow to Japan after the Yayoi period. This phylogeographic approach unraveled a high degree of differentiation in Paleolithic Japanese. Ancient southern and northern migrations were detected based on the existence of basic M and N lineages in Ryukyuans and Ainu. Direct connections with Tibet, parallel to those found for the Y-chromosome, were also apparent. Furthermore, the highest diversity found in Japan for some derived clades suggests that Japan could be included in an area of migratory expansion to Continental Asia. All the theories that have been proposed up to now to explain the peopling of Japan seem insufficient to accommodate fully this complex picture.

Centenarians have a decreased susceptibility to ageing-associated illnesses, chronic inflammation and infectious diseases1-3. Here we show that centenarians have a distinct gut microbiome that is enriched in microorganisms that are capable of generating unique secondary bile acids, including various isoforms of lithocholic acid (LCA): iso-, 3-oxo-, allo-, 3-oxoallo- and isoallolithocholic acid. Among these bile acids, the biosynthetic pathway for isoalloLCA had not been described previously. By screening 68 bacterial isolates from the faecal microbiota of a centenarian, we identified Odoribacteraceae strains as effective producers of isoalloLCA both in vitro and in vivo. Furthermore, we found that the enzymes 5α-reductase (5AR) and 3β-hydroxysteroid dehydrogenase (3β-HSDH) were responsible for the production of isoalloLCA. IsoalloLCA exerted potent antimicrobial effects against Gram-positive (but not Gram-negative) multidrug-resistant pathogens, including Clostridioides difficile and Enterococcus faecium. These findings suggest that the metabolism of specific bile acids may be involved in reducing the risk of infection with pathobionts, thereby potentially contributing to the maintenance of intestinal homeostasis.

Aim Vitamin D (VD) affects skeletal muscles. The high prevalence of VD deficiency in Japan may lead to decreased skeletal muscle mass and strength, increasing the prevalence of sarcopenia. Therefore, we aimed to investigate the association between serum VD levels and skeletal muscle indices in a Japanese community‐dwelling older population. Methods We extracted data from the Septuagenarians, Octogenarians, Nonagenarians Investigation with Centenarians (SONIC) study. We analyzed the data for participants in the 70s and 90s age groups. Skeletal mass index (SMI) using bioimpedance analysis, grip strength, walking speed, and serum VD levels using 25‐hydroxyvitamin D [25(OH)D] were measured. Results We analyzed the data of 310 participants in their 70s and 48 in their 90s. Mean serum 25(OH)D levels were 21.6 ± 5.0 ng/mL in the 70s group and 23.4 ± 9.1 ng/mL in the 90s group. In the 70s group, serum 25(OH)D levels correlated with SMI ( r = 0.21, P < 0.0001) and grip strength ( r = 0.30, P < 0.0001). Serum 25(OH)D levels were independently associated with SMI after adjusting for sex, body mass index, and serum albumin levels. In the 90s group, serum 25(OH)D levels were correlated with SMI ( r = 0.29, P = 0.049) and grip strength ( r = 0.34, P = 0.018). However, the multivariate analysis showed no independent association between SMI, grip strength, and serum 25(OH)D levels. Conclusion In a cross‐sectional analysis of an older population, serum VD levels were associated with SMI and grip strength, and this association was more pronounced in the 70s group than in the 90s group. Our results suggest that serum VD levels maintain skeletal muscle mass and grip strength. Geriatr Gerontol Int 2024; ••: ••–•• .

We prospectively examined the effect of baseline multimorbidity and polypharmacy on the physical function of community-dwelling older adults over a three-year period. The analysis included 1,401 older adults (51.5% women) who participated in both wave 1 and wave 2 (3-year follow-up) of the Septuagenarians, Octogenarians, and Nonagenarians Investigation with Centenarians (SONIC) study. Grip strength and walking speed were binarized into poor/not poor physical function according to the frailty definition. The number of chronic conditions and the number of prescribed medications were categorized into 3 and 4 groups, respectively. Multivariable logistic regression was used to examine associations between the number of chronic conditions, medication use at baseline, and poor physical function over a three-year period. After adjusting for confounding factors, hyperpolypharmacy (≥ 10 medications) demonstrated associations with weak grip strength (adjusted odds ratio [aOR] = 2.142, 95% confidence interval [CI] = 1.100–4.171) and slow walking speed (aOR = 1.878, 95% CI = 1.013–3.483), while co-medication (1–4 medications) was negatively associated with slow walking speed (aOR = 0.688, 95% CI = 0.480–0.986). There was no significant association between the number of chronic conditions and physical function. The findings suggest that the number of medications can serve as a simple indicator to assess the risk of physical frailty. Given that many older individuals receive multiple medications for extended durations, medical management approaches must consider not only disease-specific treatment outcomes but also prioritize drug therapy while actively avoiding the progression towards frailty and geriatric syndromes.

Supercentenarians, people who have reached 110 years of age, are a great model of healthy aging. Their characteristics of delayed onset of age-related diseases and compression of morbidity imply that their immune system remains functional. Here we performed single-cell transcriptome analysis of 61,202 peripheral blood mononuclear cells (PBMCs), derived from seven supercentenarians and five younger controls. We identified a marked increase of cytotoxic CD4 T-cells (CD4 CTLs) coupled with a substantial reduction of B-cells as a novel signature of supercentenarians. Furthermore, single-cell T-cell receptor sequencing of two supercentenarians revealed that CD4 CTLs had accumulated through massive clonal expansion, with the most frequent clonotypes accounting for 15% to 35% of the entire CD4 T-cell population. The CD4 CTLs exhibited substantial heterogeneity in their degree of cytotoxicity as well as a nearly identical transcriptome to that of CD8 CTLs. This indicates that CD4 CTLs utilize the transcriptional program of the CD8 lineage while retaining CD4 expression. Our study reveals that supercentenarians have unique characteristics in their circulating lymphocytes, which may represent an essential adaptation to achieve exceptional longevity by sustaining immune responses to infections and diseases.