NK
Navchetan Kaur
Author with expertise in Kidney Transplantation
Achievements
This user has not unlocked any achievements yet.
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(0% Open Access)
Cited by:
0
h-index:
13
/
i10-index:
18
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A precision virtual crossmatch decision support system for interpretation of ambiguous molecular HLA typing data

Navchetan Kaur et al.Sep 5, 2019
Virtual crossmatch (VXM) compares a transplant candidate's unacceptable antigens to the HLA typing of the donor before an organ offer is accepted and, in selected cases, supplant a prospective physical crossmatch. However, deceased donor typing can be ambiguous, leading to uncertainty in compatibility prediction. We have developed a web application that utilizes ambiguous HLA molecular typing data to assist in VXM assessments. The application compares a candidate's listed unacceptable antigens to computed probabilities of all possible two-field donor HLA alleles and UNOS antigens. The VIrtual CrossmaTch for mOleculaR HLA typing (VICTOR) tool can be accessed at http://www.transplanttoolbox.org/victor. We reanalyzed historical VXM cases where a transplant center's manual interpretation of molecular typing results influenced offer evaluation. We found that VICTOR's automated interpretation of ambiguous donor molecular typing data would influence VXM decisions. Standardized interpretation of molecular typing data, if applied to the match run, could also change which offers are made. HLA typing ambiguity has been an underappreciated source of immunological risk in organ transplantation. The VICTOR tool can serve as a testbed for development of allocation policies with the aim of decreasing offers refused due to HLA incompatibility.
0

Mapping molecular HLA typing data to UNOS antigen equivalents for improved virtual crossmatch

Navchetan Kaur et al.May 24, 2018
Background: Virtual crossmatch utilizes HLA typing and antibody screen assay data as a part of organ offers in deceased donor allocation systems. Histocompatibility labs must convert molecular HLA typings to antigen equivalencies for entry into the United Network for Organ Sharing (UNOS) UNet system. While an Organ Procurement and Transplantation Network (OPTN) policy document provides general guidelines for conversion, the process is complex because no antigen mapping table is available. We present a UNOS antigen equivalency table for all IMGT/HLA alleles at the A, B, C, DRB1, DRB3/4/5, DQA1, and DQB1 loci. Methods: An automated script was developed to generate a UNOS antigen equivalency table. Data sources used in the conversion algorithm included the World Marrow Donor Association (WMDA) antigen table, the HLA Dictionary, and UNOS-provided tables. To validate antigen mappings, we converted National Marrow Donor Program (NMDP) high resolution allele frequencies to antigen equivalents and compared with the UNOS Calculated Panel Reactive Antibodies (CPRA) reference panel. Results: Normalized frequency similarity scores between independent NMDP and UNOS panels for 4 US population categories (Caucasian, Hispanic, African American and Asian/Pacific Islander) ranged from 0.85 to 0.97, indicating correct antigen mapping. An open source web application (ALLele to ANtigen (ALLAN)) and web services were also developed to map unambiguous and ambiguous HLA typing data to UNOS antigen equivalents based on NMDP population-specific allele frequencies (http://www.transplanttoolbox.org). Conclusions: This tool sets a foundation for using molecular HLA typing to compute the virtual crossmatch and may aid in reducing typing discrepancies in UNet.