Abstract The Itaipu Hydroelectric Power Plant is the second largest in the world in power generation. The artificial barrier created by its dam imposes an obstacle for fish migration. Thus, in 2002, a fish pass system, named Piracema Channel, was built to allow fish to access areas upstream of the reservoir. We tested the potential of environmental DNA metabarcoding to monitor the impact of both the dam and associated fish pass system in the Paraná River fish communities and to compare it with traditional monitoring methods. Using a fragment of the 12S gene, we characterized richness and community composition based on amplicon sequence variants, operational taxonomic units, and zero-radius OTUs. We combined GenBank and in-house data for taxonomic assignment. We found that different bioinformatics approaches showed similar results. Also, we found a decrease in fish diversity from 2019 to 2020 probably due to the recent extreme drought experienced in southeastern Brazil. The highest alpha diversity was recorded in the mouth of the fish pass system, located in a protected valley with the highest environmental heterogeneity. Despite the clear indication that the reference databases need to be continuously improved, our results demonstrate the analytical efficiency of the metabarcoding to monitor fish species.

Abstract The study of environmental DNA (eDNA) is increasingly becoming a valuable tool to survey and monitor aquatic communities. However, there are important gaps in our understanding of the dynamics governing the distribution of eDNA under natural conditions. In this report we carry out controlled experiments to assess the extent and timing of eDNA distribution along the water column. A sample of known eDNA concentration was placed at the bottom of a 5-m high tube (20 cm in diameter and total volume of 160 L), and water samples were obtained at different depths over an 8 h-period. The presence of the target eDNA was assessed by qPCR analysis. This sampling protocol allowed for assessing the timescale for the diffusion of eDNA while minimizing the influence of turbulence. We demonstrate that, after a time-period of as little as 30 min, the eDNA had spread across the entire container. The implications of these results for eDNA sampling protocols in the field are discussed.

The present study investigates if the polyvinyl chloride microplastics (79-149 μm) could cause any time-dependent responses of the microplastics absorption and biochemical responses (GST, TBARs, DNA strand breaks) for Zoanthus sp. during and acute (7 days) and chronic (14 days) exposures. For the role experiments mini colonies of Zoanthus sp. were exposed to 10 mg/L of PVC microplastics for 7 and 14 days. Exposure time had a direct influence under the PVC microplastics absorption, what consequently contributed for alterations on GST activity, TBARS concentration and DNA damage. These results provide evidence of biochemical damages caused by microplastics in corals, and insights for future perspectives of coral reefs health once plastic debris have been recorded at the ocean for at least 40 years.

Abstract Metabarcoding of environmental DNA is based on primers that are specific to the target taxa (e.g. bacteria, zooplankton, fishes). However, due to the nature of the commonly used protocols, regardless of the chosen primers, several sequences of non-target species will inevitably be generated, but are usually discarded in commonly used bioinformatics pipelines. These non-target sequences might contain important biological information about the presence of other species in the studied habitats and its potential for ecological studies is still poorly understood. Here, we analyzed the presence of mammal and bird species in aquatic environmental samples that were originally amplified targeting teleost fish species. After all cleaning and checking steps, we kept 21 amplicon sequence variants (ASVs) belonging to mammals and ten to birds. Most ASVs were taxonomic assigned to farm/domestic animals, such as cats, cows, and ducks. Yet, we were able to identify a native semi-aquatic mammal, the capybara, in the samples. Four native bird species and a non-native potentially invasive bird ( Corvus sp.) were also detected. Although the data derived from these samples for mammals and birds are of limited use for diversity analyses, our results demonstrate the potential of aquatic samples to characterize non-aquatic birds and highlight the presence of a potentially invasive species that had not been recorded before in the region.