No systemic therapies have been approved for the treatment of advanced cutaneous squamous-cell carcinoma. This cancer may be responsive to immune therapy, because the mutation burden of the tumor is high and the disease risk is strongly associated with immunosuppression. In the dose-escalation portion of the phase 1 study of cemiplimab, a deep and durable response was observed in a patient with metastatic cutaneous squamous-cell carcinoma.We report the results of the phase 1 study of cemiplimab for expansion cohorts of patients with locally advanced or metastatic cutaneous squamous-cell carcinoma, as well as the results of the pivotal phase 2 study for a cohort of patients with metastatic disease (metastatic-disease cohort). In both studies, the patients received an intravenous dose of cemiplimab (3 mg per kilogram of body weight) every 2 weeks and were assessed for a response every 8 weeks. In the phase 2 study, the primary end point was the response rate, as assessed by independent central review.In the expansion cohorts of the phase 1 study, a response to cemiplimab was observed in 13 of 26 patients (50%; 95% confidence interval [CI], 30 to 70). In the metastatic-disease cohort of the phase 2 study, a response was observed in 28 of 59 patients (47%; 95% CI, 34 to 61). The median follow-up was 7.9 months in the metastatic-disease cohort of the phase 2 study. Among the 28 patients who had a response, the duration of response exceeded 6 months in 57%, and 82% continued to have a response and to receive cemiplimab at the time of data cutoff. Adverse events that occurred in at least 15% of the patients in the metastatic-disease cohort of the phase 2 study were diarrhea, fatigue, nausea, constipation, and rash; 7% of the patients discontinued treatment because of an adverse event.Among patients with advanced cutaneous squamous-cell carcinoma, cemiplimab induced a response in approximately half the patients and was associated with adverse events that usually occur with immune checkpoint inhibitors. (Funded by Regeneron Pharmaceuticals and Sanofi; ClinicalTrials.gov numbers, NCT02383212 and NCT02760498 .).

Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

Immunotherapeutic PD-1–targeted therapies require CD28 to promote cancer cell killing.

Significance Therapies that harness the immune system have recently been approved for cancer treatment. Identification of biomarkers to monitor or predict patients’ responses to immunotherapies would help guide treatment decisions. Herein we analyzed changes in peripheral blood T cells from lung cancer patients receiving immunotherapy blocking the PD-1 inhibitory pathway. We detected CD8 T-cell responses following treatment in most patients. In addition, our data suggest that an increase in proliferation of PD-1+ CD8 T cells in the blood within 4 wk of treatment initiation may be associated with positive clinical outcome. Our analysis provides valuable insights into cancer patients’ responses to PD-1–targeted therapies and warrant further studies on peripheral blood biomarkers.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

RET mutations occur in 70% of medullary thyroid cancers, and RET fusions occur rarely in other thyroid cancers. In patients with RET-altered thyroid cancers, the efficacy and safety of selective RET inhibition are unknown.

Purpose To study the burden and outcome of lung cancer in the elderly, particularly for patients aged 80 years and older. Patients and Methods The national Surveillance, Epidemiology, and End Results database was analyzed for lung cancer outcomes during the period 1988 to 2003. A comparison was carried out between patients with lung cancer 80 years and older, 70 to 79 years, and younger than 70 years for demographics; stage distribution; 5-year relative survival; and survival based on histology, sex, race, stage, and treatment. The temporal trends in survival during the years 1988 to 1997 and 1998 to 2003 were also analyzed. Results Of 316,682 patients eligible for the analysis, 45,912 (14%) were 80 years or older (ie, very elderly); 103,963 (33%) were 70 to 79 years; and 166,807 (53%) were younger than 70 years. The distribution by stage and histology was comparable for all the three groups. Overall survival rate at 5 years was lower in the very elderly (7.4% v 12.3% v 15.5%; P < .0001) across sex, histologic subtypes, stages, and racial categories. Patients aged 80 years or older were less likely to receive local therapy (no surgery or radiation) than younger patients (47% v 28% and 19% for the age subgroups ≥ 80 years, 70 to 79 years, and < 70 years, respectively). Overall outcomes for patients who underwent surgical therapy or radiation were comparable across the three age groups. In general, survival outcomes for the subgroup aged 70 to 79 years were similar to those of the subgroup aged 80 years and older who received single modality local therapy. Conclusion Patients 80 years or older account for 14% (70 years or older accounted for 47%) of all lung cancers, are less likely to be subjected to surgery or radiation, and have inferior outcomes when compared with younger patients.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

CA: A Cancer Journal for Clinicians publishes information about the prevention, early detection, and treatment of cancer, as well as nutrition, palliative care, survivorship, and additional topics of interest related to cancer care.