XL
Xiangfeng Lu
Author with expertise in Genomic Studies and Association Analyses
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(83% Open Access)
Cited by:
1,138
h-index:
38
/
i10-index:
111
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Association analyses based on false discovery rate implicate new loci for coronary artery disease

Christopher Nelson et al.Jul 17, 2017
Hugh Watkins and colleagues meta-analyze data from the UK Biobank along with recent genome-wide association studies for coronary artery disease. They identify 13 new loci that were genome-wide significant and 243 loci at a 5% false discovery rate. Genome-wide association studies (GWAS) in coronary artery disease (CAD) had identified 66 loci at 'genome-wide significance' (P < 5 × 10−8) at the time of this analysis, but a much larger number of putative loci at a false discovery rate (FDR) of 5% (refs. 1,2,3,4). Here we leverage an interim release of UK Biobank (UKBB) data to evaluate the validity of the FDR approach. We tested a CAD phenotype inclusive of angina (SOFT; ncases = 10,801) as well as a stricter definition without angina (HARD; ncases = 6,482) and selected cases with the former phenotype to conduct a meta-analysis using the two most recent CAD GWAS2,3. This approach identified 13 new loci at genome-wide significance, 12 of which were on our previous list of loci meeting the 5% FDR threshold2, thus providing strong support that the remaining loci identified by FDR represent genuine signals. The 304 independent variants associated at 5% FDR in this study explain 21.2% of CAD heritability and identify 243 loci that implicate pathways in blood vessel morphogenesis as well as lipid metabolism, nitric oxide signaling and inflammation.
0
Citation625
0
Save
57

A multi-layer functional genomic analysis to understand noncoding genetic variation in lipids

Shweta Ramdas et al.Dec 8, 2021
Abstract A major challenge of genome-wide association studies (GWAS) is to translate phenotypic associations into biological insights. Here, we integrate a large GWAS on blood lipids involving 1.6 million individuals from five ancestries with a wide array of functional genomic datasets to discover regulatory mechanisms underlying lipid associations. We first prioritize lipid-associated genes with expression quantitative trait locus (eQTL) colocalizations, and then add chromatin interaction data to narrow the search for functional genes. Polygenic enrichment analysis across 697 annotations from a host of tissues and cell types confirms the central role of the liver in lipid levels, and highlights the selective enrichment of adipose-specific chromatin marks in high-density lipoprotein cholesterol and triglycerides. Overlapping transcription factor (TF) binding sites with lipid-associated loci identifies TFs relevant in lipid biology. In addition, we present an integrative framework to prioritize causal variants at GWAS loci, producing a comprehensive list of candidate causal genes and variants with multiple layers of functional evidence. Two prioritized genes, CREBRF and RRBP1 , show convergent evidence across functional datasets supporting their roles in lipid biology.
57
Citation1
0
Save
0

Hypertension and human health: Evidence and prospects

Fangchao Liu et al.May 30, 2024
High blood pressure is a major public health issue and a leading risk factor for death worldwide, with the number of attributable deaths increased from 6.8 million in 1990 to 10.8 million in 2019.1, 2 According to the World Health Organization, the age-standardized prevalence of hypertension was estimated to be 33%, affecting approximately 1.3 billion adults aged 30–79 years in 2019 worldwide, doubling from 1990.3 In addition to the heavy disease burden, the economic burden associated with hypertension is also substantial, accounting for approximately 10% of the global healthcare expenditure.4 Furthermore, despite improvements in diagnostic and treatment capacities, the status of hypertension care remains suboptimal, especially in low- and middle-income countries. For instance, in China, in 2019, the awareness, treatment, and control rates of hypertension were 38.3%, 34.6%, and 12.0%, respectively.5 Accumulating evidence calls for more comprehensive and effective prevention and management of hypertension. Multiple risk factors for hypertension have been well established, including genetic background, high sodium intake, smoking, physical inactivity, obesity, and alcohol intake.6, 7 Other potential risk factors (e.g., air pollution, psychological disorders, sleep habits, and noise exposure) have received increasing attention in recent years.4 To enhance the efficacy of prevention, identifying the potential risk factors for hypertension within specific populations and developing advanced tools to improve adherence to interventions remain imperative. In addition to lifestyle modifications, pharmacological treatment is essential for managing hypertension. Moreover, hypertension may cause other diseases such as cardiovascular disease, chronic kidney disease, and dementia.8, 9 Additionally, hypertension during pregnancy is associated with adverse consequences for offspring, including preterm birth, vascular dysfunction, and cognitive impairment.10, 11 Therefore, it is important to systematically understand the current research status of hypertension and related diseases. In this special issue, authors from the United States, United Kingdom, China, India, and Pakistan report the latest research findings on hypertension and related diseases. The issue comprises eight publications, including four original articles, two brief reports, one study protocol, and one correspondence. In summary, the aforementioned studies employed different epidemiological designs to assess the risk factors for hypertension, identify molecular biomarkers for pre-eclampsia (PE), depict the adverse impact of blood pressure on various outcomes, and provide potential evidence for hypertension management and treatment. Zhang et al.12 offered valuable insights into the genetic and epigenetic landscape of BP regulation by integrating genome-wide association studies data with RNAm-SNP annotation information, suggesting that RNA modifications, especially m6A methylation, may play a role in BP regulation. This study advances our understanding of the potential functional implications of the genetic basis of BP. Using in vitro, in vivo, and retrospective clinical approaches, Powell et al. demonstrated that rs699 A>G could reduce AGT expression independent of rs5051, thereby influencing hypertension phenotypes, which may help clinicians understand the variations in antihypertensive responses across individuals. In addition, occupational exposure should be considered for the prevention and treatment of hypertension. In response to this, Zhao et al.13 revealed an association between serum aluminum levels and hypertension prevalence in 476 male workers. Although many guidelines have reached consensus on first-line antihypertensive drugs, including angiotensin-converting enzyme inhibitors, angiotensin II receptor blockers, calcium channel blockers, β-blockers, and thiazide diuretics,14 the development of new antihypertensive agents is yet to be promising.15 Baxdrostat, an aldosterone synthesis inhibitor, was tested in a phase II trial involving 274 patients with resistant hypertension who were randomized postscreening.16 It demonstrated high potency without influencing cortisol levels and had a favorable safety performance. However, further studies are required to validate these findings. Focusing on PE, which is characterized by hypertension and proteinuria, Xu et al.17 assessed its association with growth differentiation factor-15 (GDF-15) in 236 healthy pregnancies and 63 PE cases. They observed that women with higher GDF-15 levels were more likely to have PE, suggesting that GDF-15 may serve as a biomarker for diagnosing PE, regardless of early or late onset. Another group of the focus population is older adults, who inevitably experience cognitive decline. Current evidence indicates that both the prevention of hypertension development and a well-controlled hypertension status in patients are beneficial for cognition, and long-term blood pressure variability is associated with future renal damage, both of which underscore the far-reaching implications of hypertension beyond cardiovascular health.18, 19 Over the past two decades, mobile health has developed rapidly and emerged as a potential strategy to improve control rates by promoting adherence to lifestyle interventions in individuals with hypertension.20 In this issue, Thakar et al. proposed a randomized controlled trial protocol to evaluate whether mobile health technology leads to higher exercise adherence among adults aged 30–79 years with hypertension in India. A total of 154 individuals will be randomized to receive an 8-week intervention with follow-up assessments at 2-week intervals. Generally, mobile health addresses the gaps in usual care, including shortfalls in the healthcare workforce, lifestyle modification guidance, and adherence support. We await the findings of this trial in the near future. The growing burden of the risk factors for hypertension is likely to facilitate its further progression.21 Moreover, owing to population growth and aging, a continuous upward trend in patients with hypertension exacerbates the disease burden posed by hypertension.22 These insights provide a multifaceted overview of the wide spectrum of hypertension prevention, management, and treatment by integrating genetic information, molecular biomarkers, and new drug applications, as well as leveraging modern technologies. Additionally, these studies emphasize the adverse effects of hypertension that extend beyond the cardiovascular system and advocate for a lifelong course in the management of hypertension. X. Lu contributed to conception and design, critical revision for the final version. F. Liu contributed to literature reviewing and drafted the article. The Capital Health Research and Development of Special, Grant/Award Number: 2024-1G-4033; Chinese Academy of Medical Sciences (CAMS) Innovation Fund for Medical Sciences, Grant/Award Number: 2021-I2M-1-010. The authors declare no conflict of interest. Professor Xiangfeng Lu is a member of Chronic Diseases and Translational Medicine editorial board and is not involved in the peer review and decision process of this article. None. None.
0

Relationship between trajectory of Chinese visceral adiposity index and risk of type 2 diabetes mellitus: Evidence from the ChinaPAR project

Xueru Fu et al.Nov 19, 2024
Abstract Aims This study aimed to identify the distinct change trajectories of the Chinese visceral adiposity index (CVAI) over time and to investigate their associations with risk of type 2 diabetes mellitus (T2DM). Materials and Methods This study included 52 394 participants from the prospective project, the Prediction for Atherosclerotic Cardiovascular Disease Risk in China (China‐PAR). The CVAI was calculated using measures of age, body mass index, waist circumference, triglycerides and high‐density lipoprotein cholesterol. Latent mixture modelling was conducted to fit distinct trajectory patterns. The logistic regression model was applied to estimate odds ratios (ORs) and 95% confidence intervals (CIs) for the risk of T2DM with various CVAI trajectory patterns. Results Four distinct CVAI trajectory patterns were identified: low‐increasing, moderate‐increasing, moderate high‐increasing and high‐increasing. Compared with low‐increasing CVAI, participants with moderate‐increasing (OR 1.73, 95% CI 1.49–2.00), moderate high‐increasing (3.48, 3.01–4.03) and high‐increasing CVAI (5.50, 4.67–6.47) had a significantly increased risk of T2DM. Similar trajectory patterns were identified in both men and women. The ORs (95% CI) for moderate‐increasing, moderate high‐increasing and high‐increasing groups were 3.28 (2.56–4.19), 7.85 (6.09–10.13) and 13.21 (9.98–17.49) in women respectively, and 1.20 (0.99–1.45), 2.18 (1.82–2.62) and 3.60 (2.93–4.43) in men respectively, when compared to the low‐increasing CVAI group. Further, significant effect modifications for age, smoking and physical activity (all P interaction <0.05) were observed in the relationship between CVAI trajectory patterns and T2DM. Conclusions Initially high and persistently elevated CVAI is significantly associated with an increased risk of T2DM, with a particular focus on women, younger people, nonsmokers and physically inactive individuals. Continuous monitoring of CVAI levels will benefit effective identification, early intervention and management of individuals at high risk of T2DM.
0

Physical activity, long‐term fine particulate matter exposure and type 2 diabetes incidence: A prospective cohort study

Qian Li et al.May 30, 2024
Abstract Background Despite the adverse effects of ambient fine particulate matter (PM 2.5 ) on type 2 diabetes and the beneficial role of physical activity (PA), the influence of PM 2.5 on the relationship between PA and type 2 diabetes remains unclear. Methods In this prospective study with 71,689 participants, PA was assessed by a questionnaire and was categorized into quartiles for volume and three groups for intensity. Long‐term PM 2.5 exposure was calculated using 1‐km resolution satellite‐based PM 2.5 estimates. PM 2.5 exposure and PA's effect on type 2 diabetes were assessed by cohort‐stratified Cox proportional hazards models, individually and in combination. Results In 488,166 person‐years of follow‐up, 5487 incident type 2 diabetes cases were observed. The association between PA and type 2 diabetes was modified by PM 2.5 . Compared with the lowest quartile of PA volume, the highest quartile was associated with reduced type 2 diabetes risk in low PM 2.5 stratification (≤65.02 µg/m 3 ) other than in high PM 2.5 stratification (>65.02 µg/m 3 ), with the hazard ratio (HR) of 0.75 (95% confidence interval [CI]: 0.66–0.85) and 1.10 (95% CI: 0.99–1.22), respectively. Similar results were observed for PA intensity. High PM 2.5 exposure combined with the highest PA levels increased the risk of type 2 diabetes the most (HR = 1.79, 95% CI: 1.59–2.01 for PA volume; HR = 1.82, 95% CI: 1.64–2.02 for PA intensity). Conclusion PA could reduce type 2 diabetes risk in low‐pollution areas, but high PM 2.5 exposure may weaken or even reverse the protective effects of PA. Safety and health benefits of PA should be thoroughly assessed for long‐term polluted residents.