Six extant species of non-human great apes are currently recognized: Sumatran and Bornean orangutans, eastern and western gorillas, and chimpanzees and bonobos [1]. However, large gaps remain in our knowledge of fine-scale variation in hominoid morphology, behavior, and genetics, and aspects of great ape taxonomy remain in flux. This is particularly true for orangutans (genus: Pongo), the only Asian great apes and phylogenetically our most distant relatives among extant hominids [1]. Designation of Bornean and Sumatran orangutans, P. pygmaeus (Linnaeus 1760) and P. abelii (Lesson 1827), as distinct species occurred in 2001 [1, 2]. Here, we show that an isolated population from Batang Toru, at the southernmost range limit of extant Sumatran orangutans south of Lake Toba, is distinct from other northern Sumatran and Bornean populations. By comparing cranio-mandibular and dental characters of an orangutan killed in a human-animal conflict to those of 33 adult male orangutans of a similar developmental stage, we found consistent differences between the Batang Toru individual and other extant Ponginae. Our analyses of 37 orangutan genomes provided a second line of evidence. Model-based approaches revealed that the deepest split in the evolutionary history of extant orangutans occurred ∼3.38 mya between the Batang Toru population and those to the north of Lake Toba, whereas both currently recognized species separated much later, about 674 kya. Our combined analyses support a new classification of orangutans into three extant species. The new species, Pongo tapanuliensis, encompasses the Batang Toru population, of which fewer than 800 individuals survive. VIDEO ABSTRACT.

The Southeast Asian Sunda archipelago harbors a rich biodiversity with a substantial proportion of endemic species. The evolutionary history of these species has been drastically influenced by environmental forces, such as fluctuating sea levels, climatic changes, and severe volcanic activities. Orangutans (genus: Pongo), the only Asian great apes, are well suited to study the relative impact of these forces due to their well-documented behavioral ecology, strict habitat requirements, and exceptionally slow life history. We investigated the phylogeographic patterns and evolutionary history of orangutans in the light of the complex geological and climatic history of the Sunda archipelago. Our study is based on the most extensive genetic sampling to date, covering the entire range of extant orangutan populations. Using data from three mitochondrial DNA (mtDNA) genes from 112 wild orangutans, we show that Sumatran orangutans, Pongo abelii, are paraphyletic with respect to Bornean orangutans (P. pygmaeus), the only other currently recognized species within this genus. The deepest split in the mtDNA phylogeny of orangutans occurs across the Toba caldera in northern Sumatra and, not as expected, between both islands. Until the recent past, the Toba region has experienced extensive volcanic activity, which has shaped the current phylogeographic patterns. Like their Bornean counterparts, Sumatran orangutans exhibit a strong, yet previously undocumented structuring into four geographical clusters. However, with 3.50 Ma, the Sumatran haplotypes have a much older coalescence than their Bornean counterparts (178 kya). In sharp contrast to the mtDNA data, 18 Y-chromosomal polymorphisms show a much more recent coalescence within Sumatra compared with Borneo. Moreover, the deep geographic structure evident in mtDNA is not reflected in the male population history, strongly suggesting male-biased dispersal. We conclude that volcanic activities have played an important role in the evolutionary history of orangutans and potentially of many other forest-dwelling Sundaland species. Furthermore, we demonstrate that a strong sex bias in dispersal can lead to conflicting patterns in uniparentally inherited markers even at a genus-wide scale, highlighting the need for a combined usage of maternally and paternally inherited marker systems in phylogenetic studies.

A multitude of factors influence how natural populations are genetically structured, including dispersal barriers, inhomogeneous habitats, and social organization. Such population subdivision is of special concern in endangered species, as it may lead to reduced adaptive potential and inbreeding in local subpopulations, thus increasing the risk of future extinctions. With only 6600 animals left in the wild, Sumatran orangutans (Pongo abelii) are among the most endangered, but also most enigmatic, great ape species. In order to infer the fine-scale population structure and connectivity of Sumatran orangutans, we analyzed the most comprehensive set of samples to date, including mitochondrial hyper-variable region I haplotypes for 123 individuals and genotypes of 27 autosomal microsatellite markers for 109 individuals. For both mitochondrial and autosomal markers, we found a pronounced population structure, caused by major rivers, mountain ridges, and the Toba caldera. We found that genetic diversity and corresponding long-term effective population size estimates vary strongly among sampling regions for mitochondrial DNA, but show remarkable similarity for autosomal markers, hinting at male-driven long-distance gene flow. In support of this, we identified several individuals that were most likely sired by males originating from other genetic clusters. Our results highlight the effect of natural barriers in shaping the genetic structure of great ape populations, but also point toward important dispersal corridors on northern Sumatra that allow for genetic exchange.

Background Several studies suggested great ape cultures, arguing that human cumulative culture presumably evolved from such a foundation. These focused on conspicuous behaviours, and showed rich geographic variation, which could not be attributed to known ecological or genetic differences. Although geographic variation within call types (accents) has previously been reported for orang-utans and other primate species, we examine geographic variation in the presence/absence of discrete call types (dialects). Because orang-utans have been shown to have geographic variation that is not completely explicable by genetic or ecological factors we hypothesized that this will be similar in the call domain and predict that discrete call type variation between populations will be found. Methodology/Principal Findings We examined long-term behavioural data from five orang-utan populations and collected fecal samples for genetic analyses. We show that there is geographic variation in the presence of discrete types of calls. In exactly the same behavioural context (nest building and infant retrieval), individuals in different wild populations customarily emit either qualitatively different calls or calls in some but not in others. By comparing patterns in call-type and genetic similarity, we suggest that the observed variation is not likely to be explained by genetic or ecological differences. Conclusion/Significance These results are consistent with the potential presence of 'call cultures' and suggest that wild orang-utans possess the ability to invent arbitrary calls, which spread through social learning. These findings differ substantially from those that have been reported for primates before. First, the results reported here are on dialect and not on accent. Second, this study presents cases of production learning whereas most primate studies on vocal learning were cases of contextual learning. We conclude with speculating on how these findings might assist in bridging the gap between vocal communication in non-human primates and human speech.

PRDM9 is currently the sole speciation gene found in vertebrates causing hybrid sterility probably due to incompatible alleles. Its role in defining the double strand break loci during the meiotic prophase I is crucial for proper chromosome segregation. Therefore, the rapid turnover of the loci determining zinc finger array seems to be causative for incompatibilities. We here investigated the zinc finger domain-containing exon of PRDM9 in 23 tarsiers. Tarsiers, the most basal extant haplorhine primates, exhibit two frameshifting indels at the 5-prime end of the array. The first mutation event interrupts the reading frame and function while the second compensates both. The fixation of this peculiar allele variant in tarsiers led to hypothesize that de- and reactivation of the zinc finger domain drove the speciation in early haplorhine primates. Moreover, the high allelic diversity within Tarsius point to multiple effects of genetic drift reflecting their phylogeographic history since the Miocene.

Abstract Over the course of human history, people have translocated plant and animal species, often with profound consequences. Understanding how endangered species adapt to human-mediated migration and novel environments is crucial to inform conservation strategies. The crested macaque ( Macaca nigra ), an endemic primate species of North Sulawesi (Indonesia), faces imminent extinction in its native range due to anthropogenic threats. While extensive research on this species has been conducted in the Duasudara Nature Reserve in North Sulawesi, critical knowledge gaps persist with regard to their distribution outside this protected area on Sulawesi and beyond. Previous studies report that crested macaques were introduced by humans to North Maluku ~200 hundred years ago. In 2023, we visited Bacan, Kasiruta, and southern Halmahera Island, conducting interviews, surveys, and direct observations of macaques to determine their presence or absence on these islands. We encountered wild crested macaques or their feces at 23 locations across these islands and pet macaques in 6 locations on Bacan. We confirm crested macaques on Bacan and also report them at Kasiruta and in the south of Halmahera, with results of our interviews suggesting that macaques might be present in North Maluku for ~500 years. We found no evidence of their presence on Mandioli. Additionally, we documented behavioral similarities, e.g., loud calls specific to male crested macaques. Our results extend the known distribution range of crested macaques by the islands of Kasiruta and Halmahera, shedding light on the potential for these populations to contribute to the survival of the species.

The sand crab Albunea symmysta is widespread in the Pacific, including Indonesia. Its lifestyle of burying its body in the sand in the intertidal area near to the river estuaries means that this albuneid crab is rarely found and studied. This research aimed to elucidate the genetic diversity of albuneid crab in the intertidal area of Enggano Island, which is characterized by calcaerous sand based on DNA barcoding of the CO1 gene. We conducted DNA sequencing of the CO1 gene of A. symmysta samples caught in Enggano (n=14), North Bengkulu (n=11), And South Bengkulu (n=6). All DNA sequence data were combined with data obtained from previous studies (n=36) and Albunea spp (n=18, four species). The result showed that in Enggano, two species of albuneid crab, namely A. symmysta and Albunea sp1 (NJ genetic distance 17.3%), were determined. The genetic distance of A. symmysta Enggano to several other albuneid crab species ( Albunea sp2, Albunea sp3, Albunea sp4) ranges from 14.9% to 20.2%. A. symmysta Enggano is closest to different locations, ranging from 0.2% to 6.6%. We found six haplotypes in Enggano out of 26 haplotypes in Indonesia. DNA barcoding revealed the existence of a cryptic species of albuneid crab in Enggano and another region in Indonesia. That way, we have to work more to determine the species of albuneid crab other than A. symmysta which was found in Enggano (n=2).

A freshwater prawn M. sundaicum, is an obligate species to acidic peat swamp. Up to the present, M. Sundaicum has only been reported in the West Kalimantan, the Riau Archipelago, and Jambi Provinces in Indonesia. The aim of this research is to determine the distribution and habitat preferences of peat swamp prawn in Selat Panjang Island, Riau Province, Indonesia. The samples were collected in seven peat swamp rivers by hand net. The study yielded one hundred specimens. The acidic peat swamp is a perfect habitat for M. sundaicum. This study provided the basic information about peat swamp prawn in Selat Panjang Island, especially their distribution and habitat preferences.

Great Argus (Argusianus argus) is a globally threatened species that is protected by law in Indonesia. This species is a habitat specialist that tends to be confined to primary forests and is susceptible to human disturbance and environmental change. Sungai Wain Protected Forest (SWPF) is an isolated lowland rainforest in Kalimantan. The rising deforestation rate has threatened species sustainability in recent decades, including the Great Argus in SWPF. This study aimed to systematically analyze camera trap data on the Great Argus's abundance, activity patterns, and habitat suitability prediction in SWPF. We used camera trap data from 2018-2022 at the SWPF. Great Argus's lowest relative abundance index was in 2020, and the highest was in 2022. Overall, the relative abundance index of the Great Argus was approximately 3.125 independent events per 100-day trap night. The activity pattern of the Great Argus started at dawn and then constantly decreased until dusk. The habitat suitability prediction for the Great Argus was mostly in primary forests. Distance to road and building were the variables that contributed the most to the results of habitat suitability modeling. Habitat loss and suitability are the determining factors for the sustainability of significant argus populations.