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Tian Jiang
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An Adaptive Geometric Search Algorithm for Macromolecular Scaffold Selection

Tian Jiang et al.Jan 11, 2017
Abstract A wide variety of protein and peptidomimetic design tasks require matching functional three-dimensional motifs to potential oligomeric scaffolds. Enzyme design, for example, aims to graft active-site patterns typically consisting of 3 to 15 residues onto new protein surfaces. Identifying suitable proteins capable of scaffolding such active-site engraftment requires costly searches to identify protein folds that can provide the correct positioning of side chains to host the desired active site. Other examples of biodesign tasks that require simpler fast exact geometric searches of potential side chain positioning include mimicking binding hotspots, design of metal binding clusters and the design of modular hydrogen binding networks for specificity. In these applications the speed and scaling of geometric search limits downstream design to small patterns. Here we present an adaptive algorithm to searching for side chain take-off angles compatible with an arbitrarily specified functional pattern that enjoys substantive performance improvements over previous methods. We demonstrate this method in both genetically encoded (protein) and synthetic (peptidomimetic) design scenarios. Examples of using this method with the Rosetta framework for protein design are provided but our implementation is compatible with multiple protein design frameworks and is freely available as a set of python scripts ( https://github.com/JiangTian/adaptive-geometric-search-for-protein-design ).
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The Origin, Applications, and Breeding Goals of Jujube in China

Menghan Wu et al.Jan 3, 2025
Jujube (Ziziphus jujuba Mill.) is one of the three traditional woody crop species in China, where it originated from the middle and lower reaches of the Yellow River. Jujube is considered one of the oldest cultivated fruit trees species in the world, as its utilization can be traced back to more than 7000 years ago. The jujube has important nutritional, economic, and ecological values, hence it is well received by both planters and consumers. At present, jujube cultivation has spread to more than 48 countries and provides a pathway for Chinese farmers to produce a lucrative cash crop. Jujube is regarded as a superfruit of the future due to its excellent nutritional profile. Social progress and economic shifts leading to the improvement of living standards influence the value of jujube to consumers, who have gradually shifted toward functional foods, while at the same time, consumer desires and environmental pressures change the breeding goals for new jujube varieties. In this review, we summarize the origin, classification, and historical, as well as modern, uses of jujube. We also provide some advice on the establishment of breeding objectives in this new period of jujube development. This review aims to provide useful references for researchers new to jujube, to guide shareholders in the jujube industry, and to formulate breeding objectives for the modern development of elite jujube cultivars.