NK
Nikiforos Karamanis
Author with expertise in Analysis of Gene Interaction Networks
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(67% Open Access)
Cited by:
821
h-index:
15
/
i10-index:
18
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Open Targets: a platform for therapeutic target identification and validation

Gautier Koscielny et al.Nov 3, 2016
+53
C
A
G
We have designed and developed a data integration and visualization platform that provides evidence about the association of known and potential drug targets with diseases. The platform is designed to support identification and prioritization of biological targets for follow-up. Each drug target is linked to a disease using integrated genome-wide data from a broad range of data sources. The platform provides either a target-centric workflow to identify diseases that may be associated with a specific target, or a disease-centric workflow to identify targets that may be associated with a specific disease. Users can easily transition between these target- and disease-centric workflows. The Open Targets Validation Platform is accessible at https://www.targetvalidation.org.
0

Open Targets Platform: new developments and updates two years on

Denise Carvalho‐Silva et al.Oct 26, 2018
+15
M
A
D
The Open Targets Platform integrates evidence from genetics, genomics, transcriptomics, drugs, animal models and scientific literature to score and rank target-disease associations for drug target identification. The associations are displayed in an intuitive user interface (https://www.targetvalidation.org), and are available through a REST-API (https://api.opentargets.io/v3/platform/docs/swagger-ui) and a bulk download (https://www.targetvalidation.org/downloads/data). In addition to target-disease associations, we also aggregate and display data at the target and disease levels to aid target prioritisation. Since our first publication two years ago, we have made eight releases, added new data sources for target-disease associations, started including causal genetic variants from non genome-wide targeted arrays, added new target and disease annotations, launched new visualisations and improved existing ones and released a new web tool for batch search of up to 200 targets. We have a new URL for the Open Targets Platform REST-API, new REST endpoints and also removed the need for authorisation for API fair use. Here, we present the latest developments of the Open Targets Platform, expanding the evidence and target-disease associations with new and improved data sources, refining data quality, enhancing website usability, and increasing our user base with our training workshops, user support, social media and bioinformatics forum engagement.
0
Citation403
0
Save
0

Designing an intuitive web application for drug discovery scientists

Nikiforos Karamanis et al.Jul 27, 2017
+17
S
M
N
Although a scientific web application that is intuitive can help scientists utilize data more easily and advance their research, there is little guidance on how to design such an application in the academic literature. We discuss how we designed an intuitive application for bench scientists working in drug discovery following an approach that can be applied to the design and development of scientific resources in a broad range of disciplines.