JT
Jun Tan
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(40% Open Access)
Cited by:
4,507
h-index:
9
/
i10-index:
9
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Genome sequence of the date palm Phoenix dactylifera L

Ibrahim Al‐Mssallem et al.Aug 6, 2013
Date palm (Phoenix dactylifera L.) is a cultivated woody plant species with agricultural and economic importance. Here we report a genome assembly for an elite variety (Khalas), which is 605.4 Mb in size and covers >90% of the genome (~671 Mb) and >96% of its genes (~41,660 genes). Genomic sequence analysis demonstrates that P. dactylifera experienced a clear genome-wide duplication after either ancient whole genome duplications or massive segmental duplications. Genetic diversity analysis indicates that its stress resistance and sugar metabolism-related genes tend to be enriched in the chromosomal regions where the density of single-nucleotide polymorphisms is relatively low. Using transcriptomic data, we also illustrate the date palm’s unique sugar metabolism that underlies fruit development and ripening. Our large-scale genomic and transcriptomic data pave the way for further genomic studies not only on P. dactylifera but also other Arecaceae plants. The date palm is one of the most economically important plants of the palm family. Here, the authors present a high-quality genome assembly of the date palm Phoenix dactylifera, and reveal insights into the unique sugar metabolism underlying fruit ripening.
0
Citation297
0
Save
0

Glutamine Maintains the Stability of Alveolar Structure and Function after Lung Transplantation by Inhibiting Autophagy

Jun Tan et al.Jun 22, 2024
Excessive autophagy may lead to degradation and damage of alveolar epithelial cells after lung transplantation, eventually leading to alveolar epithelial cell loss, affecting the structural integrity and function of alveoli. Glutamine (Gln), a nutritional supplement, regulates autophagy through multiple signaling pathways. In this study, we explored the protective role of Gln on alveolar epithelial cells by inhibiting autophagy. In vivo, a rat orthotopic lung transplant model was carried out to evaluate the therapeutic effect of glutamine. Ischemia/reperfusion (I/R) induced alveolar collapse, edema, epithelial cell apoptosis, and inflammation, which led to a reduction of alveolar physiological function, such as an increase in peak airway pressure, and a decrease in lung compliance and oxygenation index. In comparison, Gln preserved alveolar structure and function by reducing alveolar apoptosis, inflammation, and edema. In vitro, a hypoxia/reoxygenation (H/R) cell model was performed to simulate IR injury on mouse lung epithelial (MLE) cells and human lung bronchus epithelial (Beas-2B) cells. H/R impaired the proliferation of epithelial cells and triggered cell apoptosis. In contrast, Gln normalized cell proliferation and suppressed I/R-induced cell apoptosis. The activation of mTOR and the downregulation of autophagy-related proteins (LC3, Atg5, Beclin1) were observed in Gln-treated lung tissues and alveolar epithelial cells. Both in vivo and in vitro, rapamycin, a classical mTOR inhibitor, reversed the beneficial effects of Gln on alveolar structure and function. Taken together, Glnpreserved alveolar structure and function after lung transplantation by inhibiting autophagy.
0

LSTrAP-Crowd: Prediction of novel components of bacterial ribosomes with crowd-sourced analysis of RNA sequencing data

Benedict Hew et al.Apr 22, 2020
Bacterial resistance to antibiotics is a growing problem that is projected to cause more deaths than cancer in 2050. Consequently, novel antibiotics are urgently needed. Since more than half of the available antibiotics target the bacterial ribosomes, proteins that are involved in protein synthesis are thus prime targets for the development of novel antibiotics. However, experimental identification of these potential antibiotic target proteins can be labor-intensive and challenging, as these proteins are likely to be poorly characterized and specific to few bacteria. In order to identify these novel proteins, we established a Large-Scale Transcriptomic Analysis Pipeline in Crowd (LSTrAP-Crowd), where 285 individuals processed 26 terabytes of RNA-sequencing data of the 17 most notorious bacterial pathogens. In total, the crowd processed 26,269 RNA-seq experiments and used the data to construct gene co-expression networks, which were used to identify more than a hundred uncharacterized genes that were transcriptionally associated with protein synthesis. We provide the identity of these genes together with the processed gene expression data. The data can be used to identify other vulnerabilities or bacteria, while our approach demonstrates how the processing of gene expression data can be easily crowdsourced.### Competing Interest StatementThe authors have declared no competing interest.
0

The use of the bicipital groove as an intraoperative landmark for proximal humeral rotation during fracture fixation

Hyun‐Joo Lee et al.Apr 30, 2024
Objectives: This study aimed to quantify the relationship between proximal humeral rotation and the lateral border of the bicipital groove on fluoroscopic imaging. Methods: A composite normal humerus with a marker placed on the lateral border of the bicipital groove was affixed to a custom rotation device at the proximal cut segment. Consecutive fluoroscopic images were captured from −60° to 60° in 5° increments and from −15° to 15° in 1° increments. The index value was calculated by taking the ratio of the distance from the medial boundary of the proximal humerus to the lateral border of the bicipital groove to the distance between the medial and lateral boundaries of the proximal humerus. The correlation between the humeral rotation and the index value was determined. Results: The index value showed a strong positive linear correlation position during internal rotation of the humerus across the entire range (r=0.998, P<0.001), as well as when the humerus was externally rotated, ranging from 15° of internal rotation to 15° of external rotation (r=0.991, P<0.001). Conclusion: The lateral border of the bicipital groove may serve as a useful intraoperative landmark for assessing proximal humeral rotation. This could potentially enhance the outcomes of humeral fracture repair and upper arm arthroplasty.