KD
Karin Diderich
Author with expertise in Genomic Rearrangements and Copy Number Variations
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
3
(100% Open Access)
Cited by:
291
h-index:
28
/
i10-index:
47
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

TRIDENT-2: National Implementation of Genome-wide Non-invasive Prenatal Testing as a First-Tier Screening Test in the Netherlands

Karuna Meij et al.Nov 7, 2019
The Netherlands launched a nationwide implementation study on non-invasive prenatal testing (NIPT) as a first-tier test offered to all pregnant women. This started on April 1, 2017 as the TRIDENT-2 study, licensed by the Dutch Ministry of Health. In the first year, NIPT was performed in 73,239 pregnancies (42% of all pregnancies), 7,239 (4%) chose first-trimester combined testing, and 54% did not participate. The number of trisomies 21 (239, 0.33%), 18 (49, 0.07%), and 13 (55, 0.08%) found in this study is comparable to earlier studies, but the Positive Predictive Values (PPV)—96% for trisomy 21, 98% for trisomy 18, and 53% for trisomy 13—were higher than expected. Findings other than trisomy 21, 18, or 13 were reported on request of the pregnant women; 78% of women chose to have these reported. The number of additional findings was 207 (0.36%); these included other trisomies (101, 0.18%, PPV 6%, many of the remaining 94% of cases are likely confined placental mosaics and possibly clinically significant), structural chromosomal aberrations (95, 0.16%, PPV 32%,) and complex abnormal profiles indicative of maternal malignancies (11, 0.02%, PPV 64%). The implementation of genome-wide NIPT is under debate because the benefits of detecting other fetal chromosomal aberrations must be balanced against the risks of discordant positives, parental anxiety, and a potential increase in (invasive) diagnostic procedures. Our first-year data, including clinical data and laboratory follow-up data, will fuel this debate. Furthermore, we describe how NIPT can successfully be embedded into a national screening program with a single chain for prenatal care including counseling, testing, and follow-up. The Netherlands launched a nationwide implementation study on non-invasive prenatal testing (NIPT) as a first-tier test offered to all pregnant women. This started on April 1, 2017 as the TRIDENT-2 study, licensed by the Dutch Ministry of Health. In the first year, NIPT was performed in 73,239 pregnancies (42% of all pregnancies), 7,239 (4%) chose first-trimester combined testing, and 54% did not participate. The number of trisomies 21 (239, 0.33%), 18 (49, 0.07%), and 13 (55, 0.08%) found in this study is comparable to earlier studies, but the Positive Predictive Values (PPV)—96% for trisomy 21, 98% for trisomy 18, and 53% for trisomy 13—were higher than expected. Findings other than trisomy 21, 18, or 13 were reported on request of the pregnant women; 78% of women chose to have these reported. The number of additional findings was 207 (0.36%); these included other trisomies (101, 0.18%, PPV 6%, many of the remaining 94% of cases are likely confined placental mosaics and possibly clinically significant), structural chromosomal aberrations (95, 0.16%, PPV 32%,) and complex abnormal profiles indicative of maternal malignancies (11, 0.02%, PPV 64%). The implementation of genome-wide NIPT is under debate because the benefits of detecting other fetal chromosomal aberrations must be balanced against the risks of discordant positives, parental anxiety, and a potential increase in (invasive) diagnostic procedures. Our first-year data, including clinical data and laboratory follow-up data, will fuel this debate. Furthermore, we describe how NIPT can successfully be embedded into a national screening program with a single chain for prenatal care including counseling, testing, and follow-up.
0
Citation291
0
Save
1

De novo coding variants in the AGO1 gene cause a neurodevelopmental disorder with intellectual disability

Audrey Schalk et al.Dec 23, 2020
ABSTRACT High-impact pathogenic variants in more than 1,000 protein-coding genes cause Mendelian forms of neurodevelopmental disorders (NDD), including the newly reported AGO2 gene. This study describes the molecular and clinical characterization of 28 probands with NDD harboring heterozygous AGO1 coding variants. De novo status was always confirmed when parents were available (26/28). A total of 15 unique variants leading to amino acid changes or deletions were identified: 12 missense variants, two in-frame deletions of one codon, and one canonical splice variant leading to a deletion of two amino acid residues. Some variants were recurrently identified in several unrelated individuals: p.(Phe180del), p.(Leu190Pro), p.(Leu190Arg), p.(Gly199Ser), p.(Val254Ile) and p.(Glu376del). AGO1 encodes the Argonaute 1 protein, which functions in gene-silencing pathways mediated by small non-coding RNAs. Three-dimensional protein structure predictions suggest that these variants might alter the flexibility of the AGO1 linkers domains, which likely would impair its function in mRNA processing. Affected individuals present with intellectual disability of varying severity, as well as speech and motor delay, autistic behavior and additional behavioral manifestations. Our study establishes that de novo coding variants in AGO1 are involved in a novel monogenic form of NDD, highly similar to AGO2 phenotype.
0

Noninvasive prenatal testing in CLL during pregnancy: A cautionary tale

Jorn Assmann et al.Jan 10, 2025
To the Editor: Chronic lymphocytic leukemia (CLL) is the most common leukemia in the Western world, with a median age at diagnosis of 72 years. An estimated 2% of the patients are females of childbearing age. CLL cases during pregnancy are rare and are associated with many complications. Although the implications and management of CLL in pregnancy have been discussed previously, issues related to noninvasive prenatal testing (NIPT) are often overlooked [1]. Various chromosomal changes are associated with CLL, with the deletion in the long arm of chromosome 13 at position q14 (deletion 13q14) being the most common alteration [2]. Since its implementation in clinical practice in 2011, NIPT was available to all pregnant women in the Netherlands in 2017. It has become a reliable and sensitive method of prenatal screening to evaluate the risk of fetal chromosomal imbalances. NIPT testing is primarily used to screen for Down (trisomy 21), Edwards (trisomy 18), or Patau (trisomy 13) syndromes. However, other deletions, such as del13q, can also be detected. NIPT can be performed as early as 10 weeks of gestations, and NIPT is based on the analysis of cell-free DNA (cfDNA) of which a small part is derived from the placenta, and the main part has a maternal origin [3]. However, with the NIPT test that is used in the Netherlands [4, 5], it is impossible to discriminate between fetal cfDNA and tumor-derived cfDNA, including CLL [6]. The finding of a chromosome aberration warrants further investigation using invasive prenatal procedures, such as chorionic villus sampling or amniocentesis. Maternal neoplasms causing aberrant NIPT results are a complex matter in prenatal diagnosis [7]. Cases describing discordant NIPT testing caused by a hematological malignancy remain very scarce [8], and this is the first report of a patient with diagnosed CLL having a discordant NIPT result post CLL diagnosis due to a molecular aberration of CLL cells. A 33-year-old woman with a 1-year history of untreated CLL, had NIPT performed at 13 1/7 gestational weeks as a first-tier screening test for fetal aneuploidies. Ultrasound examinations at 6 and 12 gestational weeks showed a single viable intrauterine pregnancy, biometry appropriate for gestational age, and absence of gross fetal anomalies. The NIPT results indicated a high risk for chromosome 13q14 deletion (Figure 1). Genetic counseling of the woman and her partner was done. Our primary goal was to rule out the fetal origin of the abnormal result. Therefore, single nucleotide polymorphism array (SNP-array) on amniotic fluid cells and peripheral blood of the mother was performed to verify the abnormal NIPT result. While a mosaic loss of 10 Mb was identified in the maternal blood within the 13q14.11q14.3 region (arr[hg19] 13q14.11q14.3(40,484,657-50,909,942)x1∼2), the amniotic fluid was normal. Fluorescent in situ hybridization (FISH) on interphase nuclei cells of the mother confirmed a mosaic deletion on 13q (Figure 2). Ultrasound scans at 16, 20, and 24 gestational weeks reported no fetal anomalies. At 40 gestational weeks labor she gave birth to a healthy male baby. In patients with malignancies, NIPT testing can potentially lead to discordant results when the malignant cells are affected with (a) chromosome aberration(s) like in the present case. As it will complicate the accurate interpretation of the NIPT results, a maternal malignancy is a contraindication for NIPT in the Netherlands, especially when it comes to hematological neoplasms [9]. Nevertheless, the incidence of pregnancy among patients diagnosed with malignancies is notably low; therefore, it is unknown how much routine counseling by medical specialists regarding NIPT is performed in this population. The laboratory—not knowing about the CLL—interpreted the deletion in 13q as potentially fetal, and invasive testing by amniocentesis was offered as this chromosome aberration can be associated with severe fetal malformations, depending on the exact breakpoints. These uncertainties led to a lot of stress for the parents. With prior knowledge of a maternal CLL, the patient and clinicians could have jointly opted to forgo invasive diagnostic testing as the detection of an aberration would likely have reflected the maternal hematological condition rather than a fetal chromosome aberration. As tumor cfDNA can mask fetal cfDNA, there is a considerable risk that NIPT will not provide an accurate assessment of the fetus. Therefore, in all cases of maternal malignancy where cytogenetic evaluation of the fetus is desired, amniocentesis should be recommended. Our findings underline that NIPT is not advisable for pregnant women with confirmed malignancy [10]. In these cases, it can be difficult to accurately interpret the fetal genetic constitution. Instead of NIPT, a detailed structural anomaly screening by ultrasound and an amniocentesis for karyotyping, if certainty on chromosomal abnormalities is desired, are the most appropriate options in these situations. If parents choose to forgo this invasive testing, they may still consider NIPT, but only after thorough genetic counseling by a clinical geneticist to ensure that they are aware of the risks associated with abnormal results. With the advent of novel algorithms that account for the origin of circulating cfDNA, advancements in reliably measuring fetal fraction, and improved methodologies for detecting aneuploidies, future approaches may allow for the identification and exclusion of tumor-derived cfDNA from the NIPT analysis. Thereby reducing the risk of misdiagnoses [9]. Until then, NIPT testing in patients with malignancies should be avoided. Jorn Assmann: writing—original draft preparation. Diane van Opstal: writing; visualization. Karin Diderich: resources; visualization. Nicole Larmonie: writing; visualization. Yorick Sandberg: resources; supervision; writing—review and editing. Yorick Sandberg: had full access to all the data in the study and takes responsibility for the integrity of the data. The authors do not report any potential conflicts of interest, including relevant financial interests, activities, relationships, and affiliations (e.g., employment, affiliation, grants or funding, consultancies, honoraria or payment, speakers' bureaus, stock ownership or options, expert testimony, royalties, donation of medical equipment, or patents planned, pending, or issued) with any organization or entity with a financial interest in or financial conflict with the subject matter or materials discussed in the manuscript. The authors have confirmed clinical trial registration is not needed for this submission. This study was conducted in accordance with the ethical principles and guidelines established by the Declaration of Helsinki. The authors received no specific funding for this work. Informed consent was obtained from the patient prior to their inclusion in this study. The patient was provided with detailed information about the purpose, procedures, risks, and potential benefits of the research. The patient was given the opportunity to ask questions and was assured that participation was voluntary and that the patient could withdraw at any time without penalty. The patient was informed that data would be anonymized and kept confidential, with personal identifiers removed prior to analysis and publication. The study procedures and use of personal data were in compliance with the relevant data protection laws and institutional guidelines. By signing the informed consent form, the patient acknowledged understanding of the study's aims and willingness to take part in the research. A copy of the consent form was provided to the patient for her records. The data supporting the findings of this study are not publicly available due to privacy. However, they can be made available upon reasonable request from the corresponding author. Requests will be evaluated in complience with applicable data sharing policies and regulations.