Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.

2535 Background: CTX-471, a fully human immunoglobulin G4 (IgG4) anti-CD137 agonist antibody, binds to a distinct epitope on CD137, and binds to the target with intermediate affinity which results in optimal agonism of the receptor and improved activation of T-cells and natural killer cells. Extensive preclinical studies have demonstrated potent antitumor activity of CTX-471 used as monotherapy or in combination with anti-PD-1 therapy. CTX-471-001 (NCT03881488) is an ongoing phase 1 study that evaluates the safety and tolerability of CTX-471 alone and in combination with pembrolizumab. This report presents safety and efficacy data from the CTX-471 monotherapy arm, covering dose escalation and expansion cohorts. Methods: This Phase 1, open-label, first-in-human study evaluates CTX-471 as monotherapy or in combination with pembrolizumab in patients with metastatic or locally advanced malignancies that have progressed while receiving an approved PD-1 or PD-L1 inhibitor. The monotherapy portion of the study has two parts: Dose Escalation and Dose Expansion. Monotherapy Dose Escalation ranged from 0.1-1.2mg/kg IV biweekly, while Dose Expansion explores two dose levels: 0.3 and 0.6 mg/kg. The primary objective is to evaluate the safety and tolerability of CTX-471, with secondary objectives including PK, immunogenicity, and clinical activity. Results: As of January 19, 2024, 19 patients were treated in Dose Escalation and 60 patients were treated in Dose Expansion. 62% were male, and the median age was 66 years. Most common tumor types included non-small cell lung cancer (NSCLC) (25%), head and neck squamous-cell carcinoma (HNSCC) (21%), and melanoma (15%). There were patients with 17 different malignancies enrolled in the Dose Expansion cohort. The dose limiting toxicity observed in the Dose Escalation portion at 1.2 mg/kg was grade 4 thrombocytopenia, observed in two of 6 patients at that dose level. Treatment Related Adverse Events (TRAE) were reported in 64% of patients (51/79 of patients), and 87% of them were Grade 1-2. Treatment discontinuation due to AE was reported in 5 patients. Notably, a Complete Response (CR) was confirmed by PET scan in 1 of 3 patients enrolled with small-cell lung cancer. This patient, treated in the third-line setting, had a durable Partial Response (PR) for approximately 3 years prior to converting to a CR. Four additional PRs were also observed: 3 of 11 (27.3%) patients with melanoma and 1 of 4 (25%) patients with mesothelioma. Conclusions: In this phase 1 study, CTX-471 was shown to be a safe and well-tolerated, novel anti-CD137 antibody. CTX-471 monotherapy demonstrates promising monotherapy anti-tumor activity in refractory patients whose tumors have progressed on approved PD-1 or PD-L1 inhibitors. The combination arm with pembrolizumab is ongoing and will be reported at a later date. Clinical trial information: NCT03881488 .

e14581 Background: T3011 is a recombinant HSV-1 oncolytic virus expressing both IL-12 and anti-human PD-1 antibody. Upon delivery, locally produced IL-12 and PD-1 induces IFN-γ production, enhances the oncolytic activity of NK cells and cytotoxic T lymphocytes, promotes anti-angiogenesis, and inhibits tumor growth. We present the results of T3011 monotherapy administered via IV in advanced solid tumors or IP for malignant pleural effusion/ascites. Methods: In a phase 1, dose-escalation and expansion study using a 3+3 design with 5 cohorts (1×10 6 , 1×10 7 , 1×10 8 , 5×10 8 , 1×10 9 PFU), T3011 was administered intravenously on Days 1, 4, 8, 11,15,18 of a 28-day cycle in pts with advanced solid tumors. The primary objective was to evaluate the safety and tolerability of IV T3011, characterize dose-limiting toxicities (DLTs), MTD or RP2D, pharmacokinetic and pharmacodynamic profiles. In another pilot study to evaluate the safety and efficacy of T3011 in pts with malignant pleural effusion or ascites, T3011 was infused into the pleural or peritoneal cavity through an indwelling catheter on Days 1, 4, 8, 11 with 2 cohorts (5×10 8 , 2×10 9 PFU). The response of malignant pleural effusion or ascites was assessed by WHO criteria. Results: As of 15 Dec 2023, 18 pts were enrolled and treated with IV T3011,4 pts received IV T3011 therapy at the highest dose level, 1×10 9 PFU. T3011 was well tolerated without ≥ Grade 3 TRAEs or DLTs. MTD was not reached. The most common TRAEs (≥ 10%) were nausea and infusion-related reactions, diarrhea, etc. Among 14 evaluable pts with advanced solid tumors, 3 pts had confirmed SD per RECIST1.1 and tumor burden reduced significantly. All the pts had detectable T3011 DNA in blood within 0.5-2 hours after administration, which was cleared subsequently within 3-7 days. As of 5 Jan 2024, 6 pts (pleural effusion 3, ascites 3) were dosed with IP T3011. 2 pts received 5×10 8 PFU and 4 pts received 2×10 9 PFU. Most TEAEs were grade 1 or 2. Only 1 pt developed grade 3 leukopenia, which resolved with G-CSF. No SAE occurred. 3 pts with pleural effusion showed 1 CR, 1 PR and 1 SD. 3 pts with malignant ascites secondary to advanced colorectal cancer, 1 was evaluable with PR. Conclusions: IV T3011 monotherapy has a very manageable safety profile and some encouraging activity in advanced solid tumors. IP T3011 monotherapy is also well tolerated and demonstrates promising activity against malignant pleural effusion and ascites. Clinical trial information: NCT04780217 .

2068 Background: Epidermal growth factor receptor ( EGFR) gene is the most frequently altered oncogenic driver in glioblastoma (GBM). In-frame deletion alterations (e.g., EGFRvIII) and missense mutations co-occur in the setting of EGFR gene amplification and are characterized as a hallmark of disease pathogenesis in GBM. BDTX-1535 is an oral, highly potent, brain penetrant, selective, irreversible 4 th generation tyrosine kinase inhibitor that targets EGFR alterations in GBM and NSCLC. Preliminary results of the Phase 1 dose escalation study (NCT05256290) of patients with recurrent GBM (rGBM) are presented here. Methods: BDTX-1535-101 is a first-in-human study that enrolled patients with either rGBM harboring EGFR alterations following standard of care or patients with locally advanced or metastatic EGFR mutated NSCLC that progressed on prior EGFR TKIs. Using an adaptive Bayesian optimal interval design in the Phase 1 part, patients were enrolled at increasing dose cohorts and were treated daily for 21-day cycles until treatment discontinuation. The primary objective was to determine the BDTX-1535 recommended Phase 2 dose based on the overall safety, PK, pharmacodynamics, and preliminary antitumor activity. Results: Twenty-seven patients with rGBM were enrolled in the Phase 1 cohort that consisted of 54 patients in total including 27 patients with NSCLC. Patients were treated across seven dose levels (15mg – 400mg QD). The mean age of patients with rGBM was 58.7 years (range 41-85) with 96% of patients with previous temozolomide (TMZ) treatment and a median of 2 lines of prior therapy (range 1-4). The most common all-grade treatment-related AEs across all cohorts were rash (78%), diarrhea (41%), fatigue (15%), stomatitis (11%), decreased appetite (11%), nausea (11%) and paronychia (11%). Gr 3 TRAEs ≥ 10% included rash (19%) reported at 300 or 400 mg QD doses. Plasma exposure of BDTX-1535 increased dose proportionally and had a half-life of ~15h, supporting once daily dosing. The maximum tolerated dose (MTD) is 300 mg QD. Among 19 evaluable patients for response based on RANO criteria, 1 confirmed partial response was observed and 8 patients achieved stable disease. Five patients remained on BDTX-1535 with stable disease for an extended period (>5 months) who previously performed poorly on TMZ with short treatment duration, and 1 patient continues on BDTX-1535 after 16 months of treatment. Conclusions: BDTX-1535 was well-tolerated up to 300mg daily, which is the MTD, and promising preliminary clinical activity was observed in patients with rGBM after relapse on standard of care treatment. Given the inability to reconfirm EGFR status at the time of treatment with BDTX-1535 in this Phase 1 trial, further exploration of BDTX-1535 in a “window of opportunity” study is ongoing (NCT06072586). Clinical trial information: NCT05256290 .

TPS3161 Background: EphA5 receptor is a member of the Ephrin receptor tyrosine kinase family. Several lines of compelling nonclinical evidence indicate EphA5 is a novel and selective target for solid tumor-directed therapy. Expressed only minimally in normal tissues, it is highly expressed in non-small cell lung carcinoma (NSCLC), head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC), and breast, colorectal, pancreatic, gastric, and hepatic malignancies. MBRC-101 is a novel antibody drug conjugate (ADC) composed of an anti-EphA5 antibody conjugated to an MMAE payload (drug-to-antibody ratio of 4) through a valine citrulline cleavable linker. In pre-clinical toxicology studies and testing against a variety of cell-derived (CDX) and patient-derived (PDX) xenograft solid tumor models expressing EphA5--including NSCLC, triple negative breast cancer (TNBC), and HNSCC--MBRC-101 demonstrated favorable safety profiles and robust anti-tumor activity. Methods: This first-in-human, Phase 1/1b, multicenter, open-label study is examining the safety and efficacy of MBRC-101 in patients with advanced metastatic solid tumors refractory to standard treatment. Phase 1 will identify potential optimal biologically relevant doses (OBRD) and the maximum tolerated dose (MTD) of MBRC-101 at one or more dosing regimens. Phase 1b will evaluate the safety and preliminary clinical activity of MBRC-101 at potential OBRDs. Phase 1 will enroll patients (n ≈ 30) with advanced or metastatic solid tumors. EphA5 expression will not be required for enrollment into Phase 1 but will be assessed retrospectively. A modified toxicity probability interval (mTPI-2) method will guide dose escalation using a pre-specified decision matrix. The primary endpoints are MTD, dose limiting toxicities (DLTs), treatment emergent adverse events (TEAEs), and clinical laboratory tests. Phase 1b (n ≈ 60 patients) will include 3 expansion cohorts (n ≈ 20 patients per cohort): Cohort A, NSCLC; Cohort B, triple negative or HR+/HER2- breast cancer; and Cohort C, solid tumors irrespective of histologic tissue type (i.e., tumor agnostic) excluding NSCLC and breast cancer. Expression of EphA5 in primary or metastatic tumor tissue will not be required for enrollment into cohorts A and B but will be required for Cohort C. The primary endpoints are TEAEs, clinical laboratory tests, and investigator-assessed objective response rate (ORR) by RECIST v1.1 and clinical evaluation. Secondary endpoints for Ph1 and 1b include PK analytes and EphA5 expression as determined by immunohistochemistry (IHC). A Safety Review Committee will monitor safety at each dose escalation in Phase 1 and at regular intervals throughout Phase 1b. Clinical trial information: NCT06014658 .

Galectins are innate immune system regulators associated with disease progression in cancer. This paper aims to investigate the correlation between mutated cancer-critical genes and galectin levels in breast cancer patients to determine whether galectins and genetic profiles can be used as biomarkers for disease and potential therapy targets. Prisma Health Cancer Institute's Biorepository provided seventy-one breast cancer samples, including all four stages spanning the major molecular subtypes and histologies. Hotspot mutation statuses of cancer-critical genes were determined using multiplex PCR in tumor samples from the same patients by Precision Genetics and the University of South Carolina Functional Genomics Core Facility. The galectin-1, -3, and -9 levels in patients' sera were analyzed using Enzyme-linked Immunosorbent Assay (ELISA). An analysis was performed using JMP software to compare mean and median serum galectin levels between samples with and without specific cancer-critical genes, including pooled