Aneuploidy, whole chromosome or chromosome arm imbalance, is a near-universal characteristic of human cancers. In 10,522 cancer genomes from The Cancer Genome Atlas, aneuploidy was correlated with TP53 mutation, somatic mutation rate, and expression of proliferation genes. Aneuploidy was anti-correlated with expression of immune signaling genes, due to decreased leukocyte infiltrates in high-aneuploidy samples. Chromosome arm-level alterations show cancer-specific patterns, including loss of chromosome arm 3p in squamous cancers. We applied genome engineering to delete 3p in lung cells, causing decreased proliferation rescued in part by chromosome 3 duplication. This study defines genomic and phenotypic correlates of cancer aneuploidy and provides an experimental approach to study chromosome arm aneuploidy.

Summary

 DNA damage repair (DDR) pathways modulate cancer risk, progression, and therapeutic response. We systematically analyzed somatic alterations to provide a comprehensive view of DDR deficiency across 33 cancer types. Mutations with accompanying loss of heterozygosity were observed in over 1/3 of DDR genes, including TP53 and BRCA1/2. Other prevalent alterations included epigenetic silencing of the direct repair genes EXO5, MGMT, and ALKBH3 in ∼20% of samples. Homologous recombination deficiency (HRD) was present at varying frequency in many cancer types, most notably ovarian cancer. However, in contrast to ovarian cancer, HRD was associated with worse outcomes in several other cancers. Protein structure-based analyses allowed us to predict functional consequences of rare, recurrent DDR mutations. A new machine-learning-based classifier developed from gene expression data allowed us to identify alterations that phenocopy deleterious TP53 mutations. These frequent DDR gene alterations in many human cancers have functional consequences that may determine cancer progression and guide therapy.

We conducted the largest investigation of predisposition variants in cancer to date, discovering 853 pathogenic or likely pathogenic variants in 8% of 10,389 cases from 33 cancer types. Twenty-one genes showed single or cross-cancer associations, including novel associations of SDHA in melanoma and PALB2 in stomach adenocarcinoma. The 659 predisposition variants and 18 additional large deletions in tumor suppressors, including ATM, BRCA1, and NF1, showed low gene expression and frequent (43%) loss of heterozygosity or biallelic two-hit events. We also discovered 33 such variants in oncogenes, including missenses in MET, RET, and PTPN11 associated with high gene expression. We nominated 47 additional predisposition variants from prioritized VUSs supported by multiple evidences involving case-control frequency, loss of heterozygosity, expression effect, and co-localization with mutations and modified residues. Our integrative approach links rare predisposition variants to functional consequences, informing future guidelines of variant classification and germline genetic testing in cancer.

Purpose To evaluate the effect on survival and quality of life of maintaining hemoglobin (Hb) in the range of 12 to 14 g/dL with epoetin alfa versus placebo in women with metastatic breast cancer (MBC) receiving first-line chemotherapy. Patients and Methods Eligible patients were randomly assigned to receive epoetin alfa 40,000 U once weekly or placebo for 12 months. Study drug was initiated if baseline Hb was ≤ 13 g/dL or when Hb decreased to ≤ 13g/dL during the study. The primary end point was 12-month overall survival (OS). Results The study drug administration was stopped early in accordance with a recommendation from the Independent Data Monitoring Committee because of higher mortality in the group treated with epoetin alfa. Enrollment had been completed, with 939 patients enrolled (epoetin alfa, n = 469; placebo, n = 470). Most patients had Hb more than 12 g/dL at baseline (median Hb, 12.8 g/dL) or during the study. From the final analysis, 12-month OS was 70% for epoetin alfa recipients and 76% for placebo recipients (P = .01). Optimal tumor response and time to disease progression were similar between groups. The reason for the difference in mortality between groups could not be determined from additional subsequent analyses involving both study data and chart review. Conclusion In this trial, the use of epoetin alfa to maintain high Hb targets in women with MBC, most of whom did not have anemia at the start of treatment, was associated with decreased survival. Additional research is required to clarify the potential impact of erythropoietic agents on survival when the Hb target range is 10 to 12 g/dL.

Abstract

 Background: Abraxane® (ABI-007) is a novel 130-nm, albumin-bound (nab™) particle form of paclitaxel designed to utilize endogenous albumin pathways to increase intratumor concentrations of the active drug. This multicenter phase II study was designed to evaluate the efficacy and safety of Abraxane 260 mg/m² every 3 weeks in patients with non-small-cell lung cancer (NSCLC). Patients and Methods: Patients with histologically confirmed, measurable NSCLC received Abraxane as first-line therapy. Results: Forty-three patients were enrolled. The overall response rate was 16%; the disease control rate was 49%. Median time to progression was 6 months, and median survival was 11 months. The probability of not having progressed by 1 year was 13%; the probability of surviving 1 year was 45%. No severe hypersensitivity reactions were reported despite the lack of premedication; 95% of patients were treated without dose reduction. Two patients (5%) discontinued therapy because of treatment-related toxicities (neuropathy, fatigue [1 each]). No grade 4 treatment-related toxicity occurred. Conclusions: Abraxane 260 mg/m² administered IV over 30 min without premedication was well tolerated. Significant tumor responses and prolonged disease control were documented in this group of patients with NSCLC. Exploration of higher doses of ABI-007 alone and in combination with other drugs active in NSCLC is warranted.

We analyzed molecular data on 2,579 tumors from The Cancer Genome Atlas (TCGA) of four gynecological types plus breast. Our aims were to identify shared and unique molecular features, clinically significant subtypes, and potential therapeutic targets. We found 61 somatic copy-number alterations (SCNAs) and 46 significantly mutated genes (SMGs). Eleven SCNAs and 11 SMGs had not been identified in previous TCGA studies of the individual tumor types. We found functionally significant estrogen receptor-regulated long non-coding RNAs (lncRNAs) and gene/lncRNA interaction networks. Pathway analysis identified subtypes with high leukocyte infiltration, raising potential implications for immunotherapy. Using 16 key molecular features, we identified five prognostic subtypes and developed a decision tree that classified patients into the subtypes based on just six features that are assessable in clinical laboratories.

Background: This pivotal phase III trial evaluated the efficacy and safety of palonosetron in preventing acute and delayed chemotherapy-induced nausea and vomiting (CINV) following highly emetogenic chemotherapy (HEC).Patients and methods: Patients were randomized to a single intravenous dose of palonosetron 0.25 mg or 0.75 mg, or ondansetron 32 mg prior to HEC. Dexamethasone pre-treatment (with stratification) was used at investigator discretion. The primary efficacy endpoint was the proportion of patients with complete response (CR) during the first 24 h post-chemotherapy (acute phase).Results: In the intent-to-treat analysis (n = 667), palonosetron 0.25 mg and 0.75 mg were at least as effective as ondansetron in preventing acute CINV (59.2%, 65.5%, and 57.0% CR rates, respectively); CR rates were slightly higher with palonosetron than ondansetron during the delayed (24–120 h) and overall (0–120 h) phases. Two thirds of patients (n = 447) received concomitant dexamethasone. Patients pre-treated with palonosetron 0.25 mg plus dexamethasone had significantly higher CR rates than those receiving ondansetron plus dexamethasone during the delayed (42.0% versus 28.6%) and overall (40.7% versus 25.2%) phases. Palonosetron and ondansetron were well tolerated.Conclusions: Single-dose palonosetron was as effective as ondansetron in preventing acute CINV following HEC, and with dexamethasone pre-treatment, its effectiveness was significantly increased over ondansetron throughout the 5-day post-chemotherapy period.

This integrated, multiplatform PanCancer Atlas study co-mapped and identified distinguishing molecular features of squamous cell carcinomas (SCCs) from five sites associated with smoking and/or human papillomavirus (HPV). SCCs harbor 3q, 5p, and other recurrent chromosomal copy-number alterations (CNAs), DNA mutations, and/or aberrant methylation of genes and microRNAs, which are correlated with the expression of multi-gene programs linked to squamous cell stemness, epithelial-to-mesenchymal differentiation, growth, genomic integrity, oxidative damage, death, and inflammation. Low-CNA SCCs tended to be HPV(+) and display hypermethylation with repression of TET1 demethylase and FANCF, previously linked to predisposition to SCC, or harbor mutations affecting CASP8, RAS-MAPK pathways, chromatin modifiers, and immunoregulatory molecules. We uncovered hypomethylation of the alternative promoter that drives expression of the ΔNp63 oncogene and embedded miR944. Co-expression of immune checkpoint, T-regulatory, and Myeloid suppressor cells signatures may explain reduced efficacy of immune therapy. These findings support possibilities for molecular classification and therapeutic approaches.