With the use of a mouse model expressing human Fc-gamma receptors (FcγRs), we demonstrated that antibodies with isotypes equivalent to ipilimumab and tremelimumab mediate intra-tumoral regulatory T (Treg) cell depletion in vivo, increasing the CD8+ to Treg cell ratio and promoting tumor rejection. Antibodies with improved FcγR binding profiles drove superior anti-tumor responses and survival. In patients with advanced melanoma, response to ipilimumab was associated with the CD16a-V158F high affinity polymorphism. Such activity only appeared relevant in the context of inflamed tumors, explaining the modest response rates observed in the clinical setting. Our data suggest that the activity of anti-CTLA-4 in inflamed tumors may be improved through enhancement of FcγR binding, whereas poorly infiltrated tumors will likely require combination approaches.

The immune microenvironment influences tumour evolution and can be both prognostic and predict response to immunotherapy1,2. However, measurements of tumour infiltrating lymphocytes (TILs) are limited by a shortage of appropriate data. Whole-exome sequencing (WES) of DNA is frequently performed to calculate tumour mutational burden and identify actionable mutations. Here we develop T cell exome TREC tool (T cell ExTRECT), a method for estimation of T cell fraction from WES samples using a signal from T cell receptor excision circle (TREC) loss during V(D)J recombination of the T cell receptor-α gene (TCRA (also known as TRA)). TCRA T cell fraction correlates with orthogonal TIL estimates and is agnostic to sample type. Blood TCRA T cell fraction is higher in females than in males and correlates with both tumour immune infiltrate and presence of bacterial sequencing reads. Tumour TCRA T cell fraction is prognostic in lung adenocarcinoma. Using a meta-analysis of tumours treated with immunotherapy, we show that tumour TCRA T cell fraction predicts immunotherapy response, providing value beyond measuring tumour mutational burden. Applying T cell ExTRECT to a multi-sample pan-cancer cohort reveals a high diversity of the degree of immune infiltration within tumours. Subclonal loss of 12q24.31–32, encompassing SPPL3, is associated with reduced TCRA T cell fraction. T cell ExTRECT provides a cost-effective technique to characterize immune infiltrate alongside somatic changes. A robust, cost-effective technique based on whole-exome sequencing data can be used to characterize immune infiltrates, relate the extent of these infiltrates to somatic changes in tumours, and enables prediction of tumour responses to immune checkpoint inhibition therapy.

This position study provides a science-based, holistic approach to evaluating the risks of nitrosamine presence in drug-linkers as intermediates toward antibody–drug conjugate (ADC) drug substances. The evaluation of 47 different ADC drug substances, which have a recommended dose available in the public domain, supports the conclusion that the chemically synthesized fragments of ADCs are unlikely to lead to nitrosamine presence in the final drug product. Hence, it can be concluded that for most ADCs there are few nitrosamine risks introduced by the drug-linkers and their impurities. An abbreviated workflow for quality risk management of nitrosamine in drug-linkers is therefore proposed.

Antibody–drug conjugates (ADCs) and N-nitrosamines are two topics that have seen a surge of interest in recent years. ADCs are increasingly prevalent as oncology therapeutics in clinical development and on the market. Concerns about the potential presence of N-nitrosamines in pharmaceutical products have led to increased regulatory scrutiny and implementation of robust control strategies by the industry. This article, the first in a two-part series, provides visibility into current industry practices for risk assessment and control of N-nitrosamines in ADCs with results and analysis from a benchmarking survey of member companies of the IQ Consortium. Items covered include assessment methodology, identification and characterization of risks, control limits at the drug-linker intermediate and drug substance, and specific factors related to the ADC modality that can be considered. Simpler N-nitrosamines (e.g., NDMA) and more complex N-nitrosamine drug-linker-related impurities (NDLRIs) are discussed. Areas where there are greater or lesser degrees of consistency across companies are highlighted. The second paper builds on these survey results by presenting a comprehensive set of recommendations for the risk evaluation and control strategy of N-nitrosamine impurities in drug-linkers and ADCs. Taken together, these papers provide a perspective on the current state and encourage further development of scientifically sound approaches in this field.