Primates occur in 90 countries, but four—Brazil, Madagascar, Indonesia, and the Democratic Republic of the Congo (DRC)—harbor 65% of the world’s primate species (439) and 60% of these primates are Threatened, Endangered, or Critically Endangered (IUCN Red List of Threatened Species 2017-3). Considering their importance for global primate conservation, we examine the anthropogenic pressures each country is facing that place their primate populations at risk. Habitat loss and fragmentation are main threats to primates in Brazil, Madagascar, and Indonesia. However, in DRC hunting for the commercial bushmeat trade is the primary threat. Encroachment on primate habitats driven by local and global market demands for food and non-food commodities hunting, illegal trade, the proliferation of invasive species, and human and domestic-animal borne infectious diseases cause habitat loss, population declines, and extirpation. Modeling agricultural expansion in the 21st century for the four countries under a worst-case-scenario, showed a primate range contraction of 78% for Brazil, 72% for Indonesia, 62% for Madagascar, and 32% for DRC. These pressures unfold in the context of expanding human populations with low levels of development. Weak governance across these four countries may limit effective primate conservation planning. We examine landscape and local approaches to effective primate conservation policies and assess the distribution of protected areas and primates in each country. Primates in Brazil and Madagascar have 38% of their range inside protected areas, 17% in Indonesia and 14% in DRC, suggesting that the great majority of primate populations remain vulnerable. We list the key challenges faced by the four countries to avert primate extinctions now and in the future. In the short term, effective law enforcement to stop illegal hunting and illegal forest destruction is absolutely key. Long-term success can only be achieved by focusing local and global public awareness, and actively engaging with international organizations, multinational businesses and consumer nations to reduce unsustainable demands on the environment. Finally, the four primate range countries need to ensure that integrated, sustainable land-use planning for economic development includes the maintenance of biodiversity and intact, functional natural ecosystems.

Summary Small island populations, particularly those of large vertebrates, are vulnerable to extinction due to environmental stochasticity and genetic drift. Here, we combined analyses of 113 newly generated ∼10x genomes of anoa ( Bubalus spp.) and babirusa ( Babyrousa spp.) with habitat suitability models to assess the evolutionary trajectories of small and large island populations within the Wallacea archipelago in Indonesia. Our analyses show that, compared to closely related species, populations on the largest island of Sulawesi exhibit low levels of heterozygosity, high levels of inbreeding, and a high proportion of deleterious alleles. In contrast, although populations on smaller islands such as Buton and Togean exhibit lower heterozygosity and higher inbreeding than in larger islands, they also possess fewer deleterious mutations. Analyses of site frequency spectra analyses indicate this likely the result of stronger, long-term purging acting in population from smaller islands. Combined with species distribution models, our results show that populations on small islands have persisted over a long time frame in high quality habitat while populations in the larger island have recently suffered from low habitat quality as a result of heavy exploitation of natural resources. In the case of anoa and babirusa, preservation of small island populations should focus more on improving habitat quality in small islands and avoid translocating individuals from the larger island. In the face of ongoing land-use change on the Sulawesi mainland, we suggest that offshore islands are increasingly crucial for the long-term survival of Wallacea’s iconic and indigenous mammals.

Abstract Aim We assess the potential long‐term viability of orangutan populations across Borneo, considering the effects of habitat loss, and various forms of population reduction, including hunting, retaliatory killings and capture and translocation. Location The study focused on the island of Borneo, a region that has experienced substantial deforestation over the past four decades, resulting in the degradation and fragmentation of its lowland forests, thereby threatening the island's unique biodiversity, including orangutan populations. Methods To evaluate the long‐term viability of orangutan populations, we employed a spatially explicit individual‐based model. This model allowed us to simulate various scenarios, including the impact of removing habitat fragments or individuals from the population. Results Our findings revealed that small forest fragments facilitate orangutan movement, thereby increasing the number of individuals settling in non‐natal patches. Crucially, orangutan populations proved highly vulnerable to even small levels of offtake. Annual removal rates exceeding 2% diminished the positive role of small forest patches in sustaining population connectivity, the long‐term viability of populations and prospects for recovery. Main Conclusions Our results suggest that orangutan populations in Borneo could potentially recover from recent declines if removal of orangutans by hunting, retaliatory killings, capture and translocation is reduced, and habitat connectivity is maintained within human‐modified landscapes. These findings emphasize the urgent need for conservation strategies that mitigate negative human–wildlife interactions, and/or help preserve habitat and fragments as stepping stones. Measures could include promoting coexistence with local communities and translocating orangutans only in rare cases where no suitable alternative exists, to ensure the long‐term survival of orangutan populations in Borneo.