Nipah virus (NiV) is a novel zoonotic pathogen that belongs to the Paramyxovirus family. The pathogen has infected a number of people in countries like Bangladesh, India, Singapore, and Malaysia with high mortality rates. Although the NiV has been classified as a biosafety level four pathogen (BSL-4), there is no drug approved for treatment against it. In this study, the G glycoprotein of the NiV was chosen as an antiviral target. Based on ADMET criteria, BBB- and BBB + group compounds were screened out of the Gold & platinum Asinex library containing 211620 compounds. After careful evaluation, the selected ligands were then virtually screened to identify the potential inhibitors against the G glycoprotein of the NiV through molecular docking, density functional theory (DFT), and molecular dynamic (MD) simulation studies. In our study we identified 5-(1,3-Benzodioxol-5-yl)-2-[(3-fluorobenzyl)sulfanyl]-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidine-4,7(1H,6H)-dione (from BBB- group) and 7,7-Dimethyl-1-(4-methylphenyl)-3-(4-morpholinylcarbonyl)-7,8-dihydro-2,5(1H,6H)-quinolinedione) (from BBB + group) as potential compounds for the prevention and treatment of NiV related diseases.Communicated by Ramaswamy H. Sarma

Since its pandemic in 2019, SARS-CoV-2 has badly affected the countries around the globe. There is no FDA approved drug for the treatment of the disease. In this study, we evaluated potential targets against non-structural protein-1 (Nsp-1), which is crucial in disturbing host-translational machinery. As the completecrystal structure of the Nsp-1 was not available, we used I-TASSER for making the complete structure of the protein. The structure was verified using ERRATand PROVEAN. As the previous studies had reported different binding sites for this protein, we used blind docking of Nsp-1 with 2225 FDA approved drugsusing AutoDock Vina. Based upon the residue interactions obtained from the blind docking, we selected C-terminal of Nsp-1 for specific docking against FDAapproved drugs. Based upon the docking results, Glycyrrhizin was found to be suitable drug showing strong interactions. We further verified the glycyrrhizin-Nsp-1 complex by analyzing the trajectory for 60 ns, by comparing with individual protein. RMSD analysis during the trajectory and RMSF analysis alsosuggested the stability of the protein-ligand complex and resulted in 49 hydrogen bonds during the simulation process. The study suggests that Glycyrrhizin can act as potential inhibitors against Nsp-1 of SARS-COV-2.

The Human Leukocyte Antigen (HLA) system, a set of highly polymorphic genes, has been found to play an effective role in the disease resistance and disease susceptibility. In this study, prevalence of class-I alleles of HLA was characterized at HLAA,- B and -C loci in the 216 individuals randomly selected population at different regions of Punjab province of Pakistan. The study revealed that at HLA-A locus the allele 11 was most prevalent with 16.7 % frequency. Similarly, at HLA-B locus the allele 51 was found abundant with 15% frequency and at HLA-C locus the allele 7 was prevalent with 24% frequency. Among the two-locus HLA class I haplotypes, B*08/C*07 was found to be the most prevalent followed by B*35/C*04. Surprisingly, HLA-B*29 and HLA-B*36 alleles were found in the Punjabi population which is contrary to the previous reports.

Tuberculosis, being one of the top 10 death causing diseases worldwide, is still widespread in developing countries. Pakistan is currently ranked fifth among the high tuberculosis burden countries and 5 % of the total patients worldwide are from this country. The study was conducted on 633 tuberculosis patients involving both pulmonary and extrapulmonary tuberculosis from Punjab population of Pakistan. Male to female ratio was found to be 0.96 in this population. Most of the individuals infected from this disease were found to be of age group 15-34 where 38.38% males and 46.43% females were infected. Among pulmonary tuberculosis, age group <15 was most infected with 31.11% males and 39.84% females while among extra pulmonary tuberculosis age group 15-34 was found most infected with 51.53% males and 56.31% females. Significant difference in MFR and age groups prevalence of this disease was noted when compares with neighbor countries India and Iran.

Nipah virus (NiV) is a novel zoonotic pathogen that belongs to the Paramyxovirus family. The pathogen has infected a number of people in countries like Bangladesh, India, Singapore, and Malaysia with high mortality rates. Although the NiV has been classified as a biosafety level four pathogen (BSL-4), there is no drug approved for treatment against it. In this study, the G glycoprotein of the NiV was chosen as an antiviral target. Based on ADMET criteria, BBB- and BBB + group compounds were screened out of the Gold & platinum Asinex library containing 211620 compounds. After careful evaluation, the selected ligands were then virtually screened to identify the potential inhibitors against the G glycoprotein of the NiV through molecular docking, density functional theory (DFT), and molecular dynamic (MD) simulation studies. In our study we identified 5-(1,3-Benzodioxol-5-yl)-2-[(3-fluorobenzyl)sulfanyl]-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidine-4,7(1H,6H)-dione (from BBB- group) and 7,7-Dimethyl-1-(4-methylphenyl)-3-(4-morpholinylcarbonyl)-7,8-dihydro-2,5(1H,6H)-quinolinedione) (from BBB + group) as potential compounds for the prevention and treatment of NiV related diseases. Communicated by Ramaswamy H. Sarma

Type-II diabetes is the most common type of diabetes, which has affected more than 465 million people globally and has become the ninth leading cause of mortality. The current study aims to determine risk factors associated with type-II diabetes such as BMI, cholesterol levels, physical activity, and smoking along with co-morbidities associated with this disease. The data was collected from the province of Punjab, Pakistan. For this purpose, a survey was performed for investigating the prevalence of type II diabetes and associated risk factors combined with it. A sample size of 265 patients was collected and interviewed through a questionnaire who were observed having type-II diabetes. A questionnaire was designed to record these patients’ responses. The questionnaire contained sub-categorizes, such as participants characteristics, lifestyle, and comorbidities associated with the disease. The findings indicated that the mean BMI was 25.62 in the studied cohort. However, 78% of the patients had a family history of diabetes. Moreover, 76% of the participants were reported to be non-smokers and 75.67% of the participants reported atypical features associated with this disease. It was also observed that 13 % of the patients with low BMI (less than 18.5) had gastrointestinal diseases and 14.72% of the patients with a BMI greater than 18.5 but less than 25 had hypertension, and 8.30 % of the patients with more than 30 BMI also had hypertension. High BMI was found to be a major risk factor associated with type-II diabetes in this study population. The patients observed with high BMI were also more prone towards comorbidities associated with this disease. However, data suggested that most of the patients had familial type-II diabetes.

Desbuquois dysplasia (DBQD) is an autosomal recessive chondrodysplasia that belongs to the multiple dislocation group and causes parental and afterbirth growth retardation, hand and proximal femur abnormalities, joint laxity, and scoliosis. Several missense and splice site mutations in CANT1 gene are linked with the development of DBQD. In silico approaches can predict the pathogenic variations causing hereditary diseases. Hence, in the current study, in silico analysis was used to forecast the variants of CANT1 gene that harm the functionality of calcium-dependent nucleotidase. A total of 281 variants with uncertain significance, retrieved from the gnomAD, dbSNP, ClinVar, and Variation Viewer databases, were analyzed using CADD, Meta SNP, CAPiCE, and Condel to predict 61 highly pathogenic variants. Stability change predicting computational tools were applied to filter 19 highly pathogenic amino acid variants that impact protein dynamics via sample conformation or during vibrational entropy. UCSF Chimera was used for interactive visualization and analysis of unwanted interaction among 5 variants in the molecular structure of the protein. Ligand binding computational tools were used to interpret the protein-ligand interactions. A total of three (3) post-translational modification sites were also predictably disrupted by 16 variants. Spice and HSF 3.1 tools were applied to 95 variants to check their disease-causing potential. The variants of the gene were analyzed using computational tools based on different algorithms. The most damaging variants of CANT1 gene that can affect the functionality and stability of the protein were predicted. It was determined that an extensive in silico analysis can determine the likely pathogenic variations for further in vitro experimental analysis.

NIMA-related kinase 7 (NEK7) and phosphoprotein phosphatase-1 catalytic subunit alpha (PPP1CA) are the most common proteins overexpressed in pancreatic ductal adenocarcinoma, which is the most common type of pancreatic cancer. The goal of the current study was to identify a possible NEK7 and PPP1CA therapeutic inhibitor. For this investigation, 5000 compounds were retrieved from the IMPPAT library of phytochemicals, which were docked with our respective target proteins. Also, a reference compound, gemcitabine, which is a Food and Drug Administration (FDA) approved drug, was docked with the target proteins. The binding energy of the reference compound for both the targeted proteins was −6.5 kcal/mol. The common ligand with the lowest binding energy for both targets is boeravinone B (PubChem ID: 14018348) with −9.2 kcal/mol of NEK7 and −7.6 kcal/mol for PPP1CA. The compound was further investigated through density function theory (DFT) and molecular dynamic simulation analysis. The root mean square deviation (RMSD), root mean square fluctuation (RMSF), radius of gyration (Rg), and hydrogen bonding analysis indicated the stability of the boeravinone B with the target proteins (NEK7 and PPP1CA).