HQ
Huma Qureshi
Author with expertise in Computational Methods in Drug Discovery
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
9
(67% Open Access)
Cited by:
8
h-index:
39
/
i10-index:
104
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

In silico identification of potential drug-like molecules against G glycoprotein of Nipah virus by molecular docking, DFT studies, and molecular dynamic simulation

Iqra Naeem et al.Aug 27, 2022
Nipah virus (NiV) is a novel zoonotic pathogen that belongs to the Paramyxovirus family. The pathogen has infected a number of people in countries like Bangladesh, India, Singapore, and Malaysia with high mortality rates. Although the NiV has been classified as a biosafety level four pathogen (BSL-4), there is no drug approved for treatment against it. In this study, the G glycoprotein of the NiV was chosen as an antiviral target. Based on ADMET criteria, BBB- and BBB + group compounds were screened out of the Gold & platinum Asinex library containing 211620 compounds. After careful evaluation, the selected ligands were then virtually screened to identify the potential inhibitors against the G glycoprotein of the NiV through molecular docking, density functional theory (DFT), and molecular dynamic (MD) simulation studies. In our study we identified 5-(1,3-Benzodioxol-5-yl)-2-[(3-fluorobenzyl)sulfanyl]-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidine-4,7(1H,6H)-dione (from BBB- group) and 7,7-Dimethyl-1-(4-methylphenyl)-3-(4-morpholinylcarbonyl)-7,8-dihydro-2,5(1H,6H)-quinolinedione) (from BBB + group) as potential compounds for the prevention and treatment of NiV related diseases.Communicated by Ramaswamy H. Sarma
1
Citation5
0
Save
0

DRUG REPURPOSING: IDENTIFICATION OF POTENTIAL DRUG TARGETS AGAINST NONSTRUCTURAL PROTEIN 1 (NSP-1) OF SARS-COV-2 THROUGH MOLECULAR DOCKING AND MOLECULAR DYNAMIC SIMULATION USING FDA APPROVED DRUGS

MUHAMMAD MATEEN et al.Dec 31, 2022
Since its pandemic in 2019, SARS-CoV-2 has badly affected the countries around the globe. There is no FDA approved drug for the treatment of the disease. In this study, we evaluated potential targets against non-structural protein-1 (Nsp-1), which is crucial in disturbing host-translational machinery. As the completecrystal structure of the Nsp-1 was not available, we used I-TASSER for making the complete structure of the protein. The structure was verified using ERRATand PROVEAN. As the previous studies had reported different binding sites for this protein, we used blind docking of Nsp-1 with 2225 FDA approved drugsusing AutoDock Vina. Based upon the residue interactions obtained from the blind docking, we selected C-terminal of Nsp-1 for specific docking against FDAapproved drugs. Based upon the docking results, Glycyrrhizin was found to be suitable drug showing strong interactions. We further verified the glycyrrhizin-Nsp-1 complex by analyzing the trajectory for 60 ns, by comparing with individual protein. RMSD analysis during the trajectory and RMSF analysis alsosuggested the stability of the protein-ligand complex and resulted in 49 hydrogen bonds during the simulation process. The study suggests that Glycyrrhizin can act as potential inhibitors against Nsp-1 of SARS-COV-2.
0
Citation1
0
Save
0

Hepatitis C Elimination. Are we on course for 2030?

Huma Qureshi et al.Mar 30, 2024
The World Health Organization (WHO) has designated the year 2030 as a landmark year for “Viral Hepatitis Elimination”. Among the WHO member states, Pakistan has the largest chronic hepatitis C (CHC) infected population and like other countries, Pakistan is also striving for the hepatitis C elimination goal. Baseline screening is the mainstay of dealing with this public health challenge. Innovative interventions are needed, to achieve this goal, such as scale-up of the baseline screening using rapid anti-HCV tests, which can later be followed by HCV RNA. All those who test positive for HCV RNA, require treatment to enable us to reach the milestone of 'Hepatitis C elimination by year 2030'. The modeling done by the CDA to determine the number of people to be tested and treated alongside the support for HCV elimination coming from the Prime Minister's (PM) programme in Pakistan are all the factors, which when put together, show that we might achieve the testing, treatment and cure for those who are currently infected. The yearly addition of new HCV infections may prove to be a major barrier in achieving HCV elimination. Therefore, timely prevention of new infections has to be our number one priority. This article is based on the webinar presentation, made by Dr. Huma Qureshi on the theme of Hepatitis C eradication, in the KEMCA UK Universal Healthcare Programme.
0

Exploring the Perceptions of Teachers on the Impact of Professional Development Programs in Enhancing Teaching Quality

Sajida Bibi et al.Feb 28, 2024
This qualitative research study examines the multifaceted impact of training programs on educational performance within educational institutions, focusing on the Layyah district. The study sample consists of ten secondary school teachers selected from different schools in the Layyah district. Through thematic analysis of key themes, including improved instructional strategies, improved classroom management, technology integration, increased collaboration among educators, implementation challenges, and success factors, essential insights are uncovered to optimize the effectiveness of training initiatives. The findings highlight the importance of a culture of continuous learning among teachers, supported by clear communication, strong leadership, and comprehensive support. Furthermore, for successful implementation, embracing technology integration and addressing challenges such as resistance to change and resource limitations is essential. Recommendations include allocating adequate resources, promoting collaboration, embracing technology integration, and providing ongoing support mechanisms. Emphasis is also placed on continuous monitoring and evaluation of training programs to ensure alignment with changing needs and maximize impact on teaching performance and student outcomes. This study provides practical guidance to educational institutions seeking to improve teaching effectiveness through targeted training initiatives, ultimately benefiting teachers and students.
0

IDENTIFICATION OF PREDISPOSING RISK FACTORS OF COVID-19 SEVERITY; A DESCRIPTIVE STUDY

MUHAMMAD MATEEN et al.Jan 1, 2024
Coronavirus disease 19 (COVID-19) severity data is highly variable and many factors were linked to increased severity. Owing to the dense population, varied demographic characteristics, and high burden of various diseases, it is important to identify risk factors resulting in severe COVID-19 in Pakistan. It was a descriptive study, and 652 COVID-19-positive patients were enrolled from Mayo Hospital Lahore and grouped into mild and severe cases. Demographic, clinical history and laboratory findings at the time of admission were collected. Data were analyzed using SPSS V21. The results indicated that the patients with age above 30 years showed a significant association with disease severity and with increasing every 10 years, the odds of disease severity became double. Further, male gender (OR 1.729, p 0.002), low socioeconomic status (OR 4.01, p <0.0001), diabetes mellitus (OR 2.52, p 0.001), hypertension (OR 1.81, p 0.01) and heart attack (OR 2.05, p 0.02) were significantly increasing disease severity. Interestingly, malarial history and smoking showed a significant association with a milder form of the disease. We conclude that young people (30 and above) were at significant risk of severe COVID-19 infection. Similarly, diabetes mellitus, hypertension and cardiovascular diseases were identified as independent risk factors for COVID-19 severity in Pakistan.
0

Delineation of the First Human Mendelian Disorder of the DNA Demethylation Machinery: TET3 Deficiency

David Beck et al.Jul 31, 2019
Germline pathogenic variants in chromatin-modifying enzymes are a common cause of pediatric developmental disorders. These enzymes catalyze reactions that regulate epigenetic inheritance via histone post translational modifications and DNA methylation. Cytosine methylation of DNA (5mC) is the quintessential epigenetic mark, yet no human Mendelian disorder of DNA demethylation has been delineated. Here, we describe in detail the first Mendelian disorder caused by disruption of DNA demethylation. TET3 is a methylcytosine dioxygenase that initiates DNA demethylation during early zygote formation, embryogenesis, and neuronal differentiation and is intolerant to haploinsufficiency in mice and humans. Here we identify and characterize 11 cases of human TET3 deficiency in 8 families with the common phenotypic features of intellectual disability/global developmental delay, hypotonia, autistic traits, movement disorders, growth abnormalities, and facial dysmorphism. Mono-allelic frameshift and nonsense variants in TET3 occur throughout the coding region. Mono-allelic and bi-allelic missense variants localize to conserved residues with all but one occurring within the catalytic domain and most displaying hypomorphic function in a catalytic activity assay. TET3 deficiency shows substantial phenotypic overlap with other Mendelian disorders of the epigenetic machinery, including intellectual disability and growth abnormalities, underscoring shared disease mechanisms.
0

In-silico analysis of potential anticancer drug for NEK7 and PPP1CA proteins overexpressed in pancreatic ductal adenocarcinoma

Safa Adrees et al.Mar 12, 2024
NIMA-related kinase 7 (NEK7) and phosphoprotein phosphatase-1 catalytic subunit alpha (PPP1CA) are the most common proteins overexpressed in pancreatic ductal adenocarcinoma, which is the most common type of pancreatic cancer. The goal of the current study was to identify a possible NEK7 and PPP1CA therapeutic inhibitor. For this investigation, 5000 compounds were retrieved from the IMPPAT library of phytochemicals, which were docked with our respective target proteins. Also, a reference compound, gemcitabine, which is a Food and Drug Administration (FDA) approved drug, was docked with the target proteins. The binding energy of the reference compound for both the targeted proteins was −6.5 kcal/mol. The common ligand with the lowest binding energy for both targets is boeravinone B (PubChem ID: 14018348) with −9.2 kcal/mol of NEK7 and −7.6 kcal/mol for PPP1CA. The compound was further investigated through density function theory (DFT) and molecular dynamic simulation analysis. The root mean square deviation (RMSD), root mean square fluctuation (RMSF), radius of gyration (Rg), and hydrogen bonding analysis indicated the stability of the boeravinone B with the target proteins (NEK7 and PPP1CA).
1

In silico identification of potential drug-like molecules against G glycoprotein of Nipah virus by molecular docking, DFT studies, and molecular dynamic simulation

Iqra Naeem et al.Jan 1, 2022
Nipah virus (NiV) is a novel zoonotic pathogen that belongs to the Paramyxovirus family. The pathogen has infected a number of people in countries like Bangladesh, India, Singapore, and Malaysia with high mortality rates. Although the NiV has been classified as a biosafety level four pathogen (BSL-4), there is no drug approved for treatment against it. In this study, the G glycoprotein of the NiV was chosen as an antiviral target. Based on ADMET criteria, BBB- and BBB + group compounds were screened out of the Gold & platinum Asinex library containing 211620 compounds. After careful evaluation, the selected ligands were then virtually screened to identify the potential inhibitors against the G glycoprotein of the NiV through molecular docking, density functional theory (DFT), and molecular dynamic (MD) simulation studies. In our study we identified 5-(1,3-Benzodioxol-5-yl)-2-[(3-fluorobenzyl)sulfanyl]-5,8-dihydropyrido[2,3-d]pyrimidine-4,7(1H,6H)-dione (from BBB- group) and 7,7-Dimethyl-1-(4-methylphenyl)-3-(4-morpholinylcarbonyl)-7,8-dihydro-2,5(1H,6H)-quinolinedione) (from BBB + group) as potential compounds for the prevention and treatment of NiV related diseases. Communicated by Ramaswamy H. Sarma