The goal of the International HapMap Project is to determine the common patterns of DNA sequence variation in the human genome and to make this information freely available in the public domain. An international consortium is developing a map of these patterns across the genome by determining the genotypes of one million or more sequence variants, their frequencies and the degree of association between them, in DNA samples from populations with ancestry from parts of Africa, Asia and Europe. The HapMap will allow the discovery of sequence variants that affect common disease, will facilitate development of diagnostic tools, and will enhance our ability to choose targets for therapeutic intervention.

Potato (Solanum tuberosum L.) is the world’s most important non-grain food crop and is central to global food security. It is clonally propagated, highly heterozygous, autotetraploid, and suffers acute inbreeding depression. Here we use a homozygous doubled-monoploid potato clone to sequence and assemble 86% of the 844-megabase genome. We predict 39,031 protein-coding genes and present evidence for at least two genome duplication events indicative of a palaeopolyploid origin. As the first genome sequence of an asterid, the potato genome reveals 2,642 genes specific to this large angiosperm clade. We also sequenced a heterozygous diploid clone and show that gene presence/absence variants and other potentially deleterious mutations occur frequently and are a likely cause of inbreeding depression. Gene family expansion, tissue-specific expression and recruitment of genes to new pathways contributed to the evolution of tuber development. The potato genome sequence provides a platform for genetic improvement of this vital crop. The genome of the potato (Solanum tuberosum L.), a staple crop vital to food security, has been sequenced. The Potato Genome Sequencing Consortium sequenced a homozygous doubled-monoploid potato clone as well as a heterozygous diploid clone. Genome analysis reveals traces of at least two genome duplication events and genes specific to Asterids, a large clade of flowering plants of which the potato is the first to be sequenced. Gene presence/absence variants and other potentially deleterious mutations are frequent and may be the cause of inbreeding depression. The genome sequence will facilitate genetic improvements in the potato with a view to improving yield and to increasing disease and stress resistance of this crop, which is a now a significant component of worldwide food production and is becoming increasingly important in the developing world.

The crystal structure of recombinant wild-type green fluorescent protein (GFP) has been solved to a resolution of 1.9 Å by multiwavelength anomalous dispersion phasing methods. The protein is in the shape of a cylinder, comprising 11 strands of ß-sheet with an α-helix inside and short helical segments on the ends of the cylinder. This motif, with ß-structure on the outside and α-helix on the inside, represents a new protein fold, which we have named the ß-can. Two protomers pack closely together to form a dimer in the crystal. The fluorophores are protected inside the cylinders, and their structures are consistent with the formation of aromatic systems made up of Tyr86 with reduction of its Cα-Cß bond coupled with cyclization of the neighboring glycine and serine residues. The environment inside the cylinder explains the effects of many existing mutants of GFP and suggests specific side chains that could be modified to change the spectral properties of GFP. Furthermore, the identification of the dimer contacts may allow mutagenic control of the state of assembly of the protein.

Suzanne Baker and colleagues sequenced the whole genomes of seven pediatric brainstem glioblastomas and matched normal tissue. They found that 78% of diffuse intrinsic pontine gliomas and 22% of non-brainstem pediatric glioblastomas contained a mutation in H3F3A, encoding histone H3.3, or in the related HIST1H3B, encoding histone H3.1, causing a p.Lys27Met amino acid substitution in each protein. To identify somatic mutations in pediatric diffuse intrinsic pontine glioma (DIPG), we performed whole-genome sequencing of DNA from seven DIPGs and matched germline tissue and targeted sequencing of an additional 43 DIPGs and 36 non-brainstem pediatric glioblastomas (non-BS-PGs). We found that 78% of DIPGs and 22% of non-BS-PGs contained a mutation in H3F3A, encoding histone H3.3, or in the related HIST1H3B, encoding histone H3.1, that caused a p.Lys27Met amino acid substitution in each protein. An additional 14% of non-BS-PGs had somatic mutations in H3F3A causing a p.Gly34Arg alteration.

Most patients with small-cell lung cancer (SCLC) have extensive-stage disease at presentation, and prognosis remains poor. Recently, immunotherapy has demonstrated clinical activity in extensive-stage SCLC (ES-SCLC). The CASPIAN trial assessed durvalumab, with or without tremelimumab, in combination with etoposide plus either cisplatin or carboplatin (platinum-etoposide) in treatment-naive patients with ES-SCLC.This randomised, open-label, phase 3 trial was done at 209 sites across 23 countries. Eligible patients were adults with untreated ES-SCLC, with WHO performance status 0 or 1 and measurable disease as per Response Evaluation Criteria in Solid Tumors, version 1.1. Patients were randomly assigned (in a 1:1:1 ratio) to durvalumab plus platinum-etoposide; durvalumab plus tremelimumab plus platinum-etoposide; or platinum-etoposide alone. All drugs were administered intravenously. Platinum-etoposide consisted of etoposide 80-100 mg/m2 on days 1-3 of each cycle with investigator's choice of either carboplatin area under the curve 5-6 mg/mL per min or cisplatin 75-80 mg/m2 (administered on day 1 of each cycle). Patients received up to four cycles of platinum-etoposide plus durvalumab 1500 mg with or without tremelimumab 75 mg every 3 weeks followed by maintenance durvalumab 1500 mg every 4 weeks in the immunotherapy groups and up to six cycles of platinum-etoposide every 3 weeks plus prophylactic cranial irradiation (investigator's discretion) in the platinum-etoposide group. The primary endpoint was overall survival in the intention-to-treat population. We report results for the durvalumab plus platinum-etoposide group versus the platinum-etoposide group from a planned interim analysis. Safety was assessed in all patients who received at least one dose of their assigned study treatment. This study is registered at ClinicalTrials.gov, NCT03043872, and is ongoing.Patients were enrolled between March 27, 2017, and May 29, 2018. 268 patients were allocated to the durvalumab plus platinum-etoposide group and 269 to the platinum-etoposide group. Durvalumab plus platinum-etoposide was associated with a significant improvement in overall survival, with a hazard ratio of 0·73 (95% CI 0·59-0·91; p=0·0047]); median overall survival was 13·0 months (95% CI 11·5-14·8) in the durvalumab plus platinum-etoposide group versus 10·3 months (9·3-11·2) in the platinum-etoposide group, with 34% (26·9-41·0) versus 25% (18·4-31·6) of patients alive at 18 months. Any-cause adverse events of grade 3 or 4 occurred in 163 (62%) of 265 treated patients in the durvalumab plus platinum-etoposide group and 166 (62%) of 266 in the platinum-etoposide group; adverse events leading to death occurred in 13 (5%) and 15 (6%) patients.First-line durvalumab plus platinum-etoposide significantly improved overall survival in patients with ES-SCLC versus a clinically relevant control group. Safety findings were consistent with the known safety profiles of all drugs received.AstraZeneca.

No Genetic Vertigo Peoples living in high altitudes have adapted to their situation (see the Perspective by Storz ). To identify gene regions that might have contributed to high-altitude adaptation in Tibetans, Simonson et al. (p. 72 , published online 13 May) conducted a genome scan of nucleotide polymorphism comparing Tibetans, Han Chinese, and Japanese, while Yi et al. (p. 75 ) performed comparable analyses on the coding regions of all genes—their exomes. Both studies converged on a gene, endothelial Per-Arnt-Sim domain protein 1 (also known as hypoxia-inducible factor 2 α), which has been linked to the regulation of red blood cell production. Other genes identified that were potentially under selection included adult and fetal hemoglobin and two functional candidate loci that were correlated with low hemoglobin concentration in Tibetans. Future detailed functional studies will now be required to examine the mechanistic underpinnings of physiological adaptation to high altitudes.

Patients with follicular lymphoma may survive for periods of less than 1 year to more than 20 years after diagnosis. We used gene-expression profiles of tumor-biopsy specimens obtained at diagnosis to develop a molecular predictor of the length of survival.

BackgroundWith the unprecedented morbidity and mortality associated with the COVID-19 pandemic, a vaccine against COVID-19 is urgently needed. We investigated CoronaVac (Sinovac Life Sciences, Beijing, China), an inactivated vaccine candidate against COVID-19, containing inactivated severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), for its safety, tolerability and immunogenicity.MethodsIn this randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 1/2 clinical trial, healthy adults aged 18–59 years were recruited from the community in Suining County of Jiangsu province, China. Adults with SARS-CoV-2 exposure or infection history, with axillary temperature above 37·0°C, or an allergic reaction to any vaccine component were excluded. The experimental vaccine for the phase 1 trial was manufactured using a cell factory process (CellSTACK Cell Culture Chamber 10, Corning, Wujiang, China), whereas those for the phase 2 trial were produced through a bioreactor process (ReadyToProcess WAVE 25, GE, Umea, Sweden). The phase 1 trial was done in a dose-escalating manner. At screening, participants were initially separated (1:1), with no specific randomisation, into two vaccination schedule cohorts, the days 0 and 14 vaccination cohort and the days 0 and 28 vaccination cohort, and within each cohort the first 36 participants were assigned to block 1 (low dose CoronaVac [3 μg per 0·5 mL of aluminium hydroxide diluent per dose) then another 36 were assigned to block 2 (high-dose Coronavc [6 μg per 0·5 mL of aluminium hydroxide diluent per dse]). Within each block, participants were randomly assigned (2:1), using block randomisation with a block size of six, to either two doses of CoronaVac or two doses of placebo. In the phase 2 trial, at screening, participants were initially separated (1:1), with no specific randomisation, into the days 0 and 14 vaccination cohort and the days 0 and 28 vaccination cohort, and participants were randomly assigned (2:2:1), using block randomisation with a block size of five, to receive two doses of either low-dose CoronaVac, high-dose CoronaVac, or placebo. Participants, investigators, and laboratory staff were masked to treatment allocation. The primary safety endpoint was adverse reactions within 28 days after injection in all participants who were given at least one dose of study drug (safety population). The primary immunogenic outcome was seroconversion rates of neutralising antibodies to live SARS-CoV-2 at day 14 after the last dose in the days 0 and 14 cohort, and at day 28 after the last dose in the days 0 and 28 cohort in participants who completed their allocated two-dose vaccination schedule (per-protocol population). This trial is registered with ClinicalTrials.gov, NCT04352608, and is closed to accrual.FindingsBetween April 16 and April 25, 2020, 144 participants were enrolled in the phase 1 trial, and between May 3 and May 5, 2020, 600 participants were enrolled in the phase 2 trial. 743 participants received at least one dose of investigational product (n=143 for phase 1 and n=600 for phase 2; safety population). In the phase 1 trial, the incidence of adverse reactions for the days 0 and 14 cohort was seven (29%) of 24 participants in the 3 ug group, nine (38%) of 24 in the 6 μg group, and two (8%) of 24 in the placebo group, and for the days 0 and 28 cohort was three (13%) of 24 in the 3 μg group, four (17%) of 24 in the 6 μg group, and three (13%) of 23 in the placebo group. The seroconversion of neutralising antibodies on day 14 after the days 0 and 14 vaccination schedule was seen in 11 (46%) of 24 participants in the 3 μg group, 12 (50%) of 24 in the 6 μg group, and none (0%) of 24 in the placebo group; whereas at day 28 after the days 0 and 28 vaccination schedule, seroconversion was seen in 20 (83%) of 24 in the 3 μg group, 19 (79%) of 24 in the 6 μg group, and one (4%) of 24 in the placebo group. In the phase 2 trial, the incidence of adverse reactions for the days 0 and 14 cohort was 40 (33%) of 120 participants in the 3 μg group, 42 (35%) of 120 in the 6 μg group, and 13 (22%) of 60 in the placebo group, and for the days 0 and 28 cohort was 23 (19%) of 120 in the 3 μg group, 23 (19%) of 120 in the 6 μg group, and 11 (18%) of 60 for the placebo group. Seroconversion of neutralising antibodies was seen for 109 (92%) of 118 participants in the 3 μg group, 117 (98%) of 119 in the 6 μg group, and two (3%) of 60 in the placebo group at day 14 after the days 0 and 14 schedule; whereas at day 28 after the days 0 and 28 schedule, seroconversion was seen in 114 (97%) of 117 in the 3 μg group, 118 (100%) of 118 in the 6 μg group, and none (0%) of 59 in the placebo group.InterpretationTaking safety, immunogenicity, and production capacity into account, the 3 μg dose of CoronaVac is the suggested dose for efficacy assessment in future phase 3 trials.FundingChinese National Key Research and Development Program and Beijing Science and Technology Program.

We demonstrate a novel tumor-promoting role of myeloid immune suppressor Gr+CD11b+ cells, which are evident in cancer patients and tumor-bearing animals. These cells constitute approximately 5% of total cells in tumors. Tumors coinjected with Gr+CD11b+ cells exhibited increased vascular density, vascular maturation, and decreased necrosis. These immune cells produce high levels of MMP9. Deletion of MMP9 in these cells completely abolishes their tumor-promoting ability. Gr+CD11b+ cells were also found to directly incorporate into tumor endothelium. Consistent with this observation, Gr+CD11b+ cells acquire endothelial cell (EC) properties in tumor microenvironment and proangiogenic culture conditions. Our data provide evidence that Gr+CD11b+ cells of immune origin induced by tumors directly contribute to tumor growth and vascularization by producing MMP9 and differentiating into ECs.

BackgroundThe ongoing COVID-19 pandemic warrants accelerated efforts to test vaccine candidates. We aimed to assess the safety and immunogenicity of an inactivated severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) vaccine candidate, BBIBP-CorV, in humans.MethodsWe did a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 1/2 trial at Shangqiu City Liangyuan District Center for Disease Control and Prevention in Henan Province, China. In phase 1, healthy people aged 18–80 years, who were negative for serum-specific IgM/IgG antibodies against SARS-CoV-2 at the time of screening, were separated into two age groups (18–59 years and ≥60 years) and randomly assigned to receive vaccine or placebo in a two-dose schedule of 2 μg, 4 μg, or 8 μg on days 0 and 28. In phase 2, healthy adults (aged 18–59 years) were randomly assigned (1:1:1:1) to receive vaccine or placebo on a single-dose schedule of 8 μg on day 0 or on a two-dose schedule of 4 μg on days 0 and 14, 0 and 21, or 0 and 28. Participants within each cohort were randomly assigned by stratified block randomisation (block size eight) and allocated (3:1) to receive vaccine or placebo. Group allocation was concealed from participants, investigators, and outcome assessors. The primary outcomes were safety and tolerability. The secondary outcome was immunogenicity, assessed as the neutralising antibody responses against infectious SARS-CoV-2. This study is registered with www.chictr.org.cn, ChiCTR2000032459.FindingsIn phase 1, 192 participants were enrolled (mean age 53·7 years [SD 15·6]) and were randomly assigned to receive vaccine (2 μg [n=24], 4 μg [n=24], or 8 μg [n=24] for both age groups [18–59 years and ≥60 years]) or placebo (n=24). At least one adverse reaction was reported within the first 7 days of inoculation in 42 (29%) of 144 vaccine recipients. The most common systematic adverse reaction was fever (18–59 years, one [4%] in the 2 μg group, one [4%] in the 4 μg group, and two [8%] in the 8 μg group; ≥60 years, one [4%] in the 8 μg group). All adverse reactions were mild or moderate in severity. No serious adverse event was reported within 28 days post vaccination. Neutralising antibody geometric mean titres were higher at day 42 in the group aged 18–59 years (87·7 [95% CI 64·9–118·6], 2 μg group; 211·2 [158·9–280·6], 4 μg group; and 228·7 [186·1–281·1], 8 μg group) and the group aged 60 years and older (80·7 [65·4–99·6], 2 μg group; 131·5 [108·2–159·7], 4 μg group; and 170·87 [133·0–219·5], 8 μg group) compared with the placebo group (2·0 [2·0–2·0]). In phase 2, 448 participants were enrolled (mean age 41·7 years [SD 9·9]) and were randomly assigned to receive the vaccine (8 μg on day 0 [n=84] or 4 μg on days 0 and 14 [n=84], days 0 and 21 [n=84], or days 0 and 28 [n=84]) or placebo on the same schedules (n=112). At least one adverse reaction within the first 7 days was reported in 76 (23%) of 336 vaccine recipients (33 [39%], 8 μg day 0; 18 [21%], 4 μg days 0 and 14; 15 [18%], 4 μg days 0 and 21; and ten [12%], 4 μg days 0 and 28). One placebo recipient in the 4 μg days 0 and 21 group reported grade 3 fever, but was self-limited and recovered. All other adverse reactions were mild or moderate in severity. The most common systematic adverse reaction was fever (one [1%], 8 μg day 0; one [1%], 4 μg days 0 and 14; three [4%], 4 μg days 0 and 21; two [2%], 4 μg days 0 and 28). The vaccine-elicited neutralising antibody titres on day 28 were significantly greater in the 4 μg days 0 and 14 (169·5, 95% CI 132·2–217·1), days 0 and 21 (282·7, 221·2–361·4), and days 0 and 28 (218·0, 181·8–261·3) schedules than the 8 μg day 0 schedule (14·7, 11·6–18·8; all p<0·001).InterpretationThe inactivated SARS-CoV-2 vaccine, BBIBP-CorV, is safe and well tolerated at all tested doses in two age groups. Humoral responses against SARS-CoV-2 were induced in all vaccine recipients on day 42. Two-dose immunisation with 4 μg vaccine on days 0 and 21 or days 0 and 28 achieved higher neutralising antibody titres than the single 8 μg dose or 4 μg dose on days 0 and 14.FundingNational Program on Key Research Project of China, National Mega projects of China for Major Infectious Diseases, National Mega Projects of China for New Drug Creation, and Beijing Science and Technology Plan.