IA
Ijaz Ali
Author with expertise in Solid Acids in Protonic Conduction and Ferroelectricity
Achievements
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
6
(50% Open Access)
Cited by:
3
h-index:
25
/
i10-index:
52
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

A spin-polarized DFT analysis of the physical attributes of vacancy ordered Rb2TcCl6 double perovskite for optoelectronic and spintronics

Ijaz Ali et al.May 25, 2024
Due to their versatile properties, vacancy-ordered double perovskites offer a wide range of potential uses due to their versatile properties. We have thoroughly examined the physical characteristics of vacancy-ordered Rb2TcCl6 in its cubic phase by employing the spin-polarized computations. The ground state energy and optimum structural parameters are obtained in order to assess the structural stability, which is further validated using the tolerance factor and formation energy values. The ductile character of Rb2TcCl6 is revealed by a comprehensive evaluation of mechanical properties. Vickers hardness factor suggests that Rb2TcCl6 can withstand against pressure-induced disturbance more strongly. A direct bandgap for spin-up is measured up to 2.33 eV, while for spin-dn it is 2.02 eV. According to the magnetic moments of 2.69 μB, Rb2TcCl6 is an attractive material for spintronic devices. A number of optical parameters are determined. For optoelectronic applications, Rb2TcCl6 is an excellent choice due to its strong polarization in the visible and ultraviolet regions, as shown by its optical characteristics.
0

In silico design of peptide inhibitors for Dengue virus to treat Dengue virus-associated infections

Amar Ajmal et al.Jun 7, 2024
Abstract Dengue virus is a single positive-strand RNA virus that is composed of three structural proteins including capsid, envelope, and precursor membrane while seven non-structural proteins (NS1, NS2A, NS2B, NS3A, NS3B, NS4, and NS5). Dengue is a viral infection caused by the dengue virus (DENV). DENV infections are asymptomatic or produce only mild illness. However, DENV can occasionally cause more severe cases and even death. There is no specific treatment for dengue virus infections. Therapeutic peptides have several important advantages over proteins or antibodies: they are small in size, easy to synthesize, and have the ability to penetrate the cell membranes. They also have high activity, specificity, affinity, and less toxicity. Based on the known peptide inhibitor, the current study designs peptide inhibitors for dengue virus envelope protein using an alanine and residue scanning technique. By replacing I21 with Q21, L14 with H14, and V28 with K28, the binding affinity of the peptide inhibitors was increased. The newly designed peptide inhibitors with single residue mutation improved the binding affinity of the peptide inhibitors. The inhibitory capability of the new promising peptide inhibitors was further confirmed by the utilization of MD simulation and free binding energy calculations. The molecular dynamics simulation demonstrated that the newly engineered peptide inhibitors exhibited greater stability compared to the wild-type peptide inhibitors. According to the binding free energies MM(GB)SA of these developed peptides, the first peptide inhibitor was the most effective against the dengue virus envelope protein. All peptide derivatives had higher binding affinities for the envelope protein and have the potential to treat dengue virus-associated infections. In this study, new peptide inhibitors were developed for the dengue virus envelope protein based on the already reported peptide inhibitor.
0

Integration of pharmacophore-based virtual screening, molecular docking, ADMET analysis, and MD simulation for targeting EGFR: A comprehensive drug discovery study using commercial databases

Abdullah Alanzi et al.Dec 9, 2024
The epidermal growth factor receptor (EGFR), a crucial component of cellular signaling pathways, is frequently dysregulated in a range of cancers. EGFR targeting has become a viable approach in the development of anti-cancer medications. This study employs an integrated approach to drug discovery, combining multiple computational methodologies to identify potential EGFR inhibitors. The co-crystal ligand for the EGFR protein (R85) (PDB ID: 7AEI) was employed as a model for developing pharmacophore hypotheses. Nine databases underwent a ligand-based virtual screening, and 1271 hits meeting the screening criteria were chosen. EGFR protein crystal structure was obtained from the PDB database (PDB ID: 7AEI) and prepared. The hit compounds identified during virtual screening were docked to the prepared EGFR receptor to predict binding affinities by using the glide tool's standard precision mode. The top ten compounds were chosen, and their affinities of binding ranged from -7.691 to -7.338 kcal/mol. The ADMET properties of the selected compounds were predicted, and three compounds MCULE-6473175764, CSC048452634, and CSC070083626 showed better QPPCaco values compared to other identified compounds, so these were selected for further stability analysis. To confirm the stability of the protein-ligand complexes, a 200 ns molecular dynamics (MD) simulation was run using the binding sites of the top three compounds against the EGFR receptor. These results suggest that the selected compounds may be lead compounds in suppressing the biological activity of EGFR, additional experimental investigation is required.