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Fabrizio Santoro
Author with expertise in Quantum Coherence in Photosynthesis and Aqueous Systems
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Effective method for the computation of optical spectra of large molecules at finite temperature including the Duschinsky and Herzberg–Teller effect: The Qx band of porphyrin as a case study

Fabrizio Santoro et al.Jun 12, 2008
The authors extend their recent method for the computation of vibrationally resolved optical spectra of large molecules, including both the Duschinsky rotation and the effect of finite temperature in the framework of the Franck–Condon (FC) approximation, to deal with the more general case of the Herzberg–Teller (HT) model, where also the linear dependence of the transition dipole moment on the nuclear coordinates is taken into account. This generalization allows us to investigate weak and vibronically allowed transitions by far extending the range of application of the method. The calculation of the spectra of sizable molecules is computationally demanding because of the huge number of final vibrational states that must be taken into account, and the inclusion of HT terms further increases the computational burden. The method presented here automatically selects the relevant vibronic contributions to the spectrum, independent of their frequency, and it is able to provide fully converged spectra with a modest computational requirement. The effectiveness of the method is illustrated by computing the HT absorption and fluorescence Qx spectra of free-base porphyrin both at T=0K and at room temperature, performing for the first time an exact treatment of vibrations in harmonic approximation. Qx spectra are compared to experiments and FC/HT interferences are analyzed in detail.
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Comparison of vertical and adiabatic harmonic approaches for the calculation of the vibrational structure of electronic spectra

Francisco Ferrer et al.Jan 1, 2012
The calculation of the vibrational structure associated to electronic spectra in large molecules requires a Taylor expansion of the initial and final state potential energy surface (PES) around some reference nuclear structure. Vertical (V) and adiabatic (A) approaches expand the final state PES around the initial-state (V) or final-state (A) equilibrium structure. Simplest models only take into account displacements of initial- and final-state minima, intermediate ones also allow for difference in frequencies and more accurate models introduce the Dushinsky effect through the computation of the Hessians of both the initial and final state. In this contribution we summarize and compare the mathematical expressions of the complete hierarchy of V and A harmonic models and we implement them in a numerical code, presenting a detailed comparison of their performance on a number of prototypical systems. We also address non-Condon effects through linear expansions of the transition dipole as a function of nuclear coordinates (Herzberg–Teller effect) and compare the results of expansions around initial and final state equilibrium geometries. By a throughout analysis of our results we highlight a number of general trends in the relative performance of the models that can provide hints for their proper choice. Moreover we show that A and V models including final state PES Hessian outperform the simpler ones and that discrepancies in their predictions are diagnostic for failure of harmonic approximation and/or of Born–Oppenheimer approximation (existence of remarkable geometry-dependent mixing of electronic states).
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Insights for an Accurate Comparison of Computational Data to Experimental Absorption and Emission Spectra: Beyond the Vertical Transition Approximation

Francisco Ferrer et al.Feb 19, 2013
In this work we carefully investigate the relationship between computed data and experimental electronic spectra. To that end, we compare both vertical transition energies, EV, and characteristic frequencies of the spectrum like the maximum, ν(max), and the center of gravity, M(1), taking advantage of an analytical expression of M(1) in terms of the parameters of the initial- and final-state potential energy surfaces. After pointing out that, for an accurate comparison, experimental spectra should be preliminarily mapped from wavelength to frequency domain and transformed to normalized lineshapes, we simulate the absorption and emission spectra of several prototypical chromophores, obtaining lineshapes in very good agreement with experimental data. Our results indicate that the customary comparison of experimental ν(max) and computational EV, without taking into account vibrational effects, is not an adequate measure of the performance of an electronic method. In fact, it introduces systematic errors that, in the investigated systems, are on the order of 0.1-0.3 eV, i.e., values comparable to the expected accuracy of the most accurate computational methods. On the contrary, a comparison of experimental and computed M(1) and/or 0-0 transition frequencies provides more robust results. Some rules of thumbs are proposed to help rationalize which kind of correction one should expect when comparing EV, M(1), and ν(max).
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Sub-100-fs energy transfer in coenzyme NADH is a coherent process assisted by a charge-transfer state

Vishal Jaiswal et al.Jun 8, 2024
Abstract Excitation energy transfer (EET) is a key photoinduced process in biological chromophoric assemblies. Here we investigate the factors which can drive EET into efficient ultrafast sub-ps regimes. We demonstrate how a coherent transport of electronic population could facilitate this in water solvated NADH coenzyme and uncover the role of an intermediate dark charge-transfer state. High temporal resolution ultrafast optical spectroscopy gives a 54±11 fs time constant for the EET process. Nonadiabatic quantum dynamical simulations computed through the time-evolution of multidimensional wavepackets suggest that the population transfer is mediated by photoexcited molecular vibrations due to strong coupling between the electronic states. The polar aqueous solvent environment leads to the active participation of a dark charge transfer state, accelerating the vibronically coherent EET process in favorably stacked conformers and solvent cavities. Our work demonstrates how the interplay of structural and environmental factors leads to diverse pathways for the EET process in flexible heterodimers and provides general insights relevant for coherent EET processes in stacked multichromophoric aggregates like DNA strands.
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