Abstract

 Zygomycosis is an important emerging fungal infection, associated with high morbidity and mortality. The Working Group on Zygomycosis of the European Confederation of Medical Mycology (ECMM) prospectively collected cases of proven and probable zygomycosis in 13 European countries occurring between 2005 and 2007. Cases were recorded by a standardized case report form, entered into an electronic database and analysed descriptively and by logistic regression analysis. During the study period, 230 cases fulfilled pre-set criteria for eligibility. The median age of the patients was 50 years (range, 1 month to 87 years); 60% were men. Underlying conditions included haematological malignancies (44%), trauma (15%), haematopoietic stem cell transplantation (9%) and diabetes mellitus (9%). The most common manifestations of zygomycosis were pulmonary (30%), rhinocerebral (27%), soft tissue (26%) and disseminated disease (15%). Diagnosis was made by both histology and culture in 108 cases (44%). Among 172 cases with cultures, Rhizopus spp. (34%), Mucor spp. (19%) and Lichtheimia (formerly Absidia) spp. (19%) were most commonly identified. Thirty-nine per cent of patients received amphotericin B formulations, 7% posaconazole and 21% received both agents; 15% of patients received no antifungal therapy. Total mortality in the entire cohort was 47%. On multivariate analysis, factors associated with survival were trauma as an underlying condition (p 0.019), treatment with amphotericin B (p 0.006) and surgery (p <0.001); factors associated with death were higher age (p 0.005) and the administration of caspofungin prior to diagnosis (p 0.011). In conclusion, zygomycosis remains a highly lethal disease. Administration of amphotericin B and surgery, where feasible, significantly improve survival.

Antifungal susceptibility tests are performed on fungi that cause disease, especially if they belong to a species exhibiting resistance to commonly used antifungal agents. Antifungal susceptibility testing is also important for resistance surveillance, for epidemiological studies and for comparing the in-vitro activity of new and existing agents.

ABSTRACT Fourteen Aspergillus fumigatus clinical isolates that exhibited a pattern of reduced susceptibility to triazole drugs were analyzed. The sequences of the cyp51A gene from all isolates showed the presence of a point mutation at t364a, which led to the substitution of leucine 98 for histidine (L98H), together with the presence of two copies of a 34-bp sequence in tandem in the promoter of the cyp51A gene. Quantitative expression analysis (real-time PCR) showed up to an eightfold increase in the level of expression of the cyp51A gene compared to that by the susceptible strain. Three PCR fragments of one azole-resistant strain (strain CM2627) that included the promoter with the tandem repeat and part of cyp51 A with the t364a mutation or PCR fragments with only one of the modifications were used to replace the cyp51A gene of an azole drug-susceptible A. fumigatus wild-type strain (strain CM237). Only transformants which had incorporated the tandem repeat in the promoter of the cyp51A gene and the L98H amino acid substitution exhibited similarly reduced patterns of susceptibility to all triazole agents and similarly increased levels of cyp51A expression, confirming that the combination of both alterations was responsible for the azole-resistant phenotype.

ObjectivesTo analyse the characteristics and predictors of death in hospitalized patients with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in Spain.MethodsA retrospective observational study was performed of the first consecutive patients hospitalized with COVID-19 confirmed by real-time PCR assay in 127 Spanish centres until 17 March 2020. The follow-up censoring date was 17 April 2020. We collected demographic, clinical, laboratory, treatment and complications data. The primary endpoint was all-cause mortality. Univariable and multivariable Cox regression analyses were performed to identify factors associated with death.ResultsOf the 4035 patients, male subjects accounted for 2433 (61.0%) of 3987, the median age was 70 years and 2539 (73.8%) of 3439 had one or more comorbidity. The most common symptoms were a history of fever, cough, malaise and dyspnoea. During hospitalization, 1255 (31.5%) of 3979 patients developed acute respiratory distress syndrome, 736 (18.5%) of 3988 were admitted to intensive care units and 619 (15.5%) of 3992 underwent mechanical ventilation. Virus- or host-targeted medications included lopinavir/ritonavir (2820/4005, 70.4%), hydroxychloroquine (2618/3995, 65.5%), interferon beta (1153/3950, 29.2%), corticosteroids (1109/3965, 28.0%) and tocilizumab (373/3951, 9.4%). Overall, 1131 (28%) of 4035 patients died. Mortality increased with age (85.6% occurring in older than 65 years). Seventeen factors were independently associated with an increased hazard of death, the strongest among them including advanced age, liver cirrhosis, low age-adjusted oxygen saturation, higher concentrations of C-reactive protein and lower estimated glomerular filtration rate.ConclusionsOur findings provide comprehensive information about characteristics and complications of severe COVID-19, and may help clinicians identify patients at a higher risk of death.

To date, no immunological data on COVID-19 heterologous vaccination schedules in humans have been reported. We assessed the immunogenicity and reactogenicity of BNT162b2 (Comirnaty, BioNTech, Mainz, Germany) administered as second dose in participants primed with ChAdOx1-S (Vaxzevria, AstraZeneca, Oxford, UK).We did a phase 2, open-label, randomised, controlled trial on adults aged 18-60 years, vaccinated with a single dose of ChAdOx1-S 8-12 weeks before screening, and no history of SARS-CoV-2 infection. Participants were randomly assigned (2:1) to receive either BNT162b2 (0·3 mL) via a single intramuscular injection (intervention group) or continue observation (control group). The primary outcome was 14-day immunogenicity, measured by immunoassays for SARS-CoV-2 trimeric spike protein and receptor binding domain (RBD). Antibody functionality was assessed using a pseudovirus neutralisation assay, and cellular immune response using an interferon-γ immunoassay. The safety outcome was 7-day reactogenicity, measured as solicited local and systemic adverse events. The primary analysis included all participants who received at least one dose of BNT162b2 and who had at least one efficacy evaluation after baseline. The safety analysis included all participants who received BNT162b2. This study is registered with EudraCT (2021-001978-37) and ClinicalTrials.gov (NCT04860739), and is ongoing.Between April 24 and 30, 2021, 676 individuals were enrolled and randomly assigned to either the intervention group (n=450) or control group (n=226) at five university hospitals in Spain (mean age 44 years [SD 9]; 382 [57%] women and 294 [43%] men). 663 (98%) participants (n=441 intervention, n=222 control) completed the study up to day 14. In the intervention group, geometric mean titres of RBD antibodies increased from 71·46 BAU/mL (95% CI 59·84-85·33) at baseline to 7756·68 BAU/mL (7371·53-8161·96) at day 14 (p<0·0001). IgG against trimeric spike protein increased from 98·40 BAU/mL (95% CI 85·69-112·99) to 3684·87 BAU/mL (3429·87-3958·83). The interventional:control ratio was 77·69 (95% CI 59·57-101·32) for RBD protein and 36·41 (29·31-45·23) for trimeric spike protein IgG. Reactions were mild (n=1210 [68%]) or moderate (n=530 [30%]), with injection site pain (n=395 [88%]), induration (n=159 [35%]), headache (n=199 [44%]), and myalgia (n=194 [43%]) the most commonly reported adverse events. No serious adverse events were reported.BNT162b2 given as a second dose in individuals prime vaccinated with ChAdOx1-S induced a robust immune response, with an acceptable and manageable reactogenicity profile.Instituto de Salud Carlos III.For the French and Spanish translations of the abstract see Supplementary Materials section.

Background: Since the confirmation of the first patient infected with SARS-CoV-2 in Spain in January 2020, the epidemic has grown rapidly, with the greatest impact on the region of Madrid. This article describes the first 2226 adult patients with COVID-19, consecutively admitted to La Paz University Hospital in Madrid. Methods: Our cohort included all patients consecutively hospitalized who had a final outcome (death or discharge) in a 1286-bed hospital of Madrid (Spain) from 25 February (first case admitted) to 19 April 2020. The data were manually entered into an electronic case report form, which was monitored prior to the analysis. Results: We consecutively included 2226 adult patients admitted to the hospital who either died (460) or were discharged (1766). The patients’ median age was 61 years, and 51.8% were women. The most common comorbidity was arterial hypertension (41.3%), and the most common symptom on admission was fever (71.2%). The median time from disease onset to hospital admission was 6 days. The overall mortality was 20.7% and was higher in men (26.6% vs. 15.1%). Seventy-five patients with a final outcome were transferred to the intensive care unit (ICU) (3.4%). Most patients admitted to the ICU were men, and the median age was 64 years. Baseline laboratory values on admission were consistent with an impaired immune-inflammatory profile. Conclusions: We provide a description of the first large cohort of hospitalized patients with COVID-19 in Europe. Advanced age, male sex, the presence of comorbidities and abnormal laboratory values were more common among the patients with fatal outcomes.

The aim was to compare the incidence of Staphylococcus aureus bacteremia in COVID-19 and non-COVID-19 adult patients during the pandemic period versus the previous two years. Also, we described the characteristics of both cohorts of patients in pandemic period to find differences.Retrospective study in our tertiary-care centre reviewing S. aureus bacteremia episodes in COVID-19 and non-COVID-19 patients through clinical records and the Microbiology Department database.In 2018 and 2019, the incidence of S. aureus bacteremia episodes was 1.95 and 1.63 per 1000 admissions respectively. In the pandemic period, global incidence was 1.96 episodes per 1000 non-COVID-19 admissions and 10.59 episodes per 1000 COVID-19 admissions. A total of 241 bacteremia was registered during this pandemic period in 74 COVID-19 patients and in 167 non-COVID-19 patients. Methicillin resistance was detected in 32.4% and 13.8% of isolates from COVID-19 and non-COVID-19 patients respectively. In COVID-19 patients, mortality rates were significantly higher.We showed a significantly high rates of S. aureus bacteremia incidence in COVID-19 patients and higher methicillin resistance and 15-day mortality rates than in non-COVID-19 patients.

The aim of this study is to review how did the first three COVID-19 waves affected the diagnostic of tuberculosis and to describe the extra-pulmonary Mycobacterium tuberculosis complex (TB) diagnosis. A retrospective observational study was done during the first three waves of pandemic to ascertain the impact on TB samples and to recover the extra-pulmonary TB cases we included the first two years of COVID-19. All relevant data was recovered from hospital and Clinical Microbiology records. Prepandemic period showed an average of 44 samples per week for TB study; during the first three waves this number dropped to 23.1 per week. A reduction of 67.7% of pulmonary TB diagnosis was observed and an increase of 33.3% diagnosis of extra-pulmonary TB was noted when comparing pre-pandemic and pandemic period. The number of declared cases and samples for TB diagnosis dropped during the first three COVID-19 waves due to the overstretched Public Health System which could lead to a delay in diagnosis, treatment and to the spread of TB disease in the general population. Surveillance programs should be reinforced to avoid this. El objetivo de este estudio fue revisar cómo afectaron las primeras tres olas de la pandemia COVID-19 al diagnóstico de tuberculosis y describir el diagnóstico de las infecciones extrapulmonares causadas por Mycobacterium tuberculosis complex (TB). Se realizó un estudio observacional y retrospectivo durante el periodo que incluye las tres primeras olas de la pandemia para valorar el impacto en las muestras de TB y para valorar el diagnóstico de las TB extrapulmonares se amplió el periodo de estudio para incluir los 2 primeros años de la COVID-19. Todos los datos relevantes se extrajeron de la base de datos del hospital y del Servicio de Microbiología y Parasitología Clínica. En el periodo prepandémico se recibían una media de 44 muestras por semana para el estudio de TB; durante las tres primeras olas ese número cayó a 23,1 por semana. Se observó una reducción del 67,7% en el diagnóstico de la TB pulmonar y un aumento del 33,3% en el diagnóstico de la TB extrapulmonar cuando se comparó con los datos prepandemia. El número de casos declarados y el número de muestras para el diagnóstico de TB cayó durante las tres primeras olas del COVID-19 debido a la saturación del Sistema Nacional de Salud, lo que podría llevar a un retraso en el diagnóstico, tratamiento y a un aumento de la transmisión en la población general. Los sistemas de vigilancia deberían reforzarse para evitar esto.