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Qi Jin
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Detection and differentiation of antigenically distinct small round-structured viruses (Norwalk-like viruses) by reverse transcription-PCR and southern hybridization

Tamie Ando et al.Jan 1, 1995
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Application of reverse transcription (RT)-PCR to detect small round-structured viruses (SRSVs) from fecal specimens of patients with gastroenteritis has been insensitive because of the tremendous sequence heterogeneity between strains. We have designed two RT-PCR primer sets (G-1 and G-2) based on the nucleotide sequence diversity in the RNA polymerase gene of SRSVs belonging to two distinct genogroups represented by Norwalk virus (primers G-1) and Snow Mountain agent (primers G-2). All 22 SRSV strains examined that had been classified previously by solid-phase immune electron microscopy into four antigenic types (UK1, UK2, UK3, and UK4) could be detected by RT-PCR with these two primer sets. The G-1 primer set detected 6 UK2 strains, and the G-2 primers detected 16 strains, including 7 UK1, 5 UK3, and 4 UK4 strains. On the basis of nucleotide sequences of 81-bp fragments of the RT-PCR products from 13 strains determined in this study, together with those previously reported for 17 SRSV strains, we designed four sets of internal oligonucleotide probes (P1-A, P1-B, P2-A, and P2-B) for Southern hybridization, using chemiluminescent detection. The P1-A probe hybridized with PCR products from the UK2 strains; the P1-B probe, with products from two of the seven UK1 strains; the P2-A probe, with four of the remaining five UK1 strains; and the P2-B probe, with products from both UK3 and UK4 strains, as well as with one strain originally typed as UK1 which showed cross-reactivity with UK4 upon retesting by solid-phase immune electron microscopy. RT-PCR with both the G-1 and the G-2 primer sets can increase the detection rate of the many antigenically distinct SRSVs and, when combined with Southern hybridization, may predict the antigenic type of the SRSV associated with infection.
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Endolysosomal degradation of Tau and its role in glucocorticoid-driven hippocampal malfunction

João Vaz‐Silva et al.Jun 21, 2018
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Abstract Emerging studies implicate Tau as an essential mediator of neuronal atrophy and cognitive impairment in Alzheimer’s disease (AD), yet the factors that precipitate Tau dysfunction in AD are poorly understood. Chronic environmental stress and elevated glucocorticoids (GC), the major stress hormones, are associated with increased risk of AD, and have been shown to trigger intracellular Tau accumulation and downstream Tau-dependent neuronal dysfunction. However, the mechanisms through which stress and GC disrupt Tau clearance and degradation in neurons remain unclear. Here, we demonstrate that Tau undergoes degradation via endolysosomal sorting in a pathway requiring the small GTPase Rab35 and the endosomal sorting complex required for transport (ESCRT) machinery. Furthermore, we find that GC impair Tau degradation by decreasing Rab35 levels, and that AAV-mediated expression of Rab35 in the hippocampus rescues GC-induced Tau accumulation and related neurostructural deficits. These studies indicate that the Rab35/ESCRT pathway is essential for Tau clearance and part of the mechanism through which GC precipitate brain pathology.
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The role of strigolactones in resistance to environmental stress in plants

Qi Jin et al.Jul 1, 2024
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Abstract Abiotic stress impairs plant growth and development, thereby causing low yield and inferior quality of crops. Increasing studies reported that strigolactones (SL) are plant hormones that enhance plant stress resistance by regulating plant physiological processes and gene expressions. In this review, we introduce the response and regulatory role of SL in salt, drought, light, heat, cold and cadmium stresses in plants. This review also discusses how SL alleviate the damage of abiotic stress in plants, furthermore, introducing the mechanisms of SL enhancing plant stress resistance at the genetic level. Under abiotic stress, the exogenous SL analog GR24 can induce the biosynthesis of SL in plants, and endogenous SL can alleviate the damage caused by abiotic stress. SL enhanced the stress resistance of plants by protecting photosynthesis, enhancing the antioxidant capacity of plants and promoting the symbiosis between plants and arbuscular mycorrhiza (AM). SL interact with abscisic acid (ABA), salicylic acid (SA), auxin, cytokinin (CK), jasmonic acid (JA), hydrogen peroxide (H 2 O 2 ) and other signal molecules to jointly regulate plant stress resistance. Lastly, both the importance of SL and their challenges for future work are outlined in order to further elucidate the specific mechanisms underlying the roles of SL in plant responses to abiotic stress.
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Involvement of energy and cell wall metabolisms in chilling tolerance improved by hydrogen sulfide in cold-stored tomato fruits

Changxia Li et al.Jun 24, 2024
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Weighted gene co-expression network analysis and single-cell sequence analysis uncover immune landscape and reveal hub genes of necroptosis in macrophages in myocardial ischaemia–reperfusion injury

Xiaowen Ma et al.Oct 1, 2024
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Myocardial ischaemia-reperfusion injury (MIRI) caused by the treatment of acute myocardial infarction (AMI) is the primary cause of severe ventricular remodelling, heart failure (HF), and high mortality. In recent studies, research on the role of necroptosis in MIRI has focused on cardiomyocytes, but new biomarkers and immunocyte mechanisms of necroptosis are rarely studied. In the present study, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA) algorithms were used to establish a weighted gene co-expression network, and Casp1, Hpse, Myd88, Ripk1, and Tpm3 were identified as biological markers of necroptosis using least absolute shrinkage, selection operator (LASSO) regression and support vector machine (SVM) feature selection algorithms. The role and discriminatory power of these five genes in MIRI had never been studied. Single-cell and cell-talk analyses showed that hub genes of necroptosis were focused on macrophages, which mediate the functions of monocytes, fibroblasts, haematopoietic stem cells, and cardiomyocytes, primarily through the TNF/TNFRSF1A interaction. The polarisation and functional activation of macrophages were affected by the MIF signalling network (MIF CD74/CXCR4 and MIF CD74/CD44) of other cells. The results of the immune infiltration assay showed that the five genes involved in necroptosis were significantly related to the infiltration and functional activity of M2 macrophages. TWS-119 is predicted to be a molecular drug that targets key MIRI genes. A mouse model was established to confirm the expression of five hub genes, and ventricular remodelling increased with time after ischaemia-reperfusion injury (IRI). Therefore, Casp1, Hpse, Myd88, Ripk1, and Tpm3 may be key genes regulating necroptosis and polarisation in macrophages, and causing ventricular remodelling.