SS
Soham Saha
Author with expertise in Coronavirus Disease 2019 Research
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
9
(67% Open Access)
Cited by:
346
h-index:
12
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
1

Structural insight into the putative role of novel SARS CoV-2 E protein in viral infection: a potential target for LAV development and therapeutic strategies

Manish Sarkar et al.May 11, 2020
Abstract The outbreak of COVID-19 across the world has posed unprecedented and global challenges on multiple fronts. Most of the vaccine and drug development has focused on the spike proteins and viral RNA-polymerases. Using the bioinformatics and structural modeling approach, we modeled the structure of the envelope (E)-protein of novel SARS-CoV-2. The E-protein of this virus shares sequence similarity with that of SARS-CoV-1, and is highly conserved in the N-terminal regions. Incidentally, compared to spike proteins, E proteins demonstrate lower disparity and mutability among the isolated sequences. Using homology modeling, we found that the most favorable structure could function as a gated proton channel. Combining pocket estimation and docking with water, we determined that GLU 8 and ASN 15 in the N-terminal region were in close proximity to form H-bonds. Additionally, two distinct “core” structures were visible, the hydrophobic core and the central core, which may regulate the opening/closing of the channel. We propose this as a mechanism of viral proton channeling activity which may play a critical role in viral infection. In addition, it provides a structural basis and additional avenues for LAV development and generating therapeutic interventions against the virus. Significance Statement Structural modeling of the novel SARS-CoV-2 envelope protein (E-protein) demonstrating its possible proton channeling activity
1
Citation4
0
Save
14

Age-associated gut microbiota impairs hippocampus-dependent memory in a vagus-dependent manner

Damien Rei et al.Jan 30, 2021
Abstract Aging is known to be associated with hippocampus-dependent memory decline, but the underlying causes of the age-related memory impairment remain yet highly debated. Here we showed that fecal microbiota transplantation (FMT) from aged, but not young, animal donors in young mice is sufficient to trigger profound hippocampal alterations including astrogliosis, decreased adult neurogenesis, decreased novelty-induced neuronal activation and impairment in hippocampus-dependent memory. Furthermore, similar alterations were reported when mice were subjected to an FMT from aged human donors. To decipher the mechanisms involved in mediating these microbiota-induced effects on brain function, we mapped the vagus nerve (VN)-related neuronal activity patterns and report that aged-mice FM transplanted animals showed a reduction in neuronal activity in the ascending VN output brain structure, both in basal condition and following VN stimulation. Targeted pharmacogenetic manipulation of VN-ascending neurons demonstrated that the decrease in vagal activity is detrimental to hippocampal functions. In contrast, increasing vagal ascending activity alleviated the adverse effects of aged mice FMT on hippocampal functions, and had a pro-mnesic effect in aged mice. Thus, pharmacogenetic VN stimulation is a potential therapeutic strategy to lessen microbiota-dependent age-associated impairments in hippocampal functions. Graphical abstract
12

Long-range GABAergic projections contribute to cortical feedback control of sensory processing

Camille Mazo et al.Dec 20, 2020
Abstract Cortical sensory areas send excitatory projections back to earlier stage of sensory processing. Here, we uncover for the first time the existence of a corticofugal inhibitory feedback between two sensory areas, paralleling the well-documented excitatory feedback. In the olfactory system, we reveal that a subpopulation of GABAergic neurons in the anterior olfactory nucleus and anterior piriform cortex target the olfactory bulb. These long-range inhibitory inputs synapse with both local and output olfactory bulb neurons, mitral and tufted cells. Optogenetic stimulation coupled to in vivo imaging and network modeling showed that activation these inhibitory inputs drives a net subtractive inhibition of both spontaneous and odor-evoked activity in local as well as mitral and tufted cells. Further, cortical GABAergic feedback stimulation enhanced separation of population odor responses in tufted cells, but not mitral cells. Targeted pharmacogenetic silencing of cortical GABAergic axon terminals in the OB impaired discrimination of similar odor mixtures. We propose here that cortical GABAergic feedback represents a new circuit motif in sensory systems, involved in refining sensory processing and perception.
7

Interneuron activity-structural plasticity association is driven by context-dependent sensory experience

Soham Saha et al.Jan 28, 2021
Abstract Neuronal dendritic spine dynamics provide a plasticity mechanism for altering brain circuit connectivity to integrate new information for learning and memory. Previous in vivo studies in the olfactory bulb (OB) showed that regional increases in activity caused localized spine stability, at a population level, yet how activity affects spine dynamics at an individual neuron level remains unknown. In this study, we tracked in vivo the correlation between an individual neuron’s activity and its dendritic spine dynamics of OB granule cell (GC) interneurons. Odor experience caused a consistent correlation between individual GC activity and spine stability. Dissecting the components of the OB circuit showed that increased principal cell (MC) activity was sufficient to drive this correlation, whereas cell-autonomously driven GC activity had no effect. A mathematical model was able to replicate the GC activity-spine stability correlation and showed MC output having improved odor discriminability while retaining odor memory. These results reveal that GC spine plasticity provides a sufficient network mechanism to decorrelate odors and maintain a memory trace.
1

SARS- CoV-2 viroporins: A multi-omics insight from nucleotides to amino acids

Manish Sarkar et al.Sep 26, 2021
Abstract COVID-19 is caused by SARS-CoV-2 which has so far affected more than 500 million people worldwide and killed over 6 million as of 1st May, 2022. The approved emergency-use vaccines were lifesaving to such a devastating pandemic. Viroporins are important players of the life cycle of SARS-CoV-2 and are primary to its pathogenesis. We studied the two prominent viroporins of SARS-CoV-2 (i) Orf3a and (ii) Envelope (E) protein from a sequential and structural point of view. Orf3a is a cation selective viral ion channel which has been shown to disrupt the endosomal pathways. E protein is one of the most conserved proteins among the SARS-CoV proteome which affects the ERGIC related pathways. The aqueous medium through the viroporins mediates the non-selective translocation of cations, affecting ionic homeostasis in the host cellular compartments. This ionic imbalance could potentially lead to increased inflammatory response in the host cell. Our results shed light into the mechanism of viroporin action, which can be potentially leveraged for the development of antiviral therapeutics. Our results corroborate with previously published transcriptomic data from COVID-19 infected lung alveolar cells where inflammatory responses and molecular regulators directly impacted by ion channelling were upregulated.