AF
Alessandro Flammini
Author with expertise in Statistical Mechanics of Complex Networks
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
45
(96% Open Access)
Cited by:
12,703
h-index:
67
/
i10-index:
124
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Global protein function prediction from protein-protein interaction networks

Alexei Vázquez et al.May 12, 2003
Determining protein function is one of the most challenging problems of the post-genomic era. The availability of entire genome sequences and of high-throughput capabilities to determine gene coexpression patterns has shifted the research focus from the study of single proteins or small complexes to that of the entire proteome1. In this context, the search for reliable methods for assigning protein function is of primary importance. There are various approaches available for deducing the function of proteins of unknown function using information derived from sequence similarity or clustering patterns of co-regulated genes2,3, phylogenetic profiles4, protein-protein interactions (refs. 5–8 and Samanta, M.P. and Liang, S., unpublished data), and protein complexes9,10. Here we propose the assignment of proteins to functional classes on the basis of their network of physical interactions as determined by minimizing the number of protein interactions among different functional categories. Function assignment is proteome-wide and is determined by the global connectivity pattern of the protein network. The approach results in multiple functional assignments, a consequence of the existence of multiple equivalent solutions. We apply the method to analyze the yeast Saccharomyces cerevisiae protein-protein interaction network5. The robustness of the approach is tested in a system containing a high percentage of unclassified proteins and also in cases of deletion and insertion of specific protein interactions.
0
Citation698
0
Save
0

Online Human-Bot Interactions: Detection, Estimation, and Characterization

Onur Varol et al.May 3, 2017
Increasing evidence suggests that a growing amount of social media content is generated by autonomous entities known as social bots. In this work we present a framework to detect such entities on Twitter. We leverage more than a thousand features extracted from public data and meta-data about users: friends, tweet content and sentiment, network patterns, and activity time series. We benchmark the classification framework by using a publicly available dataset of Twitter bots. This training data is enriched by a manually annotated collection of active Twitter users that include both humans and bots of varying sophistication. Our models yield high accuracy and agreement with each other and can detect bots of different nature. Our estimates suggest that between 9% and 15% of active Twitter accounts are bots. Characterizing ties among accounts, we observe that simple bots tend to interact with bots that exhibit more human-like behaviors. Analysis of content flows reveals retweet and mention strategies adopted by bots to interact with different target groups. Using clustering analysis, we characterize several subclasses of accounts, including spammers, self promoters, and accounts that post content from connected applications.
0

The Contribution of Agriculture, Forestry and other Land Use activities to Global Warming, 1990–2012

Francesco Tubiello et al.Jan 10, 2015
Abstract We refine the information available through the IPCC AR 5 with regard to recent trends in global GHG emissions from agriculture, forestry and other land uses ( AFOLU ), including global emission updates to 2012. Using all three available AFOLU datasets employed for analysis in the IPCC AR 5, rather than just one as done in the IPCC AR 5 WGIII Summary for Policy Makers, our analyses point to a down‐revision of global AFOLU shares of total anthropogenic emissions, while providing important additional information on subsectoral trends. Our findings confirm that the share of AFOLU emissions to the anthropogenic total declined over time. They indicate a decadal average of 28.7 ± 1.5% in the 1990s and 23.6 ± 2.1% in the 2000s and an annual value of 21.2 ± 1.5% in 2010. The IPCC AR 5 had indicated a 24% share in 2010. In contrast to previous decades, when emissions from land use (land use, land use change and forestry, including deforestation) were significantly larger than those from agriculture (crop and livestock production), in 2010 agriculture was the larger component, contributing 11.2 ± 0.4% of total GHG emissions, compared to 10.0 ± 1.2% of the land use sector. Deforestation was responsible for only 8% of total anthropogenic emissions in 2010, compared to 12% in the 1990s. Since 2010, the last year assessed by the IPCC AR 5, new FAO estimates indicate that land use emissions have remained stable, at about 4.8 Gt CO 2 eq yr −1 in 2012. Emissions minus removals have also remained stable, at 3.2 Gt CO 2 eq yr −1 in 2012. By contrast, agriculture emissions have continued to grow, at roughly 1% annually, and remained larger than the land use sector, reaching 5.4 Gt CO 2 eq yr −1 in 2012. These results are useful to further inform the current climate policy debate on land use, suggesting that more efforts and resources should be directed to further explore options for mitigation in agriculture, much in line with the large efforts devoted to REDD+ in the past decade.
0
Paper
Citation576
0
Save
0

Predicting the Political Alignment of Twitter Users

Michael Conover et al.Oct 1, 2011
The widespread adoption of social media for political communication creates unprecedented opportunities to monitor the opinions of large numbers of politically active individuals in real time. However, without a way to distinguish between users of opposing political alignments, conflicting signals at the individual level may, in the aggregate, obscure partisan differences in opinion that are important to political strategy. In this article we describe several methods for predicting the political alignment of Twitter users based on the content and structure of their political communication in the run-up to the 2010 U.S. midterm elections. Using a data set of 1,000 manually-annotated individuals, we find that a support vector machine (SVM) trained on hash tag metadata outperforms an SVM trained on the full text of users' tweets, yielding predictions of political affiliations with 91% accuracy. Applying latent semantic analysis to the content of users' tweets we identify hidden structure in the data strongly associated with political affiliation, but do not find that topic detection improves prediction performance. All of these content-based methods are outperformed by a classifier based on the segregated community structure of political information diffusion networks (95% accuracy). We conclude with a practical application of this machinery to web-based political advertising, and outline several approaches to public opinion monitoring based on the techniques developed herein.
Load More