Research over the last few years has revealed significant haplotype structure in the human genome. The characterization of these patterns, particularly in the context of medical genetic association studies, is becoming a routine research activity. Haploview is a software package that provides computation of linkage disequilibrium statistics and population haplotype patterns from primary genotype data in a visually appealing and interactive interface.http://www.broad.mit.edu/mpg/haploview/jcbarret@broad.mit.edu

A genome-wide association study using the International Schizophrenia Consortium (ISC) data set revealed that common genetic variation underlies risk of schizophrenia. The study identified common variants within the major histocompatibility complex (MHC) locus and provided molecular genetic evidence for a substantial polygenic component to risk of schizophrenia that involved thousands of common alleles of very small effect. These alleles of small effect also contribute to risk of bipolar disorder (BPD). In the second of three papers on the genetics of schizophrenia, a large genome-wide association study looking at common genetic variants underlying the risk of schizophrenia implicates the major histocompatibility complex — and thus, immunity — and provides molecular genetic evidence for a substantial polygenic component to the risk of schizophrenia. The latter involves thousands of common alleles of very small effect that also contribute to the risk of bipolar disorder. Schizophrenia is a severe mental disorder with a lifetime risk of about 1%, characterized by hallucinations, delusions and cognitive deficits, with heritability estimated at up to 80%1,2. We performed a genome-wide association study of 3,322 European individuals with schizophrenia and 3,587 controls. Here we show, using two analytic approaches, the extent to which common genetic variation underlies the risk of schizophrenia. First, we implicate the major histocompatibility complex. Second, we provide molecular genetic evidence for a substantial polygenic component to the risk of schizophrenia involving thousands of common alleles of very small effect. We show that this component also contributes to the risk of bipolar disorder, but not to several non-psychiatric diseases.

The genetics of schizophrenia and other mental disorders are complex and poorly understood, and made even harder to study because reduced reproduction rates result in negative selection pressure on risk alleles. To date, some copy number variations have been linked to schizophrenia but the studies have been relatively small. Now two independent large-scale genome-wide studies of thousands of patients and controls by two international consortia confirm a previously identified locus but also reveal novel associations. In the first study, a collaboration between SGENE and partners, de novo (spontaneous) copy number variants are reported on chromosomes 1 and 15. In the second study, by the International Schizophrenia Consortium, deletions were also reported on these chromosomes, as was greater overall frequency of copy number variation in the genome. The genetics of schizophrenia and other mental disorders are complex and poorly understood, and made even harder to study due to reduced reproduction resulting in negative selection pressure on risk alleles. Two independent large-scale genome wide studies of thousands of patients and controls by two international consortia confirm a previously identified locus, but also reveal novel associations. In this study, deletions were reported on chromosomes 1 and 15, as well as a greater overall frequency of copy number variation in the genome. Schizophrenia is a severe mental disorder marked by hallucinations, delusions, cognitive deficits and apathy, with a heritability estimated at 73–90% (ref. 1). Inheritance patterns are complex, and the number and type of genetic variants involved are not understood. Copy number variants (CNVs) have been identified in individual patients with schizophrenia2,3,4,5,6,7 and also in neurodevelopmental disorders8,9,10,11, but large-scale genome-wide surveys have not been performed. Here we report a genome-wide survey of rare CNVs in 3,391 patients with schizophrenia and 3,181 ancestrally matched controls, using high-density microarrays. For CNVs that were observed in less than 1% of the sample and were more than 100 kilobases in length, the total burden is increased 1.15-fold in patients with schizophrenia in comparison with controls. This effect was more pronounced for rarer, single-occurrence CNVs and for those that involved genes as opposed to those that did not. As expected, deletions were found within the region critical for velo-cardio-facial syndrome, which includes psychotic symptoms in 30% of patients12. Associations with schizophrenia were also found for large deletions on chromosome 15q13.3 and 1q21.1. These associations have not previously been reported, and they remained significant after genome-wide correction. Our results provide strong support for a model of schizophrenia pathogenesis that includes the effects of multiple rare structural variants, both genome-wide and at specific loci.

The Myocardial Infarction Genetics Consortium reports results of a genome-wide association study of early-onset myocardial infarction. The study analyzed common SNPs, common CNVs and rare CNVs and identified SNP alleles at three new loci associated with disease risk. We conducted a genome-wide association study testing single nucleotide polymorphisms (SNPs) and copy number variants (CNVs) for association with early-onset myocardial infarction in 2,967 cases and 3,075 controls. We carried out replication in an independent sample with an effective sample size of up to 19,492. SNPs at nine loci reached genome-wide significance: three are newly identified (21q22 near MRPS6-SLC5A3-KCNE2, 6p24 in PHACTR1 and 2q33 in WDR12) and six replicated prior observations1,2,3,4 (9p21, 1p13 near CELSR2-PSRC1-SORT1, 10q11 near CXCL12, 1q41 in MIA3, 19p13 near LDLR and 1p32 near PCSK9). We tested 554 common copy number polymorphisms (>1% allele frequency) and none met the pre-specified threshold for replication (P < 10−3). We identified 8,065 rare CNVs but did not detect a greater CNV burden in cases compared to controls, in genes compared to the genome as a whole, or at any individual locus. SNPs at nine loci were reproducibly associated with myocardial infarction, but tests of common and rare CNVs failed to identify additional associations with myocardial infarction risk.

The proteins encoded by the classical HLA class I and class II genes in the major histocompatibility complex (MHC) are highly polymorphic and are essential in self versus non-self immune recognition. HLA variation is a crucial determinant of transplant rejection and susceptibility to a large number of infectious and autoimmune diseases. Yet identification of causal variants is problematic owing to linkage disequilibrium that extends across multiple HLA and non-HLA genes in the MHC. We therefore set out to characterize the linkage disequilibrium patterns between the highly polymorphic HLA genes and background variation by typing the classical HLA genes and >7,500 common SNPs and deletion-insertion polymorphisms across four population samples. The analysis provides informative tag SNPs that capture much of the common variation in the MHC region and that could be used in disease association studies, and it provides new insight into the evolutionary dynamics and ancestral origins of the HLA loci and their haplotypes.

Stephen Rich and colleagues report the discovery and fine mapping of type 1 diabetes susceptibility loci using the Immunochip. They also perform comparative analyses with 15 other immune disorders and find evidence of colocalization of causal variants with lymphoid gene enhancers. Genetic studies of type 1 diabetes (T1D) have identified 50 susceptibility regions1,2, finding major pathways contributing to risk3, with some loci shared across immune disorders4,5,6. To make genetic comparisons across autoimmune disorders as informative as possible, a dense genotyping array, the Immunochip, was developed, from which we identified four new T1D-associated regions (P < 5 × 10−8). A comparative analysis with 15 immune diseases showed that T1D is more similar genetically to other autoantibody-positive diseases, significantly most similar to juvenile idiopathic arthritis and significantly least similar to ulcerative colitis, and provided support for three additional new T1D risk loci. Using a Bayesian approach, we defined credible sets for the T1D-associated SNPs. The associated SNPs localized to enhancer sequences active in thymus, T and B cells, and CD34+ stem cells. Enhancer-promoter interactions can now be analyzed in these cell types to identify which particular genes and regulatory sequences are causal.

Existing scales to measure trust in physicians have differing content and limited testing. To improve on these measures, a large item pool (n = 78) was generated following a detailed conceptual model and expert review. After pilot testing, the best-performing items were validated with a random national sample (n = 9) and a regional sample of HMO members (n = 99). Various psychometric tests produced a 10-item unidimensional scale consistent with most aspects of the conceptual model.Compared with previous scales, the Wake Forest physician trust scale has a somewhat improved combination of internal consistency, variability, and discriminability. The scale is more strongly correlated with satisfaction, desire to remain with a physician, willingness to recommend to friends, and not seeking second opinions; it is less correlated with insurer trust, membership in managed care, and choice of physician; and correlations are equivalent with lack of disputes, length of relationship, and number of visits.

Objective. To develop and test a multi‐item measure for general trust in physicians, in contrast with trust in a specific physician. Data Sources. Random national telephone survey of 502 adult subjects with a regular physician and source of payment. Study Design. Based on a multidimensional conceptual model, a large pool of candidate items was generated, tested, and revised using focus groups, expert reviewers, and pilot testing. The scale was analyzed for its factor structure, internal consistency, construct validity, and other psychometric properties. Principal Findings. The resulting 11‐item scale measuring trust in physicians generally is consistent with most aspects of the conceptual model except that it does not include the dimension of confidentiality. This scale has a single‐factor structure, good internal consistency (alpha=.89), and good response variability (range=11–54; mean=33.5; SD=6.9). This scale is related to satisfaction with care, trust in one's physician, following doctors' recommendations, having no prior disputes with physicians, not having sought second opinions, and not having changed doctors. No association was found with race/ethnicity. While general trust and interpersonal trust are qualitatively similar, they are only moderately correlated with each other and general trust is substantially lower. Conclusions. Emerging research on patients' trust has focused on interpersonal trust in a specific, known physician. Trust in physicians in general is also important and differs significantly from interpersonal physician trust. General physician trust potentially has a strong influence on important behaviors and attitudes, and on the formation of interpersonal physician trust.

We sought to understand how local immigration enforcement policies affect the utilization of health services among immigrant Hispanics/Latinos in North Carolina.In 2012, we analyzed vital records data to determine whether local implementation of section 287(g) of the Immigration and Nationality Act and the Secure Communities program, which authorizes local law enforcement agencies to enforce federal immigration laws, affected the prenatal care utilization of Hispanics/Latinas. We also conducted 6 focus groups and 17 interviews with Hispanic/Latino persons across North Carolina to explore the impact of immigration policies on their utilization of health services.We found no significant differences in utilization of prenatal care before and after implementation of section 287(g), but we did find that, in individual-level analysis, Hispanic/Latina mothers sought prenatal care later and had inadequate care when compared with non-Hispanic/Latina mothers. Participants reported profound mistrust of health services, avoiding health services, and sacrificing their health and the health of their family members.Fear of immigration enforcement policies is generalized across counties. Interventions are needed to increase immigrant Hispanics/Latinos' understanding of their rights and eligibility to utilize health services. Policy-level initiatives are also needed (e.g., driver's licenses) to help undocumented persons access and utilize these services.

Objectives. To provide a legal epidemiology review of state-level policies that regulate the direct delivery of recreational and medical cannabis in the United States. Methods. We conducted a comprehensive review to identify all relevant policies as of July 1, 2024. Specifically, we developed a coding scheme to capture laws governing (1) direct delivery of recreational cannabis, (2) licensing for direct delivery of recreational cannabis, (3) direct delivery of medical cannabis to qualifying patients, and (4) medical cannabis delivery solely from caregivers to qualified patients. Results. Fourteen states authorized the direct delivery of recreational cannabis to adults. Twenty-six states and the District of Columbia permitted the direct delivery of medical cannabis to qualifying patients. Twelve states allowed the delivery of medical cannabis to patients exclusively through caregivers. There were numerous variations in the licensing and authorization of recreational and medical cannabis delivery. Conclusions. States varied in how the delivery of cannabis was regulated. Public Health Implications. A comprehensive review of state-level policies on cannabis delivery highlights the diverse approaches and their implications for recreational and medical cannabis access. ( Am J Public Health. Published online ahead of print November 14, 2024:e1–e13. https://doi.org/10.2105/AJPH.2024.307874 )