Significance Medical castration or interference with androgen receptor (AR) function is the principal treatment for advanced prostate cancer. However, progression is universal, and therapies following the emergence of castration resistance do not offer durable control of the disease. Lysine-specific demethylase 1 (LSD1) is an important regulator of gene expression, including in cancer. Here, we show that LSD1 is highly expressed in tumors of patients with lethal castration-resistant prostate cancer (CRPC) and that LSD1 promotes AR-independent survival in CRPC cells in a noncanonical, demethylase-independent manner. We determined that the drug SP-2509 acts as an allosteric inhibitor of LSD1–blocking demethylase-independent functions. Our demonstration of tumor suppression with this inhibitor in CRPC preclinical models provides the rationale for clinical trials with LSD1 inhibitors.

A high-quality Sb₂S₃ thin-absorber with controllable thickness was reproducibly formed by atomic layer deposition (ALD) technique.

Abstract Nucleotide conversion sequencing technologies such as bisulfite-seq and SLAM-seq are powerful tools to explore the intricacies of cellular processes. In this paper, we describe HISAT-3N (hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts - 3 nucleotides), which rapidly and accurately aligns sequences consisting of nucleotide conversions by leveraging powerful hierarchical index and repeat index algorithms originally developed for the HISAT software. Tests on real and simulated data sets demonstrate that HISAT-3N is over 7 times faster, has greater alignment accuracy, and has smaller memory requirements than other modern systems. Taken together HISAT-3N is the ideal aligner for use with converted sequence technologies.

Abstract With the vast improvements in sequencing technologies and increased number of protocols, sequencing is finding more applications to answer complex biological problems. Thus, the amount of publicly available sequencing data has tremendously increased in repositories such as SRA, EGA, and ENCODE. With any large online database, there is a critical need to accurately document study metadata, such as the source protocol and organism. In some cases, this metadata may not be systematically verified by the hosting sites and may result in a negative influence on future studies. Here we present SeqWho, a program designed to heuristically assess the quality of sequencing files and reliably classify the organism and protocol type. This is done in an alignment-free algorithm that leverages a Random Forest classifier to learn from native biases in k -mer frequencies and repeat sequence identities between different sequencing technologies and species. Here, we show that our method can accurately and rapidly distinguish between human and mouse, nine different sequencing technologies, and both together, 98.32%, 97.86%, and 96.38% of the time in high confidence calls respectively. This demonstrates that SeqWho is a powerful method for reliably checking the identity of the sequencing files used in any pipeline and illustrates the program’s ability to leverage k -mer biases.

The methylation of histone H3 lysine 79 (H3K79) is an active chromatin marker and is prominant in actively transcribed regions of the genome. However, demethylase of H3K79 remains unknown despite intensive research. Here, we show that KDM2B (also known as FBXL10), a member of the Jumonji C family of proteins and known for its histone H3K36 demethylase activity, is a di- and tri-methyl H3K79 demethylase. We demonstrate that KDM2B induces transcriptional repression of HOXA7 and MEIS1 via occupancy of promoters and demethylation of H3K79. Furthermore, genome-wide analysis suggests that H3K79 methylation levels increase when KDM2B is depleted, indicating that KDM2B functions as an H3K79 demethylase in vivo. Finally, stable KDM2B-knockdown cell lines exhibit displacement of NAD+-dependent deacetylase SIRT1 from chromatin, with concomitant increases in H3K79 methylation and H4K16 acetylation. Our findings identify KDM2B as an H3K79 demethylase and link its function to transcriptional repression via SIRT1-mediated chromatin silencing.

Chemically synthesized colloidal metal halide perovskite (MHP) nanocrystals (NCs) have high luminous efficiency, but they have long-chain organic ligands bound perpendicularly to the surface, which impede charge injection and transport, thereby causing charge accumulation and consequent degradation. This work presents an in situ crystallization strategy for polycrystalline MHP light emitters by altering the surface chemistry of MHPs, followed by lateral surface capping with a linear ionic homopolymer. This strategy directs in situ crystal growth termination to achieve nanocuboid grains that have well-terminated surfaces, resulting in enhanced photophysical properties and electrical homogeneity. Consequently, light-emitting diodes with the surface-tailored light emitters exhibit high luminance (>150 000 cd m–2), high efficiency at elevated luminance (>102.1 cd A–1 at 100 000 cd m–2), low efficiency roll-off (0.58% reduction to emit 100 000 cd m–2), and long-term stability (T95 ≈ 243 h), simultaneously. This in situ crystallization combines the advantages of colloidal NCs and polycrystalline thin films while eliminating critical drawbacks of each approach.

Clathrin-mediated endocytosis (CME), the major cellular entry pathway, starts when clathrin assembles on the plasma membrane into clathrin-coated pits (CCPs). Two populations of CCPs are detected within the same cell: 'productive' CCPs that invaginate and pinch off, forming clathrin-coated vesicles (CCVs) [1, 2], and 'abortive' CCPs [3, 4, 5] that prematurely disassemble. The mechanisms of gating between these two populations and their relations to the functions of dozens of early-acting endocytic accessory proteins (EAPs) [5, 6, 7, 8, 9] have remained elusive. Here, we use experimentally-guided modeling to integrate the clathrin machinery and membrane mechanics in a single dynamical system. We show that the split between the two populations is an emergent property of this system, in which a switch between an Open state and a Closed state follows from the competition between the chemical energy of the clathrin basket and the mechanical energy of membrane bending. In silico experiments revealed an abrupt transition between the two states that acutely depends on the strength of the clathrin basket. This critical strength is lowered by membrane-bending EAPs [10, 11, 12]. Thus, CME is poised to be shifted between abortive and productive events by small changes in membrane curvature and/or coat stability. This model clarifies the workings of a putative endocytic checkpoint whose existence was previously proposed based on statistical analyses of the lifetime distributions of CCPs [4, 13]. Overall, a mechanistic framework is established to elucidate the diverse and redundant functions of EAPs in regulating CME progression.

유통 판매되고 있는 비건 인증 식품 및 식물성 대체육 사용 식품에 대한 동물성 원재료 혼입 판별을 위해, 식물성 식품 57건을 real-time PCR 분석법을 이용하여 동물 종 특이유전자를 분석하였다. 그 결과 2건에서 동물 종 특이유전자가 0.1% 이상 검출되었으며, 6건은 0.1% 이하 검출, 49건은 불검출이었다. 0.1% 이상 검출된 2건의 제품은 식품에 동물성분이 표시되어 있었으며, 동물 종 판별 결과와 제품 표시가 일치하였다. 검출된 동물종 특이 유전자의 정량 결과와 식품 표시사항을 고려할 때 미량 검출(0.1%)된 식품 6건은 비의도적 혼입으로 추정된다. 따라서 유통 비건 식품에서 동물성 원재료를 의도적으로 혼입한 사례는 없는 것으로 나타났으며, 비의도적 혼입이 추정되는 6건의 시료는 조리과정 혹은 제조공정 중에서 교차오염이 일어난 것으로 의심된다. 따라서 교차오염의 위험이 높은 제조 공정은 장소를 물리적으로 분리하는 등 관리 기준을 설정하고 지속적으로 점검, 관리할 필요가 있다.BR 본 연구에서는 국내 유통되는 식물성 기반 식품에 대하여 동물성 원재료의 혼입 실태를 조사하였을 뿐만 아니라 real-time PCR 이용한 동물성 원재료 혼입 판별법이 원재료의 의도적 혼입 혹은 비의도적 혼입 판별에 유용함을 확인하였다.