Diabetic nephropathy (DN) is a common and serious complication of diabetes, contributing significantly to patient mortality. Complication of DN (CDN) ranks as the second leading cause of end-stage renal disease globally. To address this, understanding the genetic regulation underlying DN is crucial for personalized treatment strategies. In this study, we identified genes and lncRNAs associated with diabetes and diabetic nephropathy constructing a DN-related lncRNA–mRNA network (DNLMN). This network, characterized by scale-free biomolecular properties, generated through the study of topological properties, elucidates key regulatory interactions. Enrichment analysis of important network modules revealed critical biological processes and pathways involved in DN pathogenesis. In the second step, we investigated the differential expression and co-expression of hub nodes in diseased and normal individuals, identifying lncRNA-mRNA relationships implicated in disease regulation. Finally, we gathered DN-related single nucleotide polymorphisms (SNPs) and lncRNAs from the LincSNP 3.0 database. The DNLMN encompasses SNP-associated lncRNAs, and transcription factors (TFs) linked to differentially expressed lncRNAs between diseased and normal samples. These results underscore the significance of biomolecular networks in disease progression and highlighting the role of biomolecular variability contributes to personalized disease phenotyping and treatment.

Background 

 m⁶A RNA methylation modification is closely associated with tumor progression, but the key m⁶A regulatory network and molecular mechanisms leading to hepatocellular carcinoma (HCC) metastasis remain unclear. This study investigates the role of RBMX, a novel m6A reader, in HCC metastasis. 

Methods

 HCC tissues and adjacent normal liver tissues were used to study the correlation between RBMX expression level and tumor metastasis. The role of RBMX in HCC metastasis was studied using HCC cell lines. Multi-omics sequencing including meRIP-seq, RIP-seq and RNA-seq were employed to unravel the molecular mechanisms of RBMX. The activity of RhoA was assessed by a Rho activation assay. Liquid-liquid phase separation (LLPS) was investigated through confocal immunofluorescence. 

Results

 We discovered that RBMX was abnormally overexpressed in HCC tissues and correlated with vascular invasion and poor prognosis (IDDF2024-ABS-0240 Figure 1. The expression level of RBMX is correlated with the advanced clinical stage, metastasis and poor prognosis of HCC). Functional assays indicated that RBMX enhanced the migration and invasion of HCC cells (IDDF2024-ABS-0240 Figure 2. RBMX promotes HCC cell migration and invasion). Integrative analysis including meRIP-seq, RIP-seq and RNA-seq revealed that RBMX facilitates HCC metastasis by regulating small GTPase-mediated signal transduction (IDDF2024-ABS-0240 Figure 3. Multiomic analyses identify ARHGAP5 as the key target of RBMX). Specifically, RBMX could upregulate ARHGAP5 mRNA stability by directly recognizing the ARHGAP5 m⁶A modification. Both RBMX and ARHGAP5 knockdown increased RhoA-GTP levels, with subsequent functional assays verifying the role of ARHGAP5 in RBMX-driven metastasis (IDDF2024-ABS-0240 Figure 3. Multiomic analyses identify ARHGAP5 as the key target of RBMX, IDDF2024-ABS-0240 Figure 4. ARHGAP5 contributes to RBMX-driven metastasis). Furthermore, we found that RBMX binds to m⁶A-RNA and forms phase-separated nuclear condensates, which might protect ARHGAP5 mRNA from degradation (IDDF2024-ABS-0240 Figure 5. RBMX proteins undergo LLPS with m6A-modified ARHGAP5 mRNA). Finally, lactate accumulated in the tumor microenvironment was found to potently induce RBMX upregulation in HCC cells via H3K18 lactylation (IDDF2024-ABS-0240 Figure 6. H3K18 lactylation upregulates RBMX expression in HCC cells). 

Conclusions

 Our data demonstrated that RBMX promotes HCC metastasis by binding and stabilizing m⁶A-modified ARHGAP5 through LLPS. Targeting the RBMX-ARHGAP5 interaction presents a promising therapeutic strategy for the treatment of HCC metastasis.

Abstract Background Advanced maternal aging has become a worldwide public health issue that contributes to female fertility decline and significant risk to embryo development. Despite transcriptional and epigenetic alterations reported in oocyte maturation and development, the dynamics of gene expression and DNA dynamics associated with aging remain elusive. Here we generated simultaneous transcriptome and methylome profiles of mouse oocytes during aging and maturation at single-cell and single-base resolution to examine key biological processes and identify the key targets for novel treatment options. Results We report the dynamics in transcriptome and DNA methylome in mouse oocytes during maternal aging and oocyte maturation. Age-associated gene expression changes showed mitochondrial dysfunction in GV oocytes and defects of chromosome segregation and spindle assembly in MII oocytes. EIF2 signaling protein synthesis pathway was also impaired during aged oocyte maturation. Moreover, distinctive DNA methylation patterns were demonstrated during maternal aging in GV and MII oocytes. A positive correlation between gene expression and methylation in gene body was characterized. Furthermore, we identified several promising biomarkers, including IL-7, to assess oocyte quality, which are potential therapeutic targets for improve oocyte maturation. More importantly, we built the first mouse oocyte maturation and age prediction model using transcriptome data and validated its feasibility in published data. Conclusions This work provides a better understanding of molecular and cellular mechanisms during mouse oocyte aging, points a new direction of oocyte quality assessment, and paves the way for developing novel treatments to improve oocyte maturation and quality in the future.

Objective There is a body of evidence that the aging immune system is linked to cancer. Here, we hypothesized that ubiquitination might play a key gatekeeper role in immune system aging and tumorigenesis in CRC. Therefore, we will systematically study the DNA methylation of ubiquitination genes and screen candidate CRC marker that are correlated with both aging and immune cell compositions.Design Through aging- and immune-related DNA methylation data, we investigated the DNA methylation regulation changes in promoters with other regions of genes during aging and their association with the immune cell proportion in the circulating whole blood of healthy individuals. Then, by collecting a cohort of 100 colon cancer patients and 50 healthy individuals, we used nucleic acid mass spectrometry to test whether ubiquitination genes can be used as candidate markers for the early screening of CRC.Results The biological analyses for aging- and CD4 T cell proportion-derived differential genes showed that they are associated with ubiquitination. Among them, DZIP3 was significantly associated with both aging (P-value = 3.86E-06) and CD4 T cell proportion (P-value = 1.97E-05) in circulating blood. Then, we validated that the 1st exon DNA methylation of DZIP3 could predict the onset of early stage CRC (AUC = 0.833, OR = 8.82) and all pTNM stages of CRC (AUC = 0.782, OR = 5.70).Conclusions The epigenetically regulated ubiquitination plays an important role in immune aging and tumorigenesis. DNA methylation characteristic of DZIP3 can be used as a promising marker of CRC early screening.What is already known about this subject? 1. The aging immune system is associated with cancer.2. Ubiquitination plays potent roles in regulating a variety of signals in both innate and adaptive immune cells.3. The abnormalities of ubiquitination are closely related to the occurrence of various tumors.4. Blood cell DNA methylome analysis provides a promising tool to probe the key components of immune cell dysregulation in aging and tumorigenesis.What are the new findings? 1. The aging- and immune cell proportion-derived differential genes are associated with ubiquitination.2. The epigenetically regulated ubiquitination plays an important role in immune aging and tumorigenesis.3. DNA methylation characteristic of DZIP3, an E3 ubiquitin ligase with no reports on its function in immune cells and tumorigenesis, can be used as a promising markers of CRC early screening.How might it impact on clinical practice in the foreseeable future? 1. The in-depth study for DNA methylome of ubiquitination will open up a new path for the study of CRC pathogenesis, diagnosis and treatment.2. In addition, DZIP3-focused screening technique only needs to extract the whole blood of individuals for MassARRAY analysis; the samples are easy to obtain, and the results are objective. Therefore, this method may have important applications in clinical CRC screening.

Background Liver cancer's severity has prompted interest in herbal remedies for hepatotoxicity and the disease. Acacia nilotica (Vachellia nilotica), valued for its traditional medicinal properties, particularly in its aerial components, is being investigated for its hepatoprotective and anti-cancer effects. However, research on A. nilotica bark extracts and their mechanisms of action is limited. Materials and Methods The study aimed to determine the Total Phenolic Content (TPC), Total Flavonoid Content (TFC), and antioxidant properties of A. nilotica bark extract using biochemical assays. Additionally, it examined the protective effects of A. nilotica bark extract on normal Liver Cells (LO2) and its toxicity against liver cancer cells (HepG2) using cell culture techniques. Results The extract showed significant antioxidant properties (EC50-16.34), with a total phenolic content of 159.98±9.91 mg GAE/DW and a flavonoid content of 16.93 mg QE/g dry weight. It exhibited moderate toxicity towards HepG2 cells at concentrations >100 μg/mL but was non-toxic to LO2 cells. Moreover, it prevented oxidative damage in LO2 cells induced by H2O2. Conclusion These findings highlight the therapeutic potential of A. nilotica bark extract in liver cancer and hepatotoxicity treatment, warranting further clinical investigation.