Chen WangVerified
Verified Account
Verified
Electrical Engineering PhD '11, Virginia Polytechnic Institute and State University
Member for 4 years
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Peer Reviewer
Key Stats
Upvotes received:
8
Publications:
93
(88% Open Access)
Cited by:
10,469
h-index:
47
/
i10-index:
183
Reputation
Reproductive Medicine
76%
Cancer Research
76%
Molecular Biology
76%
Show more
How is this calculated?
Publications
17

Reprogramming to recover youthful epigenetic information and restore vision

Yuancheng Lu et al.Dec 2, 2020
Ageing is a degenerative process that leads to tissue dysfunction and death. A proposed cause of ageing is the accumulation of epigenetic noise that disrupts gene expression patterns, leading to decreases in tissue function and regenerative capacity1–3. Changes to DNA methylation patterns over time form the basis of ageing clocks4, but whether older individuals retain the information needed to restore these patterns—and, if so, whether this could improve tissue function—is not known. Over time, the central nervous system (CNS) loses function and regenerative capacity5–7. Using the eye as a model CNS tissue, here we show that ectopic expression of Oct4 (also known as Pou5f1), Sox2 and Klf4 genes (OSK) in mouse retinal ganglion cells restores youthful DNA methylation patterns and transcriptomes, promotes axon regeneration after injury, and reverses vision loss in a mouse model of glaucoma and in aged mice. The beneficial effects of OSK-induced reprogramming in axon regeneration and vision require the DNA demethylases TET1 and TET2. These data indicate that mammalian tissues retain a record of youthful epigenetic information—encoded in part by DNA methylation—that can be accessed to improve tissue function and promote regeneration in vivo. Expression of three Yamanaka transcription factors in mouse retinal ganglion cells restores youthful DNA methylation patterns, promotes axon regeneration after injury, and reverses vision loss in a mouse model of glaucoma and in aged mice, suggesting that mammalian tissues retain a record of youthful epigenetic information that can be accessed to improve tissue function.
17
Citation541
1
Save
3

Prognostic and Therapeutic Relevance of Molecular Subtypes in High-Grade Serous Ovarian Cancer

Gottfried Konecny et al.Sep 30, 2014
Molecular classification of high-grade serous ovarian cancer (HGSOC) using transcriptional profiling has proven to be complex and difficult to validate across studies. We determined gene expression profiles of 174 well-annotated HGSOCs and demonstrate prognostic significance of the prespecified TCGA Network gene signatures. Furthermore, we confirm the presence of four HGSOC transcriptional subtypes using a de novo classification. Survival differed statistically significantly between de novo subtypes (log rank, P = .006) and was the best for the immunoreactive-like subtype, but statistically significantly worse for the proliferative- or mesenchymal-like subtypes (adjusted hazard ratio = 1.89, 95% confidence interval = 1.18 to 3.02, P = .008, and adjusted hazard ratio = 2.45, 95% confidence interval = 1.43 to 4.18, P = .001, respectively). More prognostic information was provided by the de novo than the TCGA classification (Likelihood Ratio tests, P = .003 and P = .04, respectively). All statistical tests were two-sided. These findings were replicated in an external data set of 185 HGSOCs and confirm the presence of four prognostically relevant molecular subtypes that have the potential to guide therapy decisions.
3
Citation355
0
Save
0

Transcription factor AtMYB103 is required for anther development by regulating tapetum development, callose dissolution and exine formation in Arabidopsis

Zai‐Bao Zhang et al.Aug 28, 2007
Summary Downregulation of the transcription factor AtMYB103 using transgenic technology results in early tapetal degeneration and pollen aberration during anther development in Arabidopsis thaliana . This paper describes the functional analysis of the AtMYB103 gene in three knock‐out mutants. Two male sterile mutants, ms188‐1 and ms188‐2 , were generated by ethyl‐methane sulfonate (EMS) mutagenesis. A map‐based cloning approach was used, and ms188 was mapped to a 95.8‐kb region on chromosome 5 containing an AtMYB103 transcription factor. Sequence analysis revealed that ms188‐1 had a pre‐mature stop codon in the AtMYB103 coding region, whereas ms188‐2 had a CCT→CTT base‐pair change in the first exon of AtMYB103 , which resulted in the replacement of a proline by a leucine residue in the R2R3 domain. The third mutant, an AtMYB103 transposon‐tagging line, also showed a male sterile phenotype. Allelism tests indicated that MS188 and AtMYB103 belong to the same locus. Cytological observation revealed defective tapetum development and altered callose dissolution in ms188 plants. Additionally, most of the microspores in mature anthers were degraded and surviving microspores lacked exine. AtMYB103 encoded an R2R3 MYB protein that is predominantly located in the nucleus. Real‐time RT‐PCR analysis indicated that the callase‐related gene A6 was regulated by AtMYB103 . Expression of the exine formation gene MS2 was not detected in mutant anthers. These results implicate that AtMYB103 plays an important role in tapetum development, callose dissolution and exine formation in A. thaliana anthers .
0
Citation340
0
Save
Load More