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Minghui Jiang
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Novel Hippocampal Interneuronal Subtypes Identified Using Transgenic Mice That Express Green Fluorescent Protein in GABAergic Interneurons

Anthony Oliva et al.May 1, 2000
The chief inhibitory neurons of the mammalian brain, GABAergic neurons, are comprised of a myriad of diverse neuronal subtypes. To facilitate the study of these neurons, transgenic mice were generated that express enhanced green fluorescent protein (EGFP) in subpopulations of GABAergic neurons. In one of the resulting transgenic lines, called GIN ( G FP-expressing I nhibitory N eurons), EGFP was found to be expressed in a subpopulation of somatostatin-containing GABAergic interneurons in the hippocampus and neocortex. In both live and fixed brain preparations from these mice, detailed microanatomical features of EGFP-expressing interneurons were readily observed. In stratum oriens of the hippocampus, EGFP-expressing interneurons were comprised almost exclusively of oriens/alveus interneurons with lacunosum-moleculare axon arborization (O-LM cells). In the neocortex, the somata of EGFP-expressing interneurons were largely restricted to layers II-IV and upper layer V. In hippocampal area CA1, two previously uncharacterized subtypes of interneurons were identified using the GIN mice: stratum pyramidale interneurons with lacunosum-moleculare axon arborization (P-LM cells) and stratum radiatum interneurons with lacunosum-moleculare axon arborization (R-LM cells). These newly identified interneuronal subtypes appeared to be closely related to O-LM cell, as they selectively innervate stratum lacunosum-moleculare. Whole-cell patch-clamp recordings revealed that these cells were fast-spiking and showed virtually no spike frequency accommodation. The microanatomical features of these cells suggest that they function primarily as “input-biasing” neurons, in that synaptic volleys in stratum radiatum would lead to their activation, which in turn would result in selective suppression of excitatory input from the entorhinal cortex onto CA1 pyramidal cells.
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MethylGenotyper: Accurate Estimation of SNP Genotypes and Genetic Relatedness from DNA Methylation Data

Yi Jiang et al.Jun 1, 2024
Abstract Epigenome-wide association studies (EWAS) are susceptible to widespread confounding caused by population structure and genetic relatedness. Nevertheless, kinship estimation is challenging in EWAS without genotyping data. Here, we proposed MethylGenotyper, a method that for the first time enables accurate genotyping at thousands of single nucleotide polymorphisms (SNPs) directly from commercial DNA methylation microarrays. We modeled the intensities of methylation probes near SNPs with a mixture of three beta distributions corresponding to different genotypes and estimated parameters with an expectation-maximization algorithm. We conducted extensive simulations to demonstrate the performance of the method. When applying MethylGenotyper to the Infinium EPIC array data of 4662 Chinese samples, we obtained genotypes at 4319 SNPs with a concordance rate of 98.26%, enabling the identification of 255 pairs of close relatedness. Furthermore, we showed that MethylGenotyper allows for the estimation of both population structure and cryptic relatedness among 702 Australians of diverse ancestry. We also implemented MethylGenotyper in a publicly available R package (https://github.com/Yi-Jiang/MethylGenotyper) to facilitate future large-scale EWAS.