Chronic kidney disease (CKD) is a significant public health problem, and recent genetic studies have identified common CKD susceptibility variants. The CKDGen consortium performed a meta-analysis of genome-wide association data in 67,093 individuals of European ancestry from 20 predominantly population-based studies in order to identify new susceptibility loci for reduced renal function as estimated by serum creatinine (eGFRcrea), serum cystatin c (eGFRcys) and CKD (eGFRcrea < 60 ml/min/1.73 m(2); n = 5,807 individuals with CKD (cases)). Follow-up of the 23 new genome-wide-significant loci (P < 5 x 10(-8)) in 22,982 replication samples identified 13 new loci affecting renal function and CKD (in or near LASS2, GCKR, ALMS1, TFDP2, DAB2, SLC34A1, VEGFA, PRKAG2, PIP5K1B, ATXN2, DACH1, UBE2Q2 and SLC7A9) and 7 loci suspected to affect creatinine production and secretion (CPS1, SLC22A2, TMEM60, WDR37, SLC6A13, WDR72 and BCAS3). These results further our understanding of the biologic mechanisms of kidney function by identifying loci that potentially influence nephrogenesis, podocyte function, angiogenesis, solute transport and metabolic functions of the kidney.

Mitochondrial DNA (mtDNA) profiles can be classified into phylogenetic clusters (haplogroups), which is of great relevance for evolutionary, forensic and medical genetics. With the extensive growth of the underlying phylogenetic tree summarizing the published mtDNA sequences, the manual process of haplogroup classification would be too time-consuming. The previously published classification tool HaploGrep provided an automatic way to address this issue. Here, we present the completely updated version HaploGrep 2 offering several advanced features, including a generic rule-based system for immediate quality control (QC). This allows detecting artificial recombinants and missing variants as well as annotating rare and phantom mutations. Furthermore, the handling of high-throughput data in form of VCF files is now directly supported. For data output, several graphical reports are generated in real time, such as a multiple sequence alignment format, a VCF format and extended haplogroup QC reports, all viewable directly within the application. In addition, HaploGrep 2 generates a publication-ready phylogenetic tree of all input samples encoded relative to the revised Cambridge Reference Sequence. Finally, new distance measures and optimizations of the algorithm increase accuracy and speed-up the application. HaploGrep 2 can be accessed freely and without any registration at http://haplogrep.uibk.ac.at.

An ongoing source of controversy in mitochondrial DNA (mtDNA) research is based on the detection of numerous errors in mtDNA profiles that led to erroneous conclusions and false disease associations. Most of these controversies could be avoided if the samples' haplogroup status would be taken into consideration. Knowing the mtDNA haplogroup affiliation is a critical prerequisite for studying mechanisms of human evolution and discovering genes involved in complex diseases, and validating phylogenetic consistency using haplogroup classification is an important step in quality control. However, despite the availability of Phylotree, a regularly updated classification tree of global mtDNA variation, the process of haplogroup classification is still time-consuming and error-prone, as researchers have to manually compare the polymorphisms found in a population sample to those summarized in Phylotree, polymorphism by polymorphism, sample by sample. We present HaploGrep, a fast, reliable and straight-forward algorithm implemented in a Web application to determine the haplogroup affiliation of thousands of mtDNA profiles genotyped for the entire mtDNA or any part of it. HaploGrep uses the latest version of Phylotree and offers an all-in-one solution for quality assessment of mtDNA profiles in clinical genetics, population genetics and forensics. HaploGrep can be accessed freely at http://haplogrep.uibk.ac.at. Hum Mutat 31:–8, 2010. © 2010 Wiley-Liss, Inc.

Context

Telomeres are essential to preserve the integrity of the genome. Critically short telomeres lead to replicative cell senescence and chromosomal instability and may thereby increase cancer risk.

Objective

To determine the association between baseline telomere length and incident cancer and cancer mortality.

Design, Setting, and Participants

Leukocyte telomere length was measured by quantitative polymerase chain reaction in 787 participants free of cancer at baseline in 1995 from the prospective, population-based Bruneck Study in Italy.

Main Outcome Measures

Incident cancer and cancer mortality over a follow-up period of 10 years (1995-2005 with a follow-up rate of 100%).

Results

A total of 92 of 787 participants (11.7%) developed cancer (incidence rate, 13.3 per 1000 person-years). Short telomere length at baseline was associated with incident cancer independently of standard cancer risk factors (multivariable hazard ratio [HR] per 1-SD decrease in log_e-transformed telomere length, 1.60; 95% confidence interval [CI], 1.30-1.98; P < .001). Compared with participants in the longest telomere length group, the multivariable HR for incident cancer was 2.15 (95% CI, 1.12-4.14) in the middle length group and 3.11 (95% CI, 1.65-5.84) in the shortest length group (P < .001). Incidence rates were 5.1 (95% CI, 2.9-8.7) per 1000 person-years in the longest telomere length group, 14.2 (95% CI, 10.0-20.1) per 1000 person-years in the middle length group, and 22.5 (95% CI, 16.9-29.9) per 1000 person-years in the shortest length group. The association equally applied to men and women and emerged as robust under a variety of circumstances. Furthermore, short telomere length was associated with cancer mortality (multivariable HR per 1-SD decrease in log_e-transformed telomere length, 2.13; 95% CI, 1.58-2.86; P < .001) and individual cancer subtypes with a high fatality rate.

Conclusion

In this study population, there was a statistically significant inverse relationship between telomere length and both cancer incidence and mortality.

Objective— To determine the association between leukocyte telomere length (TL) and atherosclerosis and its clinical sequelae stroke and myocardial infarction. Methods and Results— Within the scope of the prospective population-based Bruneck Study, leukocyte TL was measured by quantitative polymerase chain reaction in 800 women and men aged 45 to 84 years (in 1995). The manifestation of cardiovascular disease (CVD) (1995–2005) and the progression of atherosclerosis (1995–2000) were carefully assessed. The TL was shorter in men than in women (age-adjusted mean [95% CI], 1.41 [1.33 to 1.49] versus 1.55 [1.47 to 1.62]; P =0.02) and inversely correlated to age ( r =−0.22, P <0.001) and family history of CVD ( P =0.03). Participants with CVD events during follow-up (n=88) had significantly shorter telomeres (age- and sex-adjusted mean [95% CI], 1.25 [1.08 to 1.42] versus 1.51 [1.45 to 1.57]; P <0.001). In multivariable Cox models, baseline TL emerged as a significant and independent risk predictor for the composite CVD end point and its individual components (myocardial infarction and stroke); however, this was not the case for de novo stable angina and intermittent claudication. Subjects in the top and bottom TL tertile group differed in their CVD risk by a factor of 2.72 (95% CI, 1.41 to 5.28), which is the risk ratio attributable to a 13.9-year difference in chronological age. Remarkably, in our atherosclerosis progression model, TL was strongly associated with advanced, but not early, atherogenesis. All findings were consistent in women and men. Conclusion— Our findings indicate a differential role of telomere shortening in the various stages of atherosclerosis, with preferential involvement in advanced vessel pathology and acute vascular syndromes.