Purpose This study aims to develop a robust gene expression classifier that can predict disease relapse in patients with early-stage colorectal cancer (CRC). Patients and Methods Fresh frozen tumor tissue from 188 patients with stage I to IV CRC undergoing surgery was analyzed using Agilent 44K oligonucleotide arrays. Median follow-up time was 65.1 months, and the majority of patients (83.6%) did not receive adjuvant chemotherapy. A nearest mean classifier was developed using a cross-validation procedure to score all genes for their association with 5-year distant metastasis–free survival. Results An optimal set of 18 genes was identified and used to construct a prognostic classifier (ColoPrint). The signature was validated on an independent set of 206 samples from patients with stage I, II, and III CRC. The signature classified 60% of patients as low risk and 40% as high risk. Five-year relapse-free survival rates were 87.6% (95% CI, 81.5% to 93.7%) and 67.2% (95% CI, 55.4% to 79.0%) for low- and high-risk patients, respectively, with a hazard ratio (HR) of 2.5 (95% CI, 1.33 to 4.73; P = .005). In multivariate analysis, the signature remained one of the most significant prognostic factors, with an HR of 2.69 (95% CI, 1.41 to 5.14; P = .003). In patients with stage II CRC, the signature had an HR of 3.34 (P = .017) and was superior to American Society of Clinical Oncology criteria in assessing the risk of cancer recurrence without prescreening for microsatellite instability (MSI). Conclusion ColoPrint significantly improves the prognostic accuracy of pathologic factors and MSI in patients with stage II and III CRC and facilitates the identification of patients with stage II disease who may be safely managed without chemotherapy.

Importance There is a need for biomarkers that predict late recurrence risk and extended endocrine therapy (EET) benefit among patients with early-stage breast cancer (EBC). MammaPrint, a 70-gene expression risk-of-recurrence assay, has been found to project significant EET benefit in patients with assay-classified low-risk tumors. Objective To determine the test’s utility in identifying which patients with EBC in the IDEAL (Investigation on the Duration of Extended Adjuvant Letrozole) trial could benefit from 5-year vs 2.5-year letrozole treatment. Design, Setting, and Participants This secondary analysis of the IDEAL randomized clinical trial evaluated postmenopausal women with hormone receptor–positive EBC who were assigned to either 2.5 or 5 years of EET, with 10 years of follow-up after randomization. A 70-gene assay was used to classify tumors as high, low, or ultralow risk. Adverse event (AE) frequency and treatment compliance were evaluated. Statistical analyses were performed from April 2022 to September 2024. Interventions After 5 years of endocrine therapy, patients were randomized to 2.5 or 5 years of EET with letrozole. Main Outcomes and Measures Primary end point was distant recurrence (DR). Cox proportional hazard regression models and likelihood ratios tested the interaction between treatment and gene expression assay. Results Among 515 women included (mean [SD] age at randomization, 59.9 [9.5] years), 265 were in the 2.5-year treatment arm and 250 in the 5-year treatment arm. Of these patients, 223 (43.3%) patients with 70-gene assay–classified low-risk tumors had a significant absolute benefit of 10.1% for DR (hazard ratio, 0.32; 95% CI, 0.12-0.87; P = .03). Treatment interaction was not significant for DR. Of patients with either 70-gene assay–classified high-risk tumors (259 [50.3%]) or ultralow risk tumors (33 [6.4%]), 5 years vs 2.5 years of EET was not associated with improved benefit for DR. As expected, rates of AEs and treatment discontinuation were comparable among the different 70-gene assay risk groups in each treatment arm. Conclusions and Relevance This secondary analysis of the IDEAL trial found that the 70-gene assay identified patients with low-risk tumors who could benefit from 5-year vs 2.5-year EET. These findings suggest that this gene expression assay could go beyond guiding neoadjuvant and adjuvant chemotherapy decisions to informing the optimal duration of adjuvant endocrine therapy. Trial Registration EU Clinical Trials Register Eudra CT: 2006-003958-16