A cure for HIV-1 remains unattainable as only one case has been reported, a decade ago1,2. The individual—who is known as the ‘Berlin patient’—underwent two allogeneic haematopoietic stem-cell transplantation (HSCT) procedures using a donor with a homozygous mutation in the HIV coreceptor CCR5 (CCR5Δ32/Δ32) to treat his acute myeloid leukaemia. Total body irradiation was given with each HSCT. Notably, it is unclear which treatment or patient parameters contributed to this case of long-term HIV remission. Here we show that HIV-1 remission may be possible with a less aggressive and toxic approach. An adult infected with HIV-1 underwent allogeneic HSCT for Hodgkin’s lymphoma using cells from a CCR5Δ32/Δ32 donor. He experienced mild gut graft-versus-host disease. Antiretroviral therapy was interrupted 16 months after transplantation. HIV-1 remission has been maintained over a further 18 months. Plasma HIV-1 RNA has been undetectable at less than one copy per millilitre along with undetectable HIV-1 DNA in peripheral CD4 T lymphocytes. Quantitative viral outgrowth assays from peripheral CD4 T lymphocytes show no reactivatable virus using a total of 24 million resting CD4 T cells. CCR5-tropic, but not CXCR4-tropic, viruses were identified in HIV-1 DNA from CD4 T cells of the patient before the transplant. CD4 T cells isolated from peripheral blood after transplantation did not express CCR5 and were susceptible only to CXCR4-tropic virus ex vivo. HIV-1 Gag-specific CD4 and CD8 T cell responses were lost after transplantation, whereas cytomegalovirus-specific responses were detectable. Similarly, HIV-1-specific antibodies and avidities fell to levels comparable to those in the Berlin patient following transplantation. Although at 18 months after the interruption of treatment it is premature to conclude that this patient has been cured, these data suggest that a single allogeneic HSCT with homozygous CCR5Δ32 donor cells may be sufficient to achieve HIV-1 remission with reduced intensity conditioning and no irradiation, and the findings provide further support for the development of HIV-1 remission strategies based on preventing CCR5 expression. An adult infected with HIV-1 who underwent allogeneic haematopoietic stem-cell transplantation for Hodgkin’s lymphoma using cells from a CCR5Δ32/Δ32 donor achieved full remission of HIV-1 for 18 months after transplantation and 16 months after cessation of antiretroviral therapy.

We report severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike ΔH69/V70 in multiple independent lineages, often occurring after acquisition of receptor binding motif replacements such as N439K and Y453F, known to increase binding affinity to the ACE2 receptor and confer antibody escape. In vitro, we show that, although ΔH69/V70 itself is not an antibody evasion mechanism, it increases infectivity associated with enhanced incorporation of cleaved spike into virions. ΔH69/V70 is able to partially rescue infectivity of spike proteins that have acquired N439K and Y453F escape mutations by increased spike incorporation. In addition, replacement of the H69 and V70 residues in the Alpha variant B.1.1.7 spike (where ΔH69/V70 occurs naturally) impairs spike incorporation and entry efficiency of the B.1.1.7 spike pseudotyped virus. Alpha variant B.1.1.7 spike mediates faster kinetics of cell-cell fusion than wild-type Wuhan-1 D614G, dependent on ΔH69/V70. Therefore, as ΔH69/V70 compensates for immune escape mutations that impair infectivity, continued surveillance for deletions with functional effects is warranted.

Abstract SARS-CoV-2 amino acid replacements in the receptor binding domain (RBD) occur relatively frequently and some have a consequence for immune recognition. Here we report recurrent emergence and significant onward transmission of a six-nucleotide out of frame deletion in the S gene, which results in loss of two amino acids: H69 and V70. We report that in human infections ΔH69/V70 often co-occurs with the receptor binding motif amino acid replacements N501Y, N439K and Y453F, and in the latter two cases has followed the RBD mutation. One of the ΔH69/V70+ N501Y lineages, now known as B.1.1.7, has undergone rapid expansion and includes eight S gene mutations: RBD (N501Y and A570D), S1 (ΔH69/V70 and Δ144) and S2 (P681H, T716I, S982A and D1118H). In vitro , we show that ΔH69/V70 does not reduce serum neutralisation across multiple convalescent sera. However, ΔH69/V70 increases infectivity and is associated with increased incorporation of cleaved spike into virions. ΔH69/V70 is able to compensate for small infectivity defects induced by RBD mutations N501Y, N439K and Y453F. In addition, replacement of H69 and V70 residues in the B.1.1.7 spike reduces its infectivity and spike mediated cell-cell fusion. Based on our data ΔH69/V70 likely acts as a permissive mutation that allows acquisition of otherwise deleterious immune escape mutations. Enhanced surveillance for the ΔH69/V70 deletion with and without RBD mutations should be considered as a global priority not only as a marker for the B.1.1.7 variant, but potentially also for other emerging variants of concern. Vaccines designed to target the deleted spike protein could mitigate against its emergence as increased selective forces from immunity and vaccines increase globally. Highlights ΔH69/V70 is present in at least 28 SARS-CoV-2 lineages ΔH69/V70 does not confer escape from convalescent sera ΔH69/V70 increases spike infectivity and compensates for RBD mutations ΔH69/V70 is associated with greater spike cleavage B.1.1.7 requires ΔH69/V70 for optimal spike cleavage and infectivity

The scission of lipid membranes is a common biological process, often mediated by ESCRT complexes in concert with VPS4 assembling around the separation point. The functions of the ESCRT-I and ESCRT-III complexes are well established in certain of these cellular processes; however, the role of ESCRT-II remains contentious. Here, we devised a SNAP-tag fluorescent labelling strategy to understand the domain requirements of EAP45, the main component of ESCRT-II, in HIV egress, late endosome recruitment, and cytokinesis. We used TIRF microscopy to measure the spatial co-occurrence of the HIV structural polyprotein Gag with full length EAP45 in both fixed and live cells. Gag colocalises with the full length EAP45 comparably to ALIX, but this is lost on deletion of the EAP45 N terminus. Our findings reveal the H0 domain of the EAP45 protein is essential for linking to ESCRT-I during HIV budding and in anchoring at the late endosomal membrane, however in cytokinesis it is the Glue domain that is critical.

ABSTRACT Recently published transcriptomic data of the SARS-CoV-2 coronavirus show that there is a large variation in the frequency and steady state levels of subgenomic mRNA sequences. This variation is derived from discontinuous subgenomic RNA synthesis where the polymerase switches template from a 3’ proximal genome body sequence to a 5’ untranslated leader sequence. This leads to a fusion between the common 5’ leader sequence and a 3’ proximal body sequence in the RNA product. This process revolves around a common core sequence (CS) that is present at both the template sites that make up the fusion junction. Base-pairing between the leader CS and the nascent complementary minus strand body CS, and flanking regions (together called the transcription regulating sequence, TRS) is vital for this template switching event. However, various factors can influence the site of template switching within the same TRS duplex. Here, we model the duplexes formed between the leader and complementary body TRS regions, hypothesising the role of the stability of the TRS duplex in determining the major sites of template switching for the most abundant mRNAs. We indicate that the stability of secondary structures and the speed of transcription play key roles in determining the probability of template switching in the production of subgenomic RNAs.