SC
Sara Cregeen
Author with expertise in Coronavirus Disease 2019 Research
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
5
(60% Open Access)
Cited by:
19
h-index:
9
/
i10-index:
9
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
13

Oligonucleotide capture sequencing of the SARS-CoV-2 genome and subgenomic fragments from COVID-19 individuals

Harsha Doddapaneni et al.Jul 27, 2020
+17
R
S
H
Abstract The newly emerged and rapidly spreading SARS-CoV-2 causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). To facilitate a deeper understanding of the viral biology we developed a capture sequencing methodology to generate SARS-CoV-2 genomic and transcriptome sequences from infected patients. We utilized an oligonucleotide probe-set representing the full-length genome to obtain both genomic and transcriptome (subgenomic open reading frames [ORFs]) sequences from 45 SARS-CoV-2 clinical samples with varying viral titers. For samples with higher viral loads (cycle threshold value under 33, based on the CDC qPCR assay) complete genomes were generated. Analysis of junction reads revealed regions of differential transcriptional activity and provided evidence of expression of ORF10. Heterogeneous allelic frequencies along the 20kb ORF1ab gene suggested the presence of a defective interfering viral RNA species subpopulation in one sample. The associated workflow is straightforward, and hybridization-based capture offers an effective and scalable approach for sequencing SARS-CoV-2 from patient samples.
13
Citation19
0
Save
0

Evidence of recombination in coronaviruses implicating pangolin origins of nCoV-2019

Matthew Wong et al.Feb 13, 2020
J
N
S
M
A novel coronavirus (nCoV-2019) was the cause of an outbreak of respiratory illness detected in Wuhan, Hubei Province, China in December of 2019. Genomic analyses of nCoV-2019 determined a 96% resemblance with a coronavirus isolated from a bat in 2013 (RaTG13); however, the receptor binding motif (RBM) of these two genomes share low sequence similarity. This divergence suggests a possible alternative source for the RBM coding sequence in nCoV-2019. We identified high sequence similarity in the RBM between nCoV-2019 and a coronavirus genome reconstructed from a viral metagenomic dataset from pangolins possibly indicating a more complex origin for nCoV-2019.
12

Oligonucleotide Capture Sequencing of the SARS-CoV-2 Genome and Subgenomic Fragments from COVID-19 Individuals

Harsha Doddapaneni et al.Dec 11, 2020
+17
R
S
H
Abstract The newly emerged and rapidly spreading SARS-CoV-2 causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). To facilitate a deeper understanding of the viral biology we developed a capture sequencing methodology to generate SARS-CoV-2 genomic and transcriptome sequences from infected patients. We utilized an oligonucleotide probe-set representing the full-length genome to obtain both genomic and transcriptome (subgenomic open reading frames [ORFs]) sequences from 45 SARS-CoV-2 clinical samples with varying viral titers. For samples with higher viral loads (cycle threshold value under 33, based on the CDC qPCR assay) complete genomes were generated. Analysis of junction reads revealed regions of differential transcriptional activity and provided evidence of expression of ORF10. Heterogeneous allelic frequencies along the 20kb ORF1ab gene suggested the presence of a defective interfering viral RNA species subpopulation in one sample. The associated workflow is straightforward, and hybridization-based capture offers an effective and scalable approach for sequencing SARS-CoV-2 from patient samples.
12
0
Save
8

Phage-bacteria dynamics during the first years of life revealed by trans-kingdom marker gene analysis

Michael Tisza et al.Jan 1, 2023
+4
K
R
M
Humans are colonized with commensal bacteria soon after birth, and, while this colonization is affected by lifestyle and other factors, bacterial colonization proceeds through well-studied phases. However, less is known about phage communities in early human development due to small study sizes, inability to leverage large databases, and lack of appropriate bioinformatics tools. In this study, whole genome shotgun sequencing data from the TEDDY study, composed of 12,262 longitudinal samples from 887 children in 4 countries, is reanalyzed to assess phage and bacterial dynamics simultaneously. Reads from these samples were mapped to marker genes from both bacteria and a new database of tens of thousands of phage taxa from human microbiomes. We uncover that each child is colonized by hundreds of different phages during the early years, and phages are more transitory than bacteria. Participants9 samples continually harbor new phage species over time whereas the diversification of bacterial species begins to saturate. Phage data improves the ability for machine learning models to discriminate samples by country. Finally, while phage populations were individual-specific, striking patterns arose from the larger dataset, showing clear trends of ecological succession amongst phages, which correlated well with putative host bacteria. Improved understanding of phage-bacterial relationships may reveal new means by which to shape and modulate the microbiome and its constituents to improve health and reduce disease, particularly in vulnerable populations where antibiotic use and/or other more drastic measures may not be advised.
1

Fully resolved assembly of Cryptosporidium parvum

Vipin Menon et al.Jul 8, 2021
+18
C
P
V
Abstract Background Cryptosporidium parvum is an apicomplexan parasite commonly found across many host species with a global infection prevalence in human populations of 7.6%. As such, it is important to understand the diversity and genomic makeup of this prevalent parasite to fight established infections and prohibit further transmission. The basis of every genomic study is a high quality reference genome that has continuity and completeness, thus enabling comprehensive comparative studies. Findings Here, we provide a highly accurate and complete reference genome of Cryptosporidium parvum . The assembly is based on Oxford Nanopore reads and was improved using Illumina reads for error correction. We also outline how to evaluate and choose from different assembly methods based on two main approaches that can be applied to other Cryptosporidium species. The assembly encompasses 8 chromosomes and includes 13 telomeres that were resolved. Overall, the assembly shows a high completion rate with 98.4% single copy BUSCO genes. Conclusions This high quality reference genome of a zoonotic IIaA17G2R1 C. parvum subtype isolate provides the basis for subsequent comparative genomic studies across the Cryptosporidium clade. This will enable improved understanding of diversity, functional and association studies.