MB
Marta Byrska-Bishop
Author with expertise in RNA Sequencing Data Analysis
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
10
(80% Open Access)
Cited by:
1,407
h-index:
17
/
i10-index:
19
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
113

Benchmarking challenging small variants with linked and long reads

Justin Wagner et al.Jul 25, 2020
Summary Genome in a Bottle (GIAB) benchmarks have been widely used to help validate clinical sequencing pipelines and develop new variant calling and sequencing methods. Here, we use accurate linked reads and long reads to expand the prior benchmarks in 7 samples to include difficult-to-map regions and segmental duplications that are not readily accessible to short reads. Our new benchmark adds more than 300,000 SNVs, 50,000 indels, and 16 % new exonic variants, many in challenging, clinically relevant genes not previously covered (e.g., PMS2 ). For HG002, we include 92% of the autosomal GRCh38 assembly, while excluding problematic regions for benchmarking small variants (e.g., copy number variants and reference errors) that should not have been in the previous version, which included 85% of GRCh38. By including difficult-to-map regions, this benchmark identifies eight times more false negatives in a short read variant call set relative to our previous benchmark.We have demonstrated the utility of this benchmark to reliably identify false positives and false negatives across technologies in more challenging regions, which enables continued technology and bioinformatics development.
0

De Novo Mutation in an Enhancer of EBF3 in simplex autism

Evin Padhi et al.Aug 28, 2020
Abstract Previous research in autism and other neurodevelopmental disorders (NDDs) has indicated an important contribution of de novo protein-coding variants within specific genes. The role of de novo noncoding variation has been observable as a general increase in genetic burden but has yet to be resolved to individual functional elements. In this study, we assessed whole-genome sequencing data in 2,671 families with autism, with a specific focus on de novo variation in enhancers with previously characterized in vivo activity. We identified three independent de novo mutations limited to individuals with autism in the enhancer hs737. These mutations result in similar phenotypic characteristics, affect enhancer activity in vitro , and preferentially occur in AAT motifs in the enhancer with predicted disruptions of transcription factor binding. We also find that hs737 is enriched for copy number variation in individuals with NDDs, is dosage sensitive in the human population, is brain-specific, and targets the NDD gene EBF3 that is genome-wide significant for protein coding de novo variants, demonstrating the importance of understanding all forms of variation in the genome. One Sentence Summary Whole-genome sequencing in thousands of families reveals variants relevant to simplex autism in a brain enhancer of the well-established neurodevelopmental disorder gene EBF3 .