Abstract The Mexico City Prospective Study (MCPS) is a prospective cohort of over 150,000 adults recruited two decades ago from the urban districts of Coyoacán and Iztapalapa in Mexico City. We generated genotype and exome sequencing data for all individuals, and whole genome sequencing for 10,000 selected individuals. We uncovered high levels of relatedness and substantial heterogeneity in ancestry composition across individuals. Most sequenced individuals had admixed Native American, European and African ancestry, with extensive admixture from indigenous groups in Central, Southern and South Eastern Mexico. Native Mexican segments of the genome had lower levels of coding variation, but an excess of homozygous loss of function variants compared with segments of African and European origin. We estimated population specific allele frequencies at 142 million genomic variants, with an effective sample size of 91,856 for Native Mexico at exome variants, all available via a public browser. Using whole genome sequencing, we developed an imputation reference panel which outperforms existing panels at common variants in individuals with high proportions of Central, South and South Eastern Native Mexican ancestry. Our work illustrates the value of genetic studies in populations with diverse ancestry and provides foundational imputation and allele frequency resources for future genetic studies in Mexico and in the United States where the Hispanic/Latino population is predominantly of Mexican descent.

Abstract Inflammatory bowel disease (IBD), clinically defined as Crohn’s disease (CD), ulcerative colitis (UC), or IBD-unclassified, results in chronic inflammation of the gastrointestinal tract in genetically susceptible hosts. Pediatric onset IBD represents ≥25% of all IBD diagnoses and often presents with intestinal stricturing, perianal disease, and failed response to conventional treatments. NOD2 was the first and is the most replicated locus associated with adult IBD, to date. To determine the role of NOD2 and other genes in pediatric IBD, we performed whole-exome sequencing on a cohort of 1,183 patients with pediatric onset IBD (ages 0-18.5 years). We identified 92 probands who were homozygous or compound heterozygous for rare and low frequency NOD2 variants accounting for approximately 8% of our cohort, suggesting a Mendelian recessive inheritance pattern of disease. Additionally, we investigated the contribution of recessive inheritance of NOD2 alleles in adult IBD patients from the Regeneron Genetics Center (RGC)-Geisinger Health System DiscovEHR study, which links whole exome sequences to longitudinal electronic health records (EHRs) from 51,289 participants. We found that ~7% of cases in this adult IBD cohort, including ~10% of CD cases, can be attributed to recessive inheritance of NOD2 variants, confirming the observations from our pediatric IBD cohort. Exploration of EHR data showed that 14% of these adult IBD patients obtained their initial IBD diagnosis before 18 years of age, consistent with early onset disease. Collectively, our findings show that recessive inheritance of rare and low frequency deleterious NOD2 variants account for 7-10% of CD cases and implicate NOD2 as a Mendelian disease gene for early onset Crohn’s Disease. Author Summary Pediatric onset inflammatory bowel disease (IBD) represents ≥25% of IBD diagnoses; yet the genetic architecture of early onset IBD remains largely uncharacterized. To investigate this, we performed whole-exome sequencing and rare variant analysis on a cohort of 1,183 pediatric onset IBD patients. We found that 8% of patients in our cohort were homozygous or compound heterozygous for rare or low frequency deleterious variants in the nucleotide binding and oligomerization domain containing 2 (NOD2) gene. Further investigation of whole-exome sequencing of a large clinical cohort of adult IBD patients uncovered recessive inheritance of rare and low frequency NOD2 variants in 7% of cases and that the relative risk for NOD2 variant homozygosity has likely been underestimated. While it has been reported that having >1 NOD2 risk alleles is associated with increased susceptibility to Crohn’s Disease (CD), our data formally demonstrate what has long been suspected: recessive inheritance of NOD2 alleles is a mechanistic driver of early onset IBD, specifically CD, likely due to loss of NOD2 protein function. Our data suggest that a subset of IBD-CD patients with early disease onset is characterized by recessive inheritance of NOD2 alleles, which has important implications for the screening, diagnosis, and treatment of IBD.

SUMMARY Aging is characterized by degeneration in cellular and organismal functions leading to increased disease susceptibility and death. Although our understanding of aging biology in model systems has increased dramatically, large-scale sequencing studies to understand human aging are now just beginning. We applied exome sequencing and association analyses (ExWAS) to identify age-related variants on 58,470 participants of the DiscovEHR cohort. Linear Mixed Model regression analyses of age at last encounter revealed variants in genes known to be linked with clonal hematopoiesis of indeterminate potential, which are associated with myelodysplastic syndromes, as top signals in our analysis, suggestive of age-related somatic mutation accumulation in hematopoietic cells despite patients lacking clinical diagnoses. In addition to APOE , we identified rare DISP2 rs183775254 (p = 7.40×10 −10 ) and ZYG11A rs74227999 (p = 2.50×10 −08 ) variants that were negatively associated with age in either both sexes combined and females, respectively, which were replicated with directional consistency in two independent cohorts. Epigenetic mapping showed these variants are located within cell-type-specific enhancers, suggestive of important transcriptional regulatory functions. To discover variants associated with extreme age, we performed exome-sequencing on persons of Ashkenazi Jewish descent ascertained for extensive lifespans. Case-Control analyses in 525 Ashkenazi Jews cases (Males ≥ 92 years, Females ≥ 95years) were compared to 482 controls. Our results showed variants in APOE (rs429358, rs6857), and TMTC2 (rs7976168) passed Bonferroni-adjusted p-value, as well as several nominally-associated population-specific variants. Collectively, our Age-ExWAS, the largest performed to date, confirmed and identified previously unreported candidate variants associated with human age.

Importance Atrial fibrillation (AF) has a substantial genetic component. The importance of polygenic risk is well established, while the contribution of rare variants to disease risk warrants characterization in large cohorts. Objective To identify rare predicted loss-of-function (pLOF) variants associated with AF and elucidate their role in risk of AF, cardiomyopathy (CM), and heart failure (HF) in combination with a polygenic risk score (PRS). Design, Setting, and Participants This was a genetic association and nested case-control study. The impact of rare pLOF variants was evaluated on the risk of incident AF. HF and CM were assessed in cause-specific Cox regressions. End of follow-up was July 1, 2022. Data were analyzed from January to October 2023. The UK Biobank enrolled 502 480 individuals aged 40 to 69 years at inclusion in the United Kingdom between March 13, 2006, and October 1, 2010. UK residents of European ancestry were included. Individuals with prior diagnosis of AF were excluded from analyses of incident AF. Exposures Rare pLOF variants and an AF PRS. Main Outcomes and Measures Risk of AF and incident HF or CM prior to and subsequent to AF diagnosis. Results A total of 403 990 individuals (218 489 [54.1%] female) with a median (IQR) age of 58 (51-63) years were included; 24 447 were diagnosed with incident AF over a median (IQR) follow-up period of 13.3 (12.4-14.0) years. Rare pLOF variants in 6 genes ( TTN , RPL3L , PKP2 , CTNNA3 , KDM5B , and C10orf71 ) were associated with AF. Of these, TTN , RPL3L , PKP2 , CTNNA3 , and KDM5B replicated in an external cohort. Combined with high PRS, rare pLOF variants conferred an odds ratio of 7.08 (95% CI, 6.03-8.28) for AF. Carriers with high PRS also had a substantial 10-year risk of AF (16% in female individuals and 24% in male individuals older than 60 years). Rare pLOF variants were associated with increased risk of CM both prior to AF (hazard ratio [HR], 3.13; 95% CI, 2.24-4.36) and subsequent to AF (HR, 2.98; 95% CI, 1.89-4.69). Conclusions and Relevance Rare and common genetic variation were associated with an increased risk of AF. The findings provide insights into the genetic underpinnings of AF and may aid in future genetic risk stratification.

Copy number variants (CNVs) are a substantial source of genomic variation and contribute to a wide range of human disorders. Gene-disrupting exonic CNVs have important clinical implications as they can underlie variability in disease presentation and susceptibility. The relationship between exonic CNVs and clinical traits has not been broadly explored at the population level, primarily due to technical challenges. We surveyed common and rare CNVs in the exome sequences of 50,726 adult DiscovEHR study participants with linked electronic health records (EHRs). We evaluated the diagnostic yield and clinical expressivity of known pathogenic CNVs, and performed tests of association with EHR-derived serum lipids, thereby evaluating the relationship between CNVs and complex traits and phenotypes in an unbiased, real-world clinical context. We identified CNVs from megabase to exon-level resolution, demonstrating reliable, high-throughput detection of clinically relevant exonic CNVs. In doing so, we created a catalog of high-confidence common and rare CNVs and refined population frequency estimates of known and novel gene-disrupting CNVs. Our survey among an unselected clinical population provides further evidence that neuropathy-associated duplications and deletions in 17p12 have similar population prevalence but are clinically under-diagnosed. Similarly, adults who harbor 22q11.2 deletions frequently had EHR documentation of neurodevelopmental/neuropsychiatric disorders and congenital anomalies, but not a formal genetic diagnosis (i.e., deletion). In an exome-wide association study of lipid levels, we identified a novel five-exon duplication within LDLR segregating in a large kindred with features of familial hypercholesterolemia. Exonic CNVs provide new opportunities to understand and diagnose human disease.

ABSTRACT Coding variants that have significant impact on function can provide insights into the biology of a gene but are typically rare in the population. Identifying and ascertaining the frequency of such rare variants requires very large sample sizes. Here, we present the largest catalog of human protein-coding variation to date, derived from exome sequencing of 985,830 individuals of diverse ancestry to serve as a rich resource for studying rare coding variants. Individuals of African, Admixed American, East Asian, Middle Eastern, and South Asian ancestry account for 20% of this Exome dataset. Our catalog of variants includes approximately 10.5 million missense (54% novel) and 1.1 million predicted loss-of-function (pLOF) variants (65% novel, 53% observed only once). We identified individuals with rare homozygous pLOF variants in 4,874 genes, and for 1,838 of these this work is the first to document at least one pLOF homozygote. Additional insights from the RGC-ME dataset include 1) improved estimates of selection against heterozygous loss-of-function and identification of 3,459 genes intolerant to loss-of-function, 83 of which were previously assessed as tolerant to loss-of-function and 1,241 that lack disease annotations; 2) identification of regions depleted of missense variation in 457 genes that are tolerant to loss-of-function; 3) functional interpretation for 10,708 variants of unknown or conflicting significance reported in ClinVar as cryptic splice sites using splicing score thresholds based on empirical variant deleteriousness scores derived from RGC-ME; and 4) an observation that approximately 3% of sequenced individuals carry a clinically actionable genetic variant in the ACMG SF 3.1 list of genes. We make this important resource of coding variation available to the public through a variant allele frequency browser. We anticipate that this report and the RGC-ME dataset will serve as a valuable reference for understanding rare coding variation and help advance precision medicine efforts.

Abstract Estimates from genome-wide association studies (GWAS) represent a combination of the effect of inherited genetic variation (direct effects), demography (population stratification, assortative mating) and genetic nurture from relatives (indirect genetic effects). GWAS using family-based designs can control for demography and indirect genetic effects, but large-scale family datasets have been lacking. We combined data on 159,701 siblings from 17 cohorts to generate population (between-family) and within-sibship (within-family) estimates of genome-wide genetic associations for 25 phenotypes. We demonstrate that existing GWAS associations for height, educational attainment, smoking, depressive symptoms, age at first birth and cognitive ability overestimate direct effects. We show that estimates of SNP-heritability, genetic correlations and Mendelian randomization involving these phenotypes substantially differ when calculated using within-sibship estimates. For example, genetic correlations between educational attainment and height largely disappear. In contrast, analyses of most clinical phenotypes (e.g. LDL-cholesterol) were generally consistent between population and within-sibship models. We also report compelling evidence of polygenic adaptation on taller human height using within-sibship data. Large-scale family datasets provide new opportunities to quantify direct effects of genetic variation on human traits and diseases.

Motivation: Detection of abnormal karyotypes from whole-exome sequencing has significant clinical potential, enabling a primary screen for chromosomal anomalies among samples undergoing short-read sequencing for nucleotide resolution genomic characterization. Results: We present KaryoScan, a high-throughput method for detecting chromosomal anomalies within large cohort exome sequencing studies. We detect and validate autosomal and sex chromosomal aneuploidies in a large exome sequencing cohort, and demonstrate detection of smaller and complex events (partial chromosome, mosaic, copy neutral, and complex rearrangements), representing the range of anomalies that can be uncovered from the exome. Availability: https://github.com/rgcgithub/karyoscan

Large-scale human genetics studies are ascertaining increasing proportions of populations as they continue growing in both number and scale. As a result, the amount of cryptic relatedness within these study cohorts is growing rapidly and has significant implications on downstream analyses. We demonstrate this growth empirically among the first 92,455 exomes from the DiscovEHR cohort and, via a custom simulation framework we developed called SimProgeny, show that these measures are in-line with expectations given the underlying population and ascertainment approach. For example, we identified ~66,000 close (first- and second-degree) relationships within DiscovEHR involving 55.6% of study participants. Our simulation results project that >70% of the cohort will be involved in these close relationships as DiscovEHR scales to 250,000 recruited individuals. We reconstructed 12,574 pedigrees using these relationships (including 2,192 nuclear families) and leveraged them for multiple applications. The pedigrees substantially improved the phasing accuracy of 20,947 rare, deleterious compound heterozygous mutations. Reconstructed nuclear families were critical for identifying 3,415 de novo mutations in ~1,783 genes. Finally, we demonstrate the segregation of known and suspected disease-causing mutations through reconstructed pedigrees, including a tandem duplication in LDLR causing familial hypercholesterolemia. In summary, this work highlights the prevalence of cryptic relatedness expected among large healthcare population genomic studies and demonstrates several analyses that are uniquely enabled by large amounts of cryptic relatedness.

The UK Biobank is a prospective study of 502,543 individuals, combining extensive phenotypic and genotypic data with streamlined access for researchers around the world. Here we describe the first tranche of large-scale exome sequence data for 49,960 study participants, revealing approximately 4 million coding variants (of which ~98.4% have frequency < 1%). The data includes 231,631 predicted loss of function variants, a >10-fold increase compared to imputed sequence for the same participants. Nearly all genes (>97%) had ≥1 predicted loss of function carrier, and most genes (>69%) had ≥10 loss of function carriers. We illustrate the power of characterizing loss of function variation in this large population through association analyses across 1,741 phenotypes. In addition to replicating a range of established associations, we discover novel loss of function variants with large effects on disease traits, including PIEZO1 on varicose veins, COL6A1 on corneal resistance, MEPE on bone density, and IQGAP2 and GMPR on blood cell traits. We further demonstrate the value of exome sequencing by surveying the prevalence of pathogenic variants of clinical significance in this population, finding that 2% of the population has a medically actionable variant. Additionally, we leverage the phenotypic data to characterize the relationship between rare BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants and cancer risk. Exomes from the first 49,960 participants are now made accessible to the scientific community and highlight the promise offered by genomic sequencing in large-scale population-based studies.