RS
Robert Svirskas
Author with expertise in Neuroscience and Genetics of Drosophila Melanogaster
Achievements
Cited Author
Open Access Advocate
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
11
(82% Open Access)
Cited by:
3,875
h-index:
14
/
i10-index:
15
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Tools for neuroanatomy and neurogenetics in Drosophila

Barret Pfeiffer et al.Jul 10, 2008
We demonstrate the feasibility of generating thousands of transgenic Drosophila melanogaster lines in which the expression of an exogenous gene is reproducibly directed to distinct small subsets of cells in the adult brain. We expect the expression patterns produced by the collection of 5,000 lines that we are currently generating to encompass all neurons in the brain in a variety of intersecting patterns. Overlapping 3-kb DNA fragments from the flanking noncoding and intronic regions of genes thought to have patterned expression in the adult brain were inserted into a defined genomic location by site-specific recombination. These fragments were then assayed for their ability to function as transcriptional enhancers in conjunction with a synthetic core promoter designed to work with a wide variety of enhancer types. An analysis of 44 fragments from four genes found that >80% drive expression patterns in the brain; the observed patterns were, on average, comprised of <100 cells. Our results suggest that the D. melanogaster genome contains >50,000 enhancers and that multiple enhancers drive distinct subsets of expression of a gene in each tissue and developmental stage. We expect that these lines will be valuable tools for neuroanatomy as well as for the elucidation of neuronal circuits and information flow in the fly brain.
0
Citation956
0
Save
0

The transposable elements of the Drosophila melanogaster euchromatin: a genomics perspective.

Joshua Kaminker et al.Dec 23, 2002
Transposable elements are found in the genomes of nearly all eukaryotes. The recent completion of the Release 3 euchromatic genomic sequence of Drosophila melanogaster by the Berkeley Drosophila Genome Project has provided precise sequence for the repetitive elements in the Drosophila euchromatin. We have used this genomic sequence to describe the euchromatic transposable elements in the sequenced strain of this species. We identified 85 known and eight novel families of transposable element varying in copy number from one to 146. A total of 1,572 full and partial transposable elements were identified, comprising 3.86% of the sequence. More than two-thirds of the transposable elements are partial. The density of transposable elements increases an average of 4.7 times in the centromere-proximal regions of each of the major chromosome arms. We found that transposable elements are preferentially found outside genes; only 436 of 1,572 transposable elements are contained within the 61.4 Mb of sequence that is annotated as being transcribed. A large proportion of transposable elements is found nested within other elements of the same or different classes. Lastly, an analysis of structural variation from different families reveals distinct patterns of deletion for elements belonging to different classes. This analysis represents an initial characterization of the transposable elements in the Release 3 euchromatic genomic sequence of D. melanogaster for which comparison to the transposable elements of other organisms can begin to be made. These data have been made available on the Berkeley Drosophila Genome Project website for future analyses.
0
Citation582
0
Save
0

The Release 6 reference sequence of the Drosophila melanogaster genome

Roger Hoskins et al.Jan 14, 2015
Drosophila melanogaster plays an important role in molecular, genetic, and genomic studies of heredity, development, metabolism, behavior, and human disease. The initial reference genome sequence reported more than a decade ago had a profound impact on progress in Drosophila research, and improving the accuracy and completeness of this sequence continues to be important to further progress. We previously described improvement of the 117-Mb sequence in the euchromatic portion of the genome and 21 Mb in the heterochromatic portion, using a whole-genome shotgun assembly, BAC physical mapping, and clone-based finishing. Here, we report an improved reference sequence of the single-copy and middle-repetitive regions of the genome, produced using cytogenetic mapping to mitotic and polytene chromosomes, clone-based finishing and BAC fingerprint verification, ordering of scaffolds by alignment to cDNA sequences, incorporation of other map and sequence data, and validation by whole-genome optical restriction mapping. These data substantially improve the accuracy and completeness of the reference sequence and the order and orientation of sequence scaffolds into chromosome arm assemblies. Representation of the Y chromosome and other heterochromatic regions is particularly improved. The new 143.9-Mb reference sequence, designated Release 6, effectively exhausts clone-based technologies for mapping and sequencing. Highly repeat-rich regions, including large satellite blocks and functional elements such as the ribosomal RNA genes and the centromeres, are largely inaccessible to current sequencing and assembly methods and remain poorly represented. Further significant improvements will require sequencing technologies that do not depend on molecular cloning and that produce very long reads.
0
Citation417
0
Save
0

Finishing a whole-genome shotgun: release 3 of the Drosophila melanogaster euchromatic genome sequence.

S Celniker et al.Dec 23, 2002
The Drosophila melanogaster genome was the first metazoan genome to have been sequenced by the whole-genome shotgun (WGS) method. Two issues relating to this achievement were widely debated in the genomics community: how correct is the sequence with respect to base-pair (bp) accuracy and frequency of assembly errors? And, how difficult is it to bring a WGS sequence to the accepted standard for finished sequence? We are now in a position to answer these questions.Our finishing process was designed to close gaps, improve sequence quality and validate the assembly. Sequence traces derived from the WGS and draft sequencing of individual bacterial artificial chromosomes (BACs) were assembled into BAC-sized segments. These segments were brought to high quality, and then joined to constitute the sequence of each chromosome arm. Overall assembly was verified by comparison to a physical map of fingerprinted BAC clones. In the current version of the 116.9 Mb euchromatic genome, called Release 3, the six euchromatic chromosome arms are represented by 13 scaffolds with a total of 37 sequence gaps. We compared Release 3 to Release 2; in autosomal regions of unique sequence, the error rate of Release 2 was one in 20,000 bp.The WGS strategy can efficiently produce a high-quality sequence of a metazoan genome while generating the reagents required for sequence finishing. However, the initial method of repeat assembly was flawed. The sequence we report here, Release 3, is a reliable resource for molecular genetic experimentation and computational analysis.
0
Citation394
0
Save
1

NeuronBridge: an intuitive web application for neuronal morphology search across large data sets

Jody Clements et al.Jul 21, 2022
Abstract Neuroscience research in Drosophila is benefiting from large-scale connectomics efforts using electron microscopy (EM) to reveal all the neurons in a brain and their connections. In order to exploit this knowledge base, researchers target individual neurons and study their function. Therefore, vast libraries of fly driver lines expressing fluorescent reporter genes in sets of neurons have been created and imaged using confocal light microscopy (LM). However, creating a fly line for driving gene expression within a single neuron found in the EM connectome remains a challenge, as it typically requires identifying a pair of fly lines where only the neuron of interest is expressed in both. This task and other emerging scientific workflows require finding similar neurons across large data sets imaged using different modalities. Here, we present NeuronBridge, a web application for easily and rapidly finding putative morphological matches between large datasets of neurons imaged using different modalities. We describe the functionality and construction of the NeuronBridge service, including its user-friendly GUI, data model, serverless cloud architecture, and massively parallel image search engine. NeuronBridge is openly accessible at http://neuronbridge.janelia.org/ .
1

PatchPerPixMatch for Automated 3d Search of Neuronal Morphologies in Light Microscopy

Lisa Mais et al.Jul 26, 2021
Abstract Studies of individual neurons in the Drosophila nervous system are facilitated by transgenic lines that sparsely and repeatably label respective neurons of interest. Sparsity can be enhanced by means of intersectional approaches like the split-GAL4 system, which labels the positive intersection of the expression patterns of two (denser) GAL4 lines. To this end, two GAL4 lines have to be identified as labelling a neuron of interest. Current approaches to tackling this task include visual inspection, as well as automated search in 2d projection images, of single cell multi-color flip-out (MCFO) acquisitions of GAL4 expression patterns. There is to date no automated method available that performs full 3d search in MCFO imagery of GAL4 lines, nor one that leverages automated reconstructions of the labelled neuron morphologies. To close this gap, we propose PatchPerPixMatch, a fully automated approach for finding a given neuron morphology in MCFO acquisitions of Gen1 GAL4 lines. PatchPerPixMatch performs automated instance segmentation of MCFO acquisitions, and subsequently searches for a target neuron morphology by minimizing an objective that aims at covering the target with a set of well-fitting segmentation fragments. Patch-PerPixMatch is computationally efficient albeit being full 3d, while also highly robust to inaccuracies in the automated neuron instance segmentation. We are releasing PatchPerPixMatch search results for ~30,000 neuron morphologies from the Drosophila hemibrain in ~20,000 MCFO acquisitions of ~3,500 Gen1 GAL4 lines. Code https://github.com/Kainmueller-Lab/PatchPerPixMatch Results https://pppm.janelia.org
Load More