Abstract We identify a mutation in the N gene of SARS-CoV-2 that adversely affects annealing of a commonly used RT-PCR primer; epidemiologic evidence suggests the virus retains pathogenicity and competence for spread. This reinforces the importance of using multiple targets, preferably in at least 2 genes, for robust SARS-CoV-2 detection. Article Summary Line A SARS-CoV-2 variant that occurs worldwide and has spread in California significantly affects diagnostic sensitivity of an N gene assay, highlighting the need to employ multiple viral targets for detection.

Abstract Quickly and flexibly exploring high-dimensional datasets, such as scRNAseq data, is underserved but critical for hypothesis generation, dataset annotation, publication, sharing, and community reuse. cellxgene is a highly generalizable, web-based interface for exploring high dimensional datasets along categorical, continuous and spatial dimensions, as well as feature annotation. cellxgene is differentiated by its ability to performantly handle millions of observations, and bridges a critical gap by enabling computational and experimental biologists to iteratively ask questions of private and public datasets. In doing so, cellxgene increases the utility and reusability of datasets across the single-cell ecosystem. The codebase can be accessed at https://github.com/chanzuckerberg/cellxgene . For questions and inquiries, please contact cellxgene@chanzuckerberg.com .

Dengue virus (DENV) exists as four genetically distinct serotypes, each of which is historically assumed to be antigenically uniform. However, recent analyses suggest that antigenic heterogeneity may exist within each serotype, but its source, extent and impact remain unclear. Here, we construct a sequence-based model to directly map antigenic change to underlying genetic divergence. We identify 49 specific substitutions and four colinear substitution clusters that contribute to dengue antigenic diversity. We report moderate antigenic diversity within each serotype, resulting in variation in genotype-specific patterns of heterotypic cross-neutralization. We also quantify the impact of this antigenic heterogeneity on real-world DENV population dynamics. We find that antigenic fitness mediates fluctuations in DENV clade frequencies, although this appears to be primarily explained by coarser serotype-level antigenic differences. These results provide a more nuanced understanding of dengue antigenic evolution, with important ramifications for vaccine design and epidemic preparedness.Author Summary Dengue virus (DENV), the causative agent of dengue hemorrhagic fever, exists as four genetically distinct serotypes, DENV1 to DENV4. These serotypes are antigenically distinct: symptomatic reinfection with a homotypic virus is very rare, while reinfection with a heterotypic virus is sometimes associated with severe disease. Until recently, it has been assumed that viruses within each serotype are antigenically uniform. However, specific genotypes within each serotype have been anecdotally associated with varying severity of patient outcomes and epidemic magnitude. One hypothesis is that each serotype contains overlooked, meaningful antigenic diversity. While antigenic cartography conducted on neutralization titers suggests that heterogeneity may exist within each serotype, its source, extent and impact is unclear. Here, we analyze a previously published titer dataset to quantify and characterize the extent of DENV intraserotype antigenic diversity. We map antigenic changes to specific mutations in E , the dengue envelope protein, and interpolate across the alignment to estimate the antigenic distance between pairs of viruses based on their genetic differences. We identify 49 specific substitutions and four colinear substitution clusters that contribute to dengue antigenic evolution. We find that DENV antigenic divergence is tightly coupled to DENV genetic divergence, and is likely a gradual, ongoing process. We report modest but significant antigenic diversity within each serotype of DENV, which may have important ramifications for vaccine design. To understand the impact of this antigenic heterogeneity on real-world DENV population dynamics, we also quantify the extent to which population immunity—accumulated through recent circulation of antigenically similar genotypes—determines the success and decline of DENV clades in a hyperendemic population. We find that antigenic fitness is a key determinant of DENV population turnover, although this appears to be driven by coarser serotype-level antigenic differences. By leveraging both molecular data and real-world population dynamics, these results provide a more nuanced understanding of dengue antigenic evolution, with important ramifications for improving vaccine design and epidemic preparedness.

Cross-species transmission (CST) has led to many devastating epidemics, but is still a poorly understood phenomenon. HIV-1 and HIV-2 (human immunodeficiency virus 1 and 2), which have collectively caused over 35 million deaths, are the result of multiple CSTs from chimpanzees, gorillas, and sooty mangabeys. While the immediate history of HIV is known, there are over 45 lentiviruses that infect specific species of primates, and patterns of host switching are not well characterized. We thus took a phylogenetic approach to better understand the natural history of SIV recombination and CST. We modeled host species as a discrete character trait on the viral phylogeny and inferred historical host switches and the pairwise transmission rates between each pair of 24 primate hosts. We identify 14 novel, well-supported, ancient cross-species transmission events. We also find that lentiviral lineages vary widely in their ability to infect new host species: SIVcol (from colobus monkeys) is evolutionarily isolated, while SIVagms (from African green monkeys) frequently move between host subspecies. We also examine the origins of SIVcpz (the predecessor of HIV-1) in greater detail than previous studies, and find that there are still large portions of the genome with unknown origins. Observed patterns of CST are likely driven by a combination of ecological circumstance and innate immune factors.

Summary: Understanding the spread and evolution of pathogens is important for effective public health measures and surveillance. Nextstrain consists of a database of viral genomes, a bioinformatics pipeline for phylodynamics analysis, and an interactive visualisation platform. Together these present a real-time view into the evolution and spread of a range of viral pathogens of high public health importance. The visualization integrates sequence data with other data types such as geographic information, serology, or host species. Nextstrain compiles our current understanding into a single accessible location, publicly available for use by health professionals, epidemiologists, virologists and the public alike. Availability and implementation: All code (predominantly JavaScript and Python) is freely available from github.com/nextstrain and the web-application is available at nextstrain.org.

Hundreds of millions of single cells have been analyzed to date using high throughput transcriptomic methods, thanks to technological advances driving the increasingly rapid generation of single-cell data. This provides an exciting opportunity for unlocking new insights into health and disease, made possible by meta-analysis that span diverse datasets building on recent advances in large language models and other machine learning approaches. Despite the promise of these and emerging analytical tools for analyzing large amounts of data, a major challenge remains the sheer number of datasets and inconsistent format, data models and accessibility. Many datasets are available via unique portals platforms that often lack interoperability. Here, we present CZ CellxGene Discover (cellxgene.cziscience.com), a data platform that provides curated and interoperable data. This single-cell data resource, available via a free-to-use online data portal, hosts a growing corpus of community contributed data that spans more than 50 million unique cells. Curated, standardized, and associated with consistent cell-level metadata, this collection of interoperable single-cell transcriptomic data is the largest of its kind. A suite of tools and features enables accessibility and reusability of the data via both computational and visual interfaces to allow researchers to rapidly explore individual datasets and perform cross-corpus analysis. This functionality is enabling meta-analyses of tens of millions of cells across studies and tissues and providing global views of human cells at the resolution of single cells.