Abstract The All of Us (AoU) initiative aims to sequence the genomes of over one million Americans from diverse ethnic backgrounds to improve personalized medical care. In a recent technical pilot, we compared the performance of traditional short-read sequencing with long-read sequencing in a small cohort of samples from the HapMap project and two AoU control samples representing eight datasets. Our analysis revealed substantial differences in the ability of these technologies to accurately sequence complex medically relevant genes, particularly in terms of gene coverage and pathogenic variant identification. We also considered the advantages and challenges of using low coverage sequencing to increase sample numbers in large cohort analysis. Our results show that HiFi reads produced the most accurate results for both small and large variants. Further, we present a cloud-based pipeline to optimize SNV, indel and SV calling at scale for long-reads analysis. These results will lead to widespread improvements across AoU.

To increase understanding of the interactions and effects of the diastereoisomeric character of phosphorothioate (PS) oligonucleotides on chromatographic retention, three chromatographic methods [in-series reversed phase-strong anion exchange (RP-SAX), ion pair-reversed phase and metal ion complexation chromatography (MICC)] were applied to the characterization of stereo-enriched compounds. Chromatographic systems are widely available, amenable to routine applications, and simple to deploy in comparison to more advanced instrumentation (e.g.,