The University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) offers online public access to a growing database of genomic sequence and annotations for a wide variety of organisms. The Browser is an integrated tool set for visualizing, comparing, analysing and sharing both publicly available and user-generated genomic datasets. As of September 2012, genomic sequence and a basic set of annotation 'tracks' are provided for 63 organisms, including 26 mammals, 13 non-mammal vertebrates, 3 invertebrate deuterostomes, 13 insects, 6 worms, yeast and sea hare. In the past year 19 new genome assemblies have been added, and we anticipate releasing another 28 in early 2013. Further, a large number of annotation tracks have been either added, updated by contributors or remapped to the latest human reference genome. Among these are an updated UCSC Genes track for human and mouse assemblies. We have also introduced several features to improve usability, including new navigation menus. This article provides an update to the UCSC Genome Browser database, which has been previously featured in the Database issue of this journal.

Launched in 2001 to showcase the draft human genome assembly, the UCSC Genome Browser database (http://genome.ucsc.edu) and associated tools continue to grow, providing a comprehensive resource of genome assemblies and annotations to scientists and students worldwide. Highlights of the past year include the release of a browser for the first new human genome reference assembly in 4 years in December 2013 (GRCh38, UCSC hg38), a watershed comparative genomics annotation (100-species multiple alignment and conservation) and a novel distribution mechanism for the browser (GBiB: Genome Browser in a Box). We created browsers for new species (Chinese hamster, elephant shark, minke whale), 'mined the web' for DNA sequences and expanded the browser display with stacked color graphs and region highlighting. As our user community increasingly adopts the UCSC track hub and assembly hub representations for sharing large-scale genomic annotation data sets and genome sequencing projects, our menu of public data hubs has tripled.

The UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu) is a graphical viewer for exploring genome annotations. For almost two decades, the Browser has provided visualization tools for genetics and molecular biology and continues to add new data and features. This year, we added a new tool that lets users interactively arrange existing graphing tracks into new groups. Other software additions include new formats for chromosome interactions, a ChIP-Seq peak display for track hubs and improved support for HGVS. On the annotation side, we have added gnomAD, TCGA expression, RefSeq Functional elements, GTEx eQTLs, CRISPR Guides, SNPpedia and created a 30-way primate alignment on the human genome. Nine assemblies now have RefSeq-mapped gene models.

The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE), http://encodeproject.org, has completed its fifth year of scientific collaboration to create a comprehensive catalog of functional elements in the human genome, and its third year of investigations in the mouse genome. Since the last report in this journal, the ENCODE human data repertoire has grown by 898 new experiments (totaling 2886), accompanied by a major integrative analysis. In the mouse genome, results from 404 new experiments became available this year, increasing the total to 583, collected during the course of the project. The University of California, Santa Cruz, makes this data available on the public Genome Browser http://genome.ucsc.edu for visual browsing and data mining. Download of raw and processed data files are all supported. The ENCODE portal provides specialized tools and information about the ENCODE data sets.

The University of California Santa Cruz (UCSC) Genome Browser (http://genome.ucsc.edu) offers online public access to a growing database of genomic sequence and annotations for a large collection of organisms, primarily vertebrates, with an emphasis on the human and mouse genomes. The Browser’s web-based tools provide an integrated environment for visualizing, comparing, analysing and sharing both publicly available and user-generated genomic data sets. As of September 2013, the database contained genomic sequence and a basic set of annotation ‘tracks’ for ∼90 organisms. Significant new annotations include a 60-species multiple alignment conservation track on the mouse, updated UCSC Genes tracks for human and mouse, and several new sets of variation and ENCODE data. New software tools include a Variant Annotation Integrator that returns predicted functional effects of a set of variants uploaded as a custom track, an extension to UCSC Genes that displays haplotype alleles for protein-coding genes and an expansion of data hubs that includes the capability to display remotely hosted user-provided assembly sequence in addition to annotation data. To improve European access, we have added a Genome Browser mirror (http://genome-euro.ucsc.edu) hosted at Bielefeld University in Germany.

The Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE) Project is in its third phase of creating a comprehensive catalog of functional elements in the human genome. This phase of the project includes an expansion of assays that measure diverse RNA populations, identify proteins that interact with RNA and DNA, probe regions of DNA hypersensitivity, and measure levels of DNA methylation in a wide range of cell and tissue types to identify putative regulatory elements. To date, results for almost 5000 experiments have been released for use by the scientific community. These data are available for searching, visualization and download at the new ENCODE Portal (www.encodeproject.org). The revamped ENCODE Portal provides new ways to browse and search the ENCODE data based on the metadata that describe the assays as well as summaries of the assays that focus on data provenance. In addition, it is a flexible platform that allows integration of genomic data from multiple projects. The portal experience was designed to improve access to ENCODE data by relying on metadata that allow reusability and reproducibility of the experiments.

Abstract The UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu) provides a web interface for exploring annotated genome assemblies. The assemblies and annotation tracks are updated on an ongoing basis—12 assemblies and more than 28 tracks were added in the past year. Two recent additions are a display of CRISPR/Cas9 guide sequences and an interactive navigator for gene interactions. Other upgrades from the past year include a command-line version of the Variant Annotation Integrator, support for Human Genome Variation Society variant nomenclature input and output, and a revised highlighting tool that now supports multiple simultaneous regions and colors.

Abstract For more than two decades, the UCSC Genome Browser database (https://genome.ucsc.edu) has provided high-quality genomics data visualization and genome annotations to the research community. As the field of genomics grows and more data become available, new modes of display are required to accommodate new technologies. New features released this past year include a Hi-C heatmap display, a phased family trio display for VCF files, and various track visualization improvements. Striving to keep data up-to-date, new updates to gene annotations include GENCODE Genes, NCBI RefSeq Genes, and Ensembl Genes. New data tracks added for human and mouse genomes include the ENCODE registry of candidate cis-regulatory elements, promoters from the Eukaryotic Promoter Database, and NCBI RefSeq Select and Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI (MANE). Within weeks of learning about the outbreak of coronavirus, UCSC released a genome browser, with detailed annotation tracks, for the SARS-CoV-2 RNA reference assembly.

For the past 15 years, the UCSC Genome Browser (http://genome.ucsc.edu/) has served the international research community by offering an integrated platform for viewing and analyzing information from a large database of genome assemblies and their associated annotations. The UCSC Genome Browser has been under continuous development since its inception with new data sets and software features added frequently. Some release highlights of this year include new and updated genome browsers for various assemblies, including bonobo and zebrafish; new gene annotation sets; improvements to track and assembly hub support; and a new interactive tool, the “Data Integrator”, for intersecting data from multiple tracks. We have greatly expanded the data sets available on the most recent human assembly, hg38/GRCh38, to include updated gene prediction sets from GENCODE, more phenotype- and disease-associated variants from ClinVar and ClinGen, more genomic regulatory data, and a new multiple genome alignment.

The UCSC Genome Browser (https://genome.ucsc.edu) is an omics data consolidator, graphical viewer, and general bioinformatics resource that continues to serve the community as it enters its 23rd year. This year has seen an emphasis in clinical data, with new tracks and an expanded Recommended Track Sets feature on hg38 as well as the addition of a single cell track group. SARS-CoV-2 continues to remain a focus, with regular annotation updates to the browser and continued curation of our phylogenetic sequence placing tool, hgPhyloPlace, whose tree has now reached over 12M sequences. Our GenArk resource has also grown, offering over 2500 hubs and a system for users to request any absent assemblies. We have expanded our bigBarChart display type and created new ways to visualize data via bigRmsk and dynseq display. Displaying custom annotations is now easier due to our chromAlias system which eliminates the requirement for renaming sequence names to the UCSC standard. Users involved in data generation may also be interested in our new tools and trackDb settings which facilitate the creation and display of their custom annotations.