SJ
Shilpi Jain
Author with expertise in Prediction of Peptide-MHC Binding Affinity
Achievements
Open Access Advocate
Cited Author
Key Stats
Upvotes received:
0
Publications:
4
(100% Open Access)
Cited by:
237
h-index:
16
/
i10-index:
19
Reputation
Biology
< 1%
Chemistry
< 1%
Economics
< 1%
Show more
How is this calculated?
Publications
0

Evaluation of Abbott BinaxNOW Rapid Antigen Test for SARS-CoV-2 Infection at Two Community-Based Testing Sites — Pima County, Arizona, November 3–17, 2020

Jessica Prince-Guerra et al.Jan 19, 2021
Rapid antigen tests, such as the Abbott BinaxNOW COVID-19 Ag Card (BinaxNOW), offer results more rapidly (approximately 15-30 minutes) and at a lower cost than do highly sensitive nucleic acid amplification tests (NAATs) (1). Rapid antigen tests have received Food and Drug Administration (FDA) Emergency Use Authorization (EUA) for use in symptomatic persons (2), but data are lacking on test performance in asymptomatic persons to inform expanded screening testing to rapidly identify and isolate infected persons (3). To evaluate the performance of the BinaxNOW rapid antigen test, it was used along with real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) testing to analyze 3,419 paired specimens collected from persons aged ≥10 years at two community testing sites in Pima County, Arizona, during November 3-17, 2020. Viral culture was performed on 274 of 303 residual real-time RT-PCR specimens with positive results by either test (29 were not available for culture). Compared with real-time RT-PCR testing, the BinaxNOW antigen test had a sensitivity of 64.2% for specimens from symptomatic persons and 35.8% for specimens from asymptomatic persons, with near 100% specificity in specimens from both groups. Virus was cultured from 96 of 274 (35.0%) specimens, including 85 (57.8%) of 147 with concordant antigen and real-time RT-PCR positive results, 11 (8.9%) of 124 with false-negative antigen test results, and none of three with false-positive antigen test results. Among specimens positive for viral culture, sensitivity was 92.6% for symptomatic and 78.6% for asymptomatic individuals. When the pretest probability for receiving positive test results for SARS-CoV-2 is elevated (e.g., in symptomatic persons or in persons with a known COVID-19 exposure), a negative antigen test result should be confirmed by NAAT (1). Despite a lower sensitivity to detect infection, rapid antigen tests can be an important tool for screening because of their quick turnaround time, lower costs and resource needs, high specificity, and high positive predictive value (PPV) in settings of high pretest probability. The faster turnaround time of the antigen test can help limit transmission by more rapidly identifying infectious persons for isolation, particularly when used as a component of serial testing strategies.
6

Mitochondrial Transcription Factor A Regulates Foxp3+ T Cell Mediated Maintenance of CD4+ T Cell Landscapes and Immunological Aging

Kai Guo et al.Mar 8, 2022
Abstract A decline in mitochondrial activity has been linked to T cell dysfunction and the progression of a variety of diseases. It is unclear whether the mitochondrial function in regulatory T cells (Tregs) determines effector T cell fate decisions and regulates steady-state inflammation. We show that loss of Mitochondrial Transcription Factor A in Foxp3 + Tregs (TFAM cKO) affects the cellular and transcriptional dynamics of CD4 + T cells, resulting in disproportional cellular heterogeneity and prevalence of pathogenic CD4 + T cell subsets. Failure to modulate CD4 + T cell responses results in systemic inflammation, immunological aging, and shortened lifespans in TFAM cKO mice. Furthermore, we found that TFAM heterozygous (Het) mice with 50% allelic restoration had a progressive decrease in physiological, cognitive, and neuromuscular activity starting at 8 months, implying that the TFAM Het mouse model has the potential to be used for in-depth research on age-related inflammatory diseases. Overall, TFAM depletion in Tregs explains the steady-state reduction in Treg function with age. TFAM restoration in Tregs could be a target for preserving the homeostatic CD4 + T cell pool and avoiding cognitive impairments caused by inflammation induced aging (inflammaging).
11

Potently neutralizing human monoclonal antibodies against the zoonotic pararubulavirus Sosuga virus

Helen Parrington et al.Nov 17, 2022
Abstract Sosuga virus (SOSV) is a recently discovered paramyxovirus with a single known human case of disease. There has been little laboratory research on SOSV pathogenesis or immunity, and no approved therapeutics or vaccines are available. Here, we report the discovery of human monoclonal antibodies (mAbs) from the circulating memory B cells of the only known human case and survivor of SOSV infection. We isolated six mAbs recognizing the functional attachment protein (HN) and 18 mAbs against the fusion (F) protein. The anti-HN mAbs all target the globular head of the HN protein and can be organized into 4 competition-binding groups that exhibit epitope diversity. The anti-F mAbs can be divided into pre- or post-fusion conformation-specific categories and further into 8 competition-binding groups. Generally, pre-fusion conformation-specific anti-F mAbs showed higher potency in neutralization assays than did mAbs only recognizing the post-fusion conformation of F protein. Most of the anti-HN mAbs were more potently neutralizing than the anti-F mAbs, with mAbs in one of the HN competition-binding groups possessing ultra-potent (<1 ng/mL) half maximal inhibitory (IC 50 ) virus neutralization values. These findings provide insight into the molecular basis for human antibody recognition of paramyxovirus surface proteins and the mechanisms of SOSV neutralization.